В марте состоялось ежегодное Епархиальное собрание Москвы, перенесённое с декабря прошлого года ввиду болезни Святейшего. Патриаршее послание, как всегда, было обстоятельным и подробным. Но сам автор из-за плохого самочувствия так и не смог лично его прочитать. Послание зачитывали митрополит Сергий и архиепископ Арсений.
В это время, с конца 2002 года, в средствах массовой информации стало появляться всё больше материалов, авторы которых стремились опорочить Церковь, возбудить вокруг неё скандал. Говорилось и о том, что в среде церковных иерархов образовались отдельные кланы, которые борются за власть, поскольку Патриарх болен и может вообще уйти на покой. О болезнях Святейшего в печати появились совсем уж хамские выдумки. Например, что ему было явление святого преподобного Феодосия Печерского, который укорял Алексия II, предрекал ему адские муки. Зная об этих и иных появившихся в СМИ клеветнических измышлениях, Святейший со вздохом говорил:
— Печалит, что организаторы кампании в прессе пытаются таким образом скомпрометировать не только иерархов, но и высоких представителей государства. Слава Богу, что никто из церковных иерархов не позволил себе включиться во всю эту кампанию. Иначе и быть не могло, ведь единство Церкви — это одна из главных забот всех нас, кто принёс архиерейскую присягу. Но сохраняется этическая проблема: кто, зачем, по чьему указанию, на чьи средства ведёт кампанию в прессе? Почему в целом ряде СМИ появляются почти одинаковые материалы, представляющие Церковь как поле борьбы двух-трёх человек или «групп влияния»? Если желают кого-то лично обидеть — Бог им судья. Если хотят таким образом подорвать моё здоровье — и за это прощаю. Но если стремятся расколоть Церковь, столкнуть её с властью, вернуться к временам диктата и гонений — имена таких людей и их деяния мы будем предавать гласности. Без лицеприятия и страха...
Увы, ряд перенесённых болезней сильно ослабил здоровье Предстоятеля, ему больше приходилось отдыхать, совершать прогулки, отказываться от любимых дел, связанных с патриаршим служением. Но отказаться от участия в торжествах по поводу 100-летия прославления преподобного Серафима Саровского он не мог и 29 июля прибыл в Саров. На торжествах в Сарове присутствовали президент Путин, Сербский Патриарх Павел, митрополит всея Америки и Канады Герман, архиепископ Кентерберийский Роуэн Уильямс и другие высокопоставленные лица.
В августе Предстоятель побывал с визитом в Дмитровской епархии на 850-летнем юбилее города Дмитрова. Постепенно стихали злопыхательские слухи о смертельной болезни Патриарха. Все видели его вновь деятельным, и лишь некоторая особая хриплость в голосе, появившаяся с недавних пор, намекала, что он всё же не вполне здоров.
В сентябре ему уже позволили летать на самолётах, и он отправился с официальным визитом в Эстонию. В аэропорту Святейшего Патриарха встречал его старинный друг детства — митрополит Таллинский и всея Эстонии Корнилий (Якобс). А министр внутренних дел Эстонии Яан Ыунапуу, приветствуя гостя, сказал:
— Поздравляю Ваше Святейшество с приездом на родину!
И во время ужина в гостинице «Палас» министр заверил Святейшего, что все имущественные проблемы Эстонской Православной Церкви Московского Патриархата будут в ближайшее время разрешены.
Утром 26 сентября Патриарх посетил кафедральный Александро-Невский собор в Таллине, отреставрированный специально к его приезду. Сильнейшее волнение охватило его — здесь начиналось православное служение Алёши Ридигера, здесь сорок два года назад архимандрит Алексий (Ридигер) был рукоположен во епископа Таллинского и Эстонского! На площади Лотси плате Патриарх благословил тех, кто не смог попасть на богослужение внутрь переполненного собора, где смогли поместиться лишь полторы тысячи человек. По дорожке, выложенной сплошным ковром из живых роз, Предстоятель направился в храм своего детства и юности. После богослужения все собравшиеся пропели ему «Многая лета!» по-русски и по-эстонски. Затем Алексий II отправился на Александро-Невское кладбище, где совершил панихиду у могил своих родителей — протоиерея Михаила Ридигера и Елены Иосифовны Ридигер (урождённой Писаревой). 30 сентября в таллинском районе Ласнамяэ Патриарх освятил закладной камень будущего православного храма в честь иконы Божией Матери «Скоропослушница». Именно здесь, по решению эстонских властей, после кончины Святейшего появится первая площадь его имени...