Во время существования Псковской православной миссии Павлом Судоплатовым был проведён в жизнь план спецоперации под кодовым названием «Послушники». В Псково-Печерскую обитель были внедрены два агента наших спецслужб. Они выдавали себя за членов тайного сообщества священников-подпольщиков, действующих против советской власти. Якобы это антисоветское православное подполье столь сильно, что может действовать в Куйбышеве, который стал с конца 1941 года «запасной столицей». С этим «православным подпольем» была налажена связь по рации, двое мнимых послушников получали оттуда информацию и передавали её немцам. На самом деле это была дезинформация, которая сыграла свою роль ещё в 1942 году, но особенно помогла во время сражения на Курской дуге. Успех операции «Послушники» получил высокую оценку самого Сталина, о ней он говорил со своими приближёнными накануне принятия судьбоносного решения о возрождении патриаршества.
Когда в Москве произошло избрание Сергия (Страгородского) Патриархом Московским и всея Руси, Гитлер потребовал, чтобы все русские священники на оккупированных территориях предали его анафеме и осудили решение Святейшего синода Русской Православной Церкви. Что же произошло далее? Представители Русской Зарубежной Церкви собрались в Вене и осудили нового Московского Патриарха за сотрудничество с большевиками. А митрополит Сергий (Воскресенский) собрал всех представителей Псковской Православной миссии, которой тогда руководил отец Кирилл Зайц, обсудил с ними суть вопроса и далее единогласно было принято решение: никакой анафемы и никакого осуждения! Отныне Псковская Православная миссия считала себя в подчинении у Патриарха Сергия (Страгородского). Тем самым она сознательно избрала для себя путь мученичества. Немцы начали проводить репрессии против русских православных священников на территориях Прибалтики и Псковщины. Впрочем, особо они в этом не преуспели, поскольку Красная армия стремительно наступала. В начале 1944 года Псковская земля была освобождена от захватчиков, и Псковская православная миссия прекратила своё существование.
Мучеником оказался сам экзарх Прибалтики. Весной 1944 года немцы решились на его уничтожение. Организовать покушение поручено было начальнику полиции Остланда обергруппенфюреру СС Эккельну. На дороге из Каунаса в Вильнюс машина, в которой ехал митрополит Сергий, была изрешечена пулями. Немцы подстроили дело так, будто нападение совершили партизаны.
Вскоре после освобождения псковских земель от оккупантов органы НКВД стали арестовывать всех членов Псковской Православной миссии. Приговоры им были суровые. От десяти лет до двадцати. Многие не вернулись потом из лагерей. Начальник миссии протопресвитер Кирилл Зайц, арестованный в Шяуляе, получил «двадцатку» и через четыре года окончил свои дни в казахстанском лагере. Начальник канцелярии Псковской миссии протоиерей Николай Жунда также получил двадцать лет и умер от туберкулёза в лагере Красноярского края. Печерский епископ Пётр Пяхкель получил «десятку» и тоже сгинул в лагерях. Такова же судьба многих, многих других...
Но многим Бог дал и вернуться из мест заточения. Протоиерей Николай Шенрок, получив двадцать лет, был освобождён через одиннадцать из того же казахстанского лагеря, в котором скончался Кирилл Зайц. Вернулся из того же лагеря протоиерей Сергий Ефимов. Священник Иаков Начис, получив десять лет лагерей, и отбыв их «от звонка до звонка», стал служить в единственном действующем православном храме в Республике Коми, потом в церкви, Мурманской области, превращённой в храм из лагерного барака.