От гробницы Патриарха Сергия он отправился на подмосковный Бутовский полигон, где совершил Божественную литургию в сослужении множества архиереев и в присутствии делегации Зарубежной Церкви. По официальным данным, только в период с 8 августа 1937 года по 19 октября 1938 года на этом месте было расстреляно и захоронено 20 765 человек. Немалое число из них были осуждены на смерть за свою веру. Среди принявших мученическую смерть на Бутовском полигоне — сотни священнослужителей, в том числе прославленный в лике святых митрополит Серафим (Чичагов), архиепископ Николай (Добронравов), архиепископ Димитрий (Добросердов), последний наместник Чудова монастыря епископ Арсений (Жадановский), епископы Аркадий (Остальский) и Никита (Делекторский), последний настоятель Свято-Троице-Сергиевой лавры до её закрытия преподобномученик архимандрит Кронид (Любимов) и многие другие. Всё было символично — и поклонение Патриарху Сергию, и литургия в Бутове. Зарубежники должны были ещё раз прочувствовать, что здесь, в России, в XX веке те, кто остался, претерпели чудовищные страдания, гибли во имя Христа и сохранили при этом Церковь Православную.
18 мая 2004 года под председательством Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II в Синодальной резиденции в Свято-Даниловом монастыре начались переговоры делегации Русской Православной Церкви и делегации Русской Зарубежной Церкви. Было обсуждено главное — направление работы двух комиссий по восстановлению евхаристического общения между Церквями и по определению статуса Зарубежной Церкви как самоуправляемой части всей Русской Православной Церкви. Теперь уже становилось ясно, что желаемое — не за горами!
В начале июня Святейший Патриарх побывал в Научном центре сердечно-сосудистой хирургии имени Бакулева, в Государственной думе, в Иосифо-Волоколамском монастыре, навестил сербских детей, прибывших в Россию на излечение из Косова, кровоточащей раны православного мира.
Святитель Филарет, митрополит Московский и Коломенский, завещал похоронить себя в приделе Филарета Милостивого храма Сошествия Святого Духа в Троице-Сергиевой лавре. Там он и упокоился, но большевики надругались над его прахом, вскрыли гробницу и, смешав со строительным мусором мощи святителя, а также мощи архимандрита Антония (Медведева) и святителя Иннокентия Московского, закопали, сверху закатав асфальтом. Лишь во время Патриаршества Алексия II мощи были найдены, опознаны и вновь нашли достойное упокоение. Однако Святейший Патриарх Алексий принял решение перенести мощи Филарета Московского в Москву и поместить их в храме, построенном по вдохновению, благословению и попечительству Филарета, в храме, восстановленном теперь Алексием II. Хулители обвиняли Святейшего в прямом нарушении воли Филарета, но подавляющему большинству паствы российской принятое решение представлялось понятным и правильным. Храм Христа Спасителя — наиболее достойная гробница для такого светоча Православия, каковым был Московский Златоуст!