Поместный Собор стал важнейшим явлением в жизни Церкви, он окрылял, давал новые силы для дальнейшей борьбы за Русь Святую! Вернувшись в свою епархию, митрополит Алексий вновь взялся допекать власти «города трёх революций». И власти уже совсем иначе относились к деятелям Церкви.
На фоне стремительного распада экономики, науки, образования, армии и флота лишь Церковь выглядела возрождающейся. Сельский пейзаж до Горбачёва: коровники, свинарники, колосящиеся поля и — разорённые храмы. Сельский пейзаж после Горбачёва: восстановленные храмы и — разорённые коровники и свинарники, поля сорняков. Словно осуществлялся какой-то сатанинский замысел: хотите вновь иметь Церковь? Вы её получите, но всё остальное у вас отнимется.
12 июня 1988 года на площади восстановленного Свято-Данилова монастыря митрополит Алексий участвовал в литургии, которую совершали сразу шесть патриархов — Московский и всея Руси Пимен, Антиохийский Игнатий IV, Иерусалимский Диодор I, Румынский Феоктист, Болгарский Максим и Грузинский Илия II.
Документальный 68-минутный фильм «С нами Бог» о Поместном Соборе 1988 года мастерски сделал уже упоминавшийся режиссёр Борис Карпов. Он начал с того, что в нашей истории бывали времена отступничества, приносившие разорение и страдания, но всякий раз русский народ возвращался к вере во Христа и тем объединялся для новой жизни. Показ хроники событий Собора сопровождался обвинительными кадрами о том, что творили с Церковью безбожники-большевики. Лаконично, но точно рассказывалось о новопрославленных святых. Митрополиту Алексию в фильме уделено особое внимание, его речь на Соборе показана в большом отрывке, гораздо большем, нежели речи других.
Любопытные кадры донёс до нынешнего зрителя фильм Карпова: вот при завершении Собора всех участников обносят крестом, и все прикладываются. Кроме Харчева. Он единственный чужой на этом истинном празднике Жизни! Впрочем, в 1990 году его отправят послом в Арабские Эмираты, подальше от надоевших русских попов.
Представители Зарубежной Церкви не только не участвовали в Поместном Соборе 1988 года, но и не признали никаких его решений, по-прежнему настаивая на том, чтобы Московская Патриархия публично принесла покаяние за сотрудничество с советской властью. Призыв Поместного Собора к единению зарубежники отвергли. После кончины митрополита Филарета (Вознесенского) в январе 1986 года первоиерархом Русской Зарубежной Церкви с титулом митрополит Нью-Йоркский и Восточно-Американский стал Виталий (Устинов), державшийся самых строгих воззрений на историю Православной Церкви в России в XX столетии. До конца своих дней он останется непримиримым обвинителем Московского Патриархата, противником объединения.
Во время Поместного Собора митрополит Алексий высказал предложение, чтобы с него постепенно слагались обязанности Эстонского архиерея, поскольку руководить такими огромными епархиями, как Эстонская и Ленинградская, всё же было очень трудно. На вопрос, кого он видит там вместо себя, назвал своего друга детства — Вячеслава Якобса. Отец Вячеслав после условно-досрочного освобождения из лагерей в 1960 году служил настоятелем храма Иоанна Предтечи в таллинском пригороде Нымме, был возведён в сан протоиерея, награждён митрой, избирался председателем приходского совета. В 1974 году он овдовел, и теперь ничто не мешало постричь его в монахи, кроме одного обстоятельства — его до сих пор не реабилитировали. Он всё ещё оставался «врагом народа», сыном белогвардейского полковника, расстрелянного большевиками. Но Патриарх Пимен взялся уладить это дело, и уже 14 октября 1988 года митрофорный протоиерей отец Вячеслав получил полную реабилитацию, его дело признали ложно сфабрикованным, а его самого — невинно пострадавшим от репрессий.
Осенью 1988 года митрополит Алексий по-прежнему служил в многочисленных храмах своей обширной епархии — в Ленинграде, Новой Ладоге, Комарове, Ломоносове, Мариенбурге, Новгороде, Таллине, Пюхтице, Олонце. В его служебном дневнике бисерным почерком записано 198 богослужений. В сентябре он был в Германии, в октябре — в Финляндии, в ноябре — в Греции, на Крите. Но главной его поездкой в тот год стало путешествие на Валаам. Почти полвека минуло с тех дней, когда он в последний раз был здесь десятилетним мальчиком. И вот теперь душа его содрогнулась от увиденного — мерзость запустения! Монастырь был похож на тяжелобольного, который вдруг стал подавать первые признаки грядущего выздоровления.