22 августа владыка Алексий обратился в Совет по делам религий с просьбой о передаче части монастырского комплекса Русской Православной Церкви. Призыв владыки не остался без внимания, и в сентябре комплексная экспедиция Советского фонда культуры объездила весь Валаам. Ленинградский митрополит лично всё показывал представителям Академии наук, Министерства культуры и Совета по делам религий, убеждая их в необходимости срочно выполнять расписанную им программу. И убедил. Синод получил сообщение правительства о возможной передачи Спасо-Преображенского Валаамского монастыря Церкви. 27 декабря на очередном заседании Синода было принято постановление о том, чтобы в случае такой передачи «поручить преосвященному митрополиту Ленинградскому и Новгородскому Алексию организацию возобновления монастырской жизни и ремонтно-восстановительных работ, а также духовное окормление обители».
Первое богослужение 1989-го владыка Алексий провёл в праздник Богоявления 19 января в Николо-Троицком кафедральном соборе, на другой день совершал литургию в главном храме Александро-Невской лавры. Вскоре отправился в Германию, в кёльнском храме Святых равноапостольных Константина и Елены совершал литургию вместе с епископом Дюссельдорфским Лонгином (Талыпиным), выходцем из белоэмигрантской семьи, родившимся и выросшим в Хельсинки.
23 февраля 1989 года владыке Алексию исполнилось шестьдесят лет. Поздравить его в Северную столицу приехали многие архиереи и священники. В записях самого юбиляра отмечено: «Троицкий собор Ал. Невской Лавры. 22.11. Всенощное бдение с 7 арх. 40 свящ. 23.11. Бож. литургия и молебен. 8 арх. 60 священнослужителей. 250 прич.». Всенощные бдения и литургии продолжались и в последующие дни. Чаще всего человек в свой юбилей отмечает, кто и как его поздравил, какие были подарки. Наш юбиляр главным подарком в своей жизни продолжал считать, сколько причастников явилось к нему, к его чаше, в которой совершилось преосуществление хлеба и вина в плоть и кровь Господа и Спасителя!
И, конечно же, самыми желанными и дорогими гостями на том юбилее были сердечные друзья детства — отец Вячеслав Якобс и отец Василий Ермаков — настоятель таллинского храма Иоанна Предтечи и настоятель церкви Серафима Саровского в городе на Неве.
В конце февраля юбиляр отправился по случаю своего шестидесятилетия в Таллин и в Пюхтицу, потом вернулся в Питер, а в марте уже был в Москве, где создавался Фонд славянской письменности и культуры, который на долгие годы возглавит выдающийся русский скульптор Вячеслав Михайлович Клыков. Тогда он ещё только-только начинал обретать известность, но уже имел несколько замечательных работ — памятники Николаю Рубцову в Тотьме, Константину Батюшкову в Вологде и Сергию Радонежскому в Радонеже, работал над созданием образа великой княгини Елизаветы Феодоровны, мученицы, тогда прославленной в лике святых пока ещё только зарубежниками. 11 марта на учредительном съезде Фонда славянской письменности и культуры митрополит Алексий был избран членом совета. Он от всей души поддержал идею создания такой организации, призванной в дальнейшем закрепить всё, что было отвоёвано у большевистской власти во время подготовки и проведения торжеств по случаю 1000-летия Крещения Руси. Вскоре под председательством писателя Сергея Артамоновича Лыкошина прошла учредительная конференция Товарищества русских художников. Поддерживаемые священниками и архиереями, такие объединения готовились к борьбе за дальнейшее возрождение России.
А в это же время в Москве собиралось с силами иное воинство, призванное разрушить великую державу; набирал популярность и всё новых и новых сторонников бывший первый секретарь Свердловского обкома КПСС Борис Ельцин. Став изгоем в родной цековской команде, он вдруг обрёл ореол мученика и народного героя, тысячи людей стали стекаться на митинги в его поддержку. Весьма примечательны слова академика Сахарова, которые вспоминал один из демократических лидеров девяностых годов, бывший мэр Москвы Гавриил Попов в интервью Льву Сирину: «Сахаров мне сказал: “Гавриил Харитонович, идите, договаривайтесь с Ельциным”. Я сходил, потом с ним пошёл разговаривать Андрей Дмитриевич. Вернулся: “Гавриил Харитонович, у него же никакой программы нет! — Даже использовал при этом философский термин ‘табула раса’ — чистая доска. — Он примет любую программу, лишь бы получить власть”. Так и получилось». Ельцин мог стать кем угодно — лидером коммунистов, нацистов, демократов, зелёных... лишь бы ему предоставили надёжную и мощную поддержку, благодаря чему он мог бы получить верховную власть, к которой так стремился.