С 9 по 11 октября в московском Свято-Даниловом монастыре прошёл четвёртый по счёту после 1918 года Архиерейский Собор. Первый в 1943 году избрал Патриарха Сергия (Страгородского). Второй в 1944 году служил подготовительным к Поместному Собору, избравшему Патриархом Алексия (Симанского). Третий в 1961 году остался в памяти как худший, ибо узаконил печально известную хрущёвскую реформу приходского управления. В октябре 1989 года Архиерейский Собор под председательством Патриарха Пимена был созван в связи с празднованием 400-летия учреждения Патриаршества на Руси. В нём участвовали 73 архиерея, которые 9 октября в Троицком соборе Свято-Данилова монастыря прославили в лике святых двух великих праведников — первого Патриарха Иова, не признавшего власть Лжедимитрия, и Патриарха Тихона, первого предстоятеля Русской Церкви после восстановления Патриаршества в 1917 году.
С канонизации Патриарха Тихона началась многолетняя работа по подготовке к прославлению сонма новомучеников и исповедников Российских, пострадавших в годы революционной смуты и большевистского террора. Первыми среди них были канонизированы праведный Иоанн Кронштадтский и митрополиты Петроградский Вениамин (Казанский), Киевский Владимир (Богоявленский) и Ленинградский Серафим (Чичагов).
Одним из главных противоречий на Соборе стал спор о том, в какой мере деятели Церкви могут участвовать в светской жизни. Все признали, что следует пресекать всякие попытки «мирские обычаи века сего переносить на структуру Церкви». Но митрополит Алексий пошёл дальше, он резко осудил опыт вхождения архиереев в политику. Принятый в 1988 году закон СССР о выборах народного депутата СССР предоставил священнослужителям возможность быть избранными, и тогда же Синод благословил представителей Церкви принимать участие в этой деятельности. Народными депутатами СССР стали Патриарх Пимен, митрополиты Алексий (Ридигер) и Волоколамский Питирим (Нечаев). Патриарх в съезде народных депутатов по своей немощи не участвовал, а митрополиты побывали в этой клоаке и теперь высказывали своё благородное негодование, утверждая, что «эмоциональный характер и дух предвыборных кампаний» ввергают кандидатов в «мирские страсти», да и сама депутатская деятельность подразумевает постоянную борьбу и чуждый церковному сознанию дух соревнования.
Митрополит Алексий прямо заявил:
— Депутатство дало отрицательный опыт, как место, где нет уважительного отношения друг к другу. Я категорически против того, чтобы сегодня избирались священнослужители, потому что я на себе испытал, насколько мы к парламентаризму не готовы, да думаю, что и другие многие страны не готовы.
Он же доложил о своём участии в комиссии по разработке закона «О свободе совести и религиозных организациях». И по итогам его доклада в соборные определения были внесены положения: «1) юридическое признание Церкви как единой религиозной организации и уравнение её в правах с другими общественными организациями; 2) предоставление равных прав для религиозного и атеистического обучения, воспитания и пропаганды; 3) предоставление возможности широко и многообразно осуществлять дела милосердия и благотворительности; 4) свободное издание и распространение религиозной литературы; 5) доступ Церкви к средствам массовой информации; 6) отмена дискриминационного налогообложения и уравнение в этом отношении духовенства и церковных работников со всеми советскими гражданами».
Если в отношениях с зарубежниками наметились какие-то положительные сдвиги, то на Украине вовсю нарастали беды, с которыми Алексию, уже на посту Патриарха, придётся бороться до самых последних дней его жизни. И на Архиерейском Соборе 1989 года тревожные слова об этих бедах ранили сердца собравшихся. Минский митрополит Филарет (Вахромеев) говорил о росте национализма на Западной Украине и попытках возрождения Унии, крайне враждебной Русской Православной Церкви. В Галиции уже возникли первые приходы автокефалистов, объявивших о своём выходе из юрисдикции Московского Патриархата и возрождении раскольничьей Украинской Автокефальной Православной Церкви. Участники Собора возмущались, включая и Экзарха Украины митрополита Филарета (Денисенко), который, к сожалению, очень скоро сам станет раскольником-автокефалистом. События на Украине начнут развиваться в худшую сторону; уже 29 октября униаты захватят во Львове Преображенскую церковь, 1 ноября епископ Житомирский Иоанн (Боднарчук) заявит о своём выходе из Русской Православной Церкви. А 1 декабря Горбачёв встретится с папой римским Иоанном Павлом II и даст тому клятву узаконить раскольническую Украинскую Церковь, после чего на Западенщине начнут вовсю захватывать и уничтожать православные епархии, бить священников. А там уже не за горами и предательство Денисенко...