Ещё одной бедой стало ухудшение отношений с Константинопольским Патриархатом, который, предвидя грядущий распад СССР, готовился взять под свою юрисдикцию православные епархии в бывших союзных республиках. Собор подготавливал архиереев к тому, что впереди их ждёт борьба за сохранение московской юрисдикции.
Одним из постановлений Собора стало учреждение Белорусского Экзархата, включающего в себя Минскую, Могилёвскую, Брестскую и Полоцкую епархии. Экзархом стал митрополит Филарет (Вахромеев). Ему предстояло бороться с западнобелорусским сепаратизмом, и он со своей задачей вполне справится.
Ноябрь 1989 года ознаменовался новым радостным событием в жизни вверенной митрополиту Алексию епархии — передачей в ведение Церкви части здания Свято-Иоанновского монастыря на Карповке.
Летом пост первого секретаря Ленинградского обкома КПСС занял новый человек — Борис Вениаминович Гидаспов. Можно говорить, что он обладал передовыми взглядами, любил родину, не имел отрицательных черт партийной номенклатуры, но лучше сказать проще: это был хороший человек. Достаточно привести отрывок материала из журнала «Огонёк» (№ 37 за 2005 год): «4 апреля 2004 года на набережную Фонтанки на огромной скорости влетел автомобиль “мицубиси” и, проломив ограждение, упал в реку. В ледяной воде оказались не только водитель иномарки — молодая девушка, но и две её подруги. На помощь женщинам тут же прыгнул какой-то человек, который начал вытаскивать пострадавших из воды. Когда на место происшествия прибыли спасатели, они открыли рот от удивления — героем оказался 71 -летний Борис Гидаспов, бывший последний секретарь Ленинградского обкома КПСС».
Фамилию Гидаспова в Санкт-Петербурге до сих пор произносят с придыханием. Гидаспов дал путёвку в жизнь многим из тех, кого сегодня называют «питерскими». До своего похода во власть Борис Вениаминович всю жизнь занимался химией. Был членом-корреспондентом Академии наук СССР, директором Государственного института прикладной химии и даже получил Ленинскую премию за разработку новых взрывчатых веществ.
С Гидасповым митрополиту Алексию работалось гораздо легче, нежели с его предшественниками. Он общался с архиереями без благоговения, но на равных. И довольно быстро решил вопрос с монастырём на Карповке. В октябре, отправляясь в Москву на Архиерейский Собор, владыка получил ключи от нижнего храма монастыря, тотчас связался с Пюхтицей и пригласил к себе в московскую квартиру двух своих возлюбленных сестёр во Христе — Варвару (Трофимову) и Георгию (Щукину). Когда те приехали, он за обедом сказал:
— Предлагаю создать подворье Пюхтицкого монастыря в городе на Неве. Вот ключи от храма Иоанна Рыльского на Карповке. Это Иоанновский монастырь. В нём покоятся мощи Иоанна Кронштадтского, который и Пюхтицу, к слову сказать, благословил в своё время. Так что тут непосредственная связь.
В тот же день ночным поездом матушки Варвара и Георгия отправились в Северную столицу, нашли храм на Карповке, открыли двери, вошли внутрь и ахнули, увидев, какая там была страшная разруха. Вскоре в том же храме будет обнаружено захоронение святого праведника. 19 октября 1989 года нижний храм обители на Карповке был заново освящён, и, таким образом, благодаря неустанным стараниям митрополита Алексия началась возрождённая жизнь этого славного петербургского монастыря.
В ноябре того же года митрополит Алексий путешествовал по Финляндии, совершал богослужения в православных финских приходах. Ему необходимо было найти всё, что сохранили здесь, в стране озёр, валаамские беженцы. А 13 декабря, в день памяти апостола Андрея Первозванного, в Большой Никоновской бухте у Воскресенского скита на остров Валаам ступили четыре монаха и два послушника. Они поселились в поселковой гостинице и вскоре стали совершать богослужения в нижнем храме Спасо-Преображенского собора среди почерневших от многолетней сырости стен. Неимоверно трудными были эти первые дни, но они знаменовали собой начало новой жизни Валаамского монастыря, обители, в которой Алексей Ридигер родился как будущий монах.