А на другой день он уже снова был на брегах Невы, совершал наречение, а затем хиротонию настоятеля собора Александра Невского в Таллине архимандрита Виктора (Пьянкова), ставшего отныне епископом Подольским, викарием Московской епархии и председателем хозяйственного управления Московского Патриархата. Этот предприимчивый архиерей в том же 1990 году создаст под эгидой своей хозяйственной службы акционерное общество «Международное экономическое сотрудничество», которое будет успешно заниматься инвестиционно-банковской и производственно-коммерческой деятельностью, а главное — экспортом нефти. Эта сфера деятельности Московской Патриархии станет козырем для искателей компромата на Патриарха Алексия — мол, посмотрите на наших бессребреников! Но впереди у Святейшего была огромнейшая гора, сдвинуть с места которую ему бы никто не помог: предстояло открывать и реставрировать сотни храмов и десятки монастырей. Откуда взять денег? Постоянно выпрашивать у власть имущих и у новоявленных олигархов? Или отказаться от гигантского объёма деятельности, ограничиваясь малым, в час по чайной ложке?
7 апреля 1990 года одновременно праздновались Благовещение и Лазарева суббота. В сей день митрополит Алексий вместе с епископом Арсением освящал в Северной столице собор Владимирской иконы Божией Матери, который петербуржцы просто называют Владимирским. Творение архитекторов Трезини и Кваренги, это один из крупнейших и красивейших храмов Петербурга. В нём отпевали няню Пушкина Арину Родионовну, а в последние годы жизни его прихожанином был Достоевский. С 1932 года здесь размещалась фабрика «Ленмашучет». Стараниями митрополита Алексия собор был возвращён Церкви и отреставрирован. Теперь он его не только освятил, но и принял на себя обязанности настоятеля храма. И в дальнейшем настоятелями будут митрополиты Санкт-Петербургские и Ладожские, сначала Иоанн (Снычев), а затем Владимир (Котляров).
Всю Страстную неделю и Пасху владыка Алексий служил в храмах своей епархии, на Светлой седмице отправился в Эстонию и там служил без устали.
3 мая 1990 года Святейший Пимен отошёл ко Господу. В тот же день Синод избрал местоблюстителем Патриарха митрополита Филарета (Денисенко). Через три дня в Елоховском соборе митрополит Алексий вместе с другими архиереями совершал литургию и отпевание усопшего Предстоятеля. Решено было ровно через месяц провести Поместный Собор и решить судьбу вдовствующей патриаршей кафедры.
Никакого завещания усопший не оставил, кроме устного в беседе с архимандритом Псково-Печерского монастыря Иоанном (Крестьянкиным), которое тот записал и распространил среди архиереев:
«Русская Православная Церковь неукоснительно должна сохранять старый стиль — юлианский календарь, по которому она преемственно молится уже тысячелетие. Россия как зеницу ока призвана хранить завещанное нам нашими святыми предками Православие во всей чистоте. Христос — наш путь, истина и жизнь (ср.: Ин. 14, 6). Без Христа не будет России. Свято хранить церковно-славянский язык молитвенного обращения к Богу. Церковь зиждется на семи столпах — семи Вселенских Соборах. Грядущий восьмой Собор страшит многих, но да не смущаемся этим, а только несомненно веруем Богу. И если будет на новом Соборе что-либо несогласное с семью предшествующими Вселенскими Соборами, мы вправе его постановления не принять».
Этот месяц владыка Алексий снова провёл в своей Северо-Западной епархии. В День Победы отслужил панихиду и совершил крестный ход в память о погибших блокадниках на Серафимовском кладбище, где захоронено более ста тысяч погибших в годы Великой Отечественной войны. И далее служил в городе на Неве, в Новгороде, в Пюхтице, где 18 мая освятил новый баптистерий и колокольню, совершил постриг сразу четырнадцати новых инокинь. В конце мая он направил свои стопы на Валаам, где завершились реставрационные работы в нижнем храме Спасо-Преображенского собора, посвящённом основателям монастыря — преподобным Сергию и Герману.
В первых числах июня владыка Алексий прибыл в Москву, где 6-го числа в Свято-Даниловом монастыре собрался Архиерейский Собор Русской Православной Церкви. Председательствовал митрополит Киевский и Галицкий, Патриарший Экзарх Украины Филарет (Денисенко), наиболее вероятный соискатель Патриаршего престола, его местоблюститель. На повестке дня стоял один вопрос — выдвижение всех соискателей. На тот день епископат насчитывал девяносто два архиерея, из них могли выдвигаться семьдесят пять. Остальные либо не были гражданами СССР, либо не достигли сорокалетнего возраста. И то и другое было, согласно уставу, препятствием к выдвижению.