А потом началась смута. В апреле 1931 года король Альфонс XIII был вынужден покинуть страну, хотя все, кого знал юный Альфонсо, были приверженцами монархии. На улицах появились чужие, крикливые люди с красными флагами. Начались гонения на церковь. Падре Себастиан, которого годы уже прилично согнули, словно вернул себе молодость. Его голос в проповедях гремел как Иерихонские трубы, а спина гордо выпрямлялась. На его проповеди приходили люди из других приходов ибо то, что говорил падре в эти тяжелые времена, рождало в них уверенность в завтрашнем дне. Он не только призывал каяться, но и — сопротивляться безбожникам. Не только предрекал последние времена и страшный суд, но звал паству в воинство Христово. Падре не скрывая, указывал на врагов. На масонов и евреев, на Красный Интернационал, на всех, кто хотел гибели Испании.
Такие речи страшно бесили левых, отцу Себастиану не раз грозили расправой. Он только смеялся в лицо своим недругам.
— Не обольщайтесь! Господь поругаем, не бывает! Что вы посеете, то и будете жать, несчастные! Я не боюсь смерти, как и многие тысячи мучеников за Христа, но моя кровь, падет на ваши головы и многие тысячи встанут против вас, несчастных! Одумайтесь! Ведь вы, прежде всего испанцы, дети этой земли, а уж потом коммунисты, анархисты и социалисты. — говорил он сжимающим в гневе кулаки пролетариям.
Республиканские власти, тем временем, удалили религию из школ, распустили монастыри и конфисковали их имущество. Священникам запретили учительствовать. Запретили церковные похороны без предоставления письменного свидетельства о том, что умерший перед смертью выразил желание быть похороненным по католическому обряду. Даже организация религиозных процессий была поставлена в зависимость от позволения еврея-анархиста, сделавшегося местным бургомистром. Масштаб и разнообразие антирелигиозной деятельности республиканских властей вызвали возмущение в народе. Страсти накалялись!
В конце 1935 года, темной ночью, когда луна скрылась за гонимой сильным ветром нескончаемой чередой облаков, его церковь, построенную еще в шестнадцатом веке, сожгли. Альфонсо, впервые увидел старого падре плачущим. Перепачканный сажей, он стоял на коленях, тяжело опирался на закопченную стену. Но миг слабости прошел, и отец Себастиан уже утром стоял на развалинах церкви, крепко сжимая в руках обгоревшее распятие и вновь, слова его проповеди зажигали сердца людей, а из темных подворотен следили за ним с ненавистью и злобой глаза врагов.
— Если мы будем молчать и бездействовать, если поддадимся аппарату подавления, у нас не будет права жаловаться, когда горькая действительность покажет нам, что победа почти была у нас в руках. Это значит, что нам следует биться на смерть за свою честь, подобно Кастильским рыцарям, — говорил он.
В начале весны 1936 года, падре Себастиан собрался в Мадрид по делам церкви. У Альфонсо душа извелась от тревожного предчувствия и, опустившись на колени у ног падре, целуя его руки, он просил священника не ездить в охваченную красной чумой столицу. Седой, одетый в старую, но аккуратно латанную темную одежу, священник только улыбнулся, прищурив добрые глаза. Он усадил юношу на скамейку рядом с собой и отчего-то стал рассказывать ему о матери, как человек очень хорошо ее знавший, а потом, поцеловав в лоб, сказал:
— Ты же знаешь, что кардинал Лоренцо, призывающий меня, не стал бы писать писем по пустякам. Я уповаю на Господа нашего Иисуса Христа и Деву Марию, вверяю себя в руки их. Не бойся, мой мальчик! Все мы смертны, а мы с тобой как верные христиане не должны бояться того, что готовит нам провидение Божие!
Больше Альфонсо не видел живым отца Себастиана. Только через два месяца, в его скромный домик, ночью постучал обтрепанный, худой монах и плача рассказал замершему от ужаса молодому мужчине о страшной кончине падре.
Приехав в Мадрид, падре Себастиан шел к кардинальскому дворцу в своем стареньком священническом облачении, что само по себе в то время требовало немалого мужества. Увидев малых ребятишек на улице, голодными глазами провожающих всех, кто проходил мимо, священник остановился и стал угощать их конфетами, бывших у него с собой. Это увидели проходившие мимо милиционеры- социалисты.