Жирондисты, сломленные в Париже, подняли восстание в торгово-промышленных центрах юга и юго-запада: Тулузе, Бордо, Марселе, Лионе, Тулоне, Монпелье, Ниме. Тулон сдался англичанам. В Лионе жирондистам удалось захватить власть. Движением руководила департаментская и окружная администрация, состоявшая в основном из крупных собственников.
Шалье в день мятежа, как обычно, отправился в трибунал. «Моя совесть ни в чем меня не упрекает», — заявил он друзьям. Его арестовали на следующий день и предали суду. Битком набитая роялистами «республиканская комиссия общественного спасения» прибегает к излюбленному контрреволюционной буржуазией методу: сочиняют подложное письмо, якобы полученное Шалье от одного эмигранта.
Пятнадцатого июля Шарлотта Кордэ убивает Марата. 17 июля жирондисты, сомкнувшись с роялистами, казнят Шалье. Под ножом он сказал палачу: «Верни мне мою кокарду и укрепи ее на мне, ибо я умираю за свободу». Неопытный палач трижды опускал нож гильотины, пока отрубил голову этого революционера. Друзья тайком похоронили голову Шалье, а после покорения Лиона якобинскими войсками Коло д'Эрбуа отвез ее в Париж.
Оформлял следственный материал по делу Шалье Жан Жак Ампер. Жан Жак уже с 1791 года делил свое время между Лионом и Полемье. После убийства сеньера Полемье восставшими крестьянами Жан Жак поселяется в Лионе, присоединяется к жирондистам и занимает ряд должностей в администрации города. В частности он возглавлял трибунал охраны общественного порядка. Когда после захвата власти жирондистами Шалье был публично обвинен в измене революции, Ампер, согласно прерогативам своей должности, подписал приказ об его аресте. Ампер же провел первый допрос Шалье и составил дело, которое было представлено в Трибунал. Трибунал приговорил Шалье к смерти.
Неизвестно, в какой степени Ампер был причастен к грязным махинациям, при помощи которых были получены доказательства, необходимые для осуждения Шалье, тем не менее, он сыграл свою роль в казни вождя лионских якобинцев. Все время, пока Лион сопротивлялся якобинской армии, посланной Парижем, а засевшие в Лионе жирондисты ждали подхода, пьемонтских иностранных войск, Ампер оставался на своем посту, деятельно исполняя возложенные на него обязанности. Он убежденно боролся за контрреволюционное дело жирондистов. Длительная осада Лиона, усиливающееся сознание безнадежности борьбы не повлияли на него отравляюще. В гражданской войне он твердо стал на сторону промышленной и торговой буржуазии, стремившейся задержать развертывание революции.
Его сын, увлеченный математикой, и не подозревал о роли своего отца в этой смертельной схватке классовых сил. Долгую и упорную борьбу пришлось выдержать войскам якобинского правительства под Лионом.
Лишь 9 октября город сдался.
Через три дня после падения Лиона, 12 октября 1793 года, Конвент принимает декрет об уничтожении восставшего города:
3. …Город Лион будет разрушен; все жилища богатых должны быть уничтожены; останутся только дома бедняков, жилища патриотов, здания, специально приспособленные для промышленности и политики, воздвигнутые на славу человечества и народного просвещения.
4. Имя Лиона будет вычеркнуто из списка городов Республики.
5. Совокупность оставшихся домов будет отныне носить название «Освобожденной Коммуны».
6. На развалинах Лиона будет поставлена колонна, которая передаст потомству о преступлениях роялистов этого города и об их наказании; на ней будет вырезана следующая надпись: «Лион восстал против свободы — Лиона больше нет».
18 день первого месяца второго года Республики единой и нераздельной.
Победившие якобинцы беспощадным террором уничтожили всю контрреволюционную нечисть, все то, что могло в какой бы то ни было мере способствовать врагам свободы, что могло вредить революции.
В числе многих других был арестован и Жан Жак Ампер. Он был заключен в тюрьму 9 октября, в первый же день взятия Лиона. 23 ноября Ампер предстал перед Временной комиссией республиканской безопасности, созданной Фуше. В тот же день он был приговорен к смертной казни, которая должна была совершиться немедленно. На грудь Жан Жака повесили дощечку с надписью: «Судейский, подписавший ордер на арест Шалье».