Еще одной оригинальной фигурой в округе была Цыганка, приходящая в деревню каждый год, чтобы отыскать потерянный амулет, с помощью которого она хочет снять порчу со своего ребенка-имбецила, которого повсюду таскает с собой в котомке за плечами. Как-то, услышав игру на гармошке местной музыкантши Греты, ее дитя стало подавать признаки разумного поведения, и Цыганка гармошку у бедной Греты, вся жизнь которой сводилась к служению музыке, недолго думая выкрала. Догадавшись об этом, Нильс в ярости выхватил у Цыганки ее уродца и пообещал отдать его только тогда, когда она вернет Грете гармошку. Нильс очень рисковал, ведь пасторша появлению в усадьбе дефективного ребенка не обрадовалась бы. Но гармошку музыкантше Грете Цыганка вернула.
Пастор, обучавший Нильса всем школьным предметам, остался его познаниями доволен, и через три года юноша переезжает в Копенгаген, где сдает экзамены на аттестат зрелости и поступает в университет, чтобы впоследствии стать священником.
Наступило самое время упомянуть, что Нильс, по воле автора книги, носит фамилию Брюде — это слово в глагольной форме означает «ломать», «раскалывать», то есть на русском языке она звучала бы как Раскольников. Серьезно занимаясь науками, молодой человек все более усваивает рационалистический подход к явлениям жизни и все менее полагается на христианское вероучение. Нильс скоро осваивается со столичной жизнью. Он подружился со своим крестным, господином Сване (именно он рекомендовал в свое время Мёллерупу взять Нильса на воспитание), одаренным, но безвольным интеллектуалом (некоторые из современников Андерсена усматривали в нем карикатуру на Сёрена Кирке гора), способным на многое, но из-за паралича воли живущим лишь на легкие и случайные литературные заработки. Он вводит крестника в богемное общество Копенгагена, но оно не увлекает Нильса, который все серьезнее занимается естественными науками. Он также много общается с почтенной и богатой еврейской семьей своего университетского товарища Юлиуса Аронса, и через некоторое время его отец отправляет их обоих в ознакомительную поездку по Германии и Италии. А с сестрой Юлиуса Эстер у Нильса завязывается интеллектуальная дружба: девушка серьезно увлекается творчеством Гёте, ее волнуют вопросы религии и церкви; она много читает Новый Завет и собирается отказаться от веры своих отцов. Эстер дарит Нильсу щенка Вапса, которому суждено сыграть едва ли не судьбоносную роль в его жизни.
По прошествии двух лет в летние каникулы Нильс, взяв с собой Вапса, едет повидаться с приемными родителями. И тут он опять демонстрирует характер и волю. На пароходе Вапс падает за борт, Нильс просит капитана остановить судно, но тот отказывается это делать из-за пустяка. Тогда Нильс недолго думая прыгает в воду, капитан останавливает пароход, и хозяин спасает своего пса.
Пасторская семья радушно встречает Нильса, но через некоторое время между ним и ортодоксальным лютеранином Напетом возникают принципиальные разногласия. Однажды интеллектуальный спор между ними перерастает в ссору, в которой пастор гневно заявляет воспитаннику, что тот не видит в человеке создание Божье, а в таком случае уж лучше ему стать фельдшером, чем пастырем человеческих душ. Напет как священник не может благословить своего воспитанника на служение Господу! После возвращения в Копенгаген Нильс принимает его слова к сведению. В нем самом уже созревало решение, что самой подходящей для него, теперь уже почти законченного атеиста, стала бы профессия врача. И он начинает изучать медицину, но продолжает свой интеллектуальный спор с приемным отцом, переведя его в плоскость долгих интеллектуальных разговоров с религиозной Эстер, в которых молодые люди разбирают вторую часть «Фауста» Гёте (в период работы над романом в июне 1856 года Андерсен побывал в гостях у великого герцога Саксен-Веймар-Эйзенахского, посетил в Веймаре театральную постановку обеих частей Фауста, познакомился с внуком Гёте композитором Вальтером фон Гёте и еще раз перечитал вторую часть знаменитой трагедии).
Скоро, однако, в мирную атмосферу интеллектуального спора вторгаются примитивные и жестокие реалии внешнего мира. В марте 1848 года датчане начинают военные действия против шлезвиг-гольштейнских повстанцев и поддерживающих их прусских войск. Нильс Брюде призван в армию младшим военным врачом. Во время отступления из Ютландии на остров Альс он узнает, что брат Эстер, заразившийся в армии тифом, умирает неподалеку. Он спешит к нему на помощь, но застает друга уже в агонии. На его вопрос, есть ли жизнь после смерти, Нильс отвечать не хочет, а когда Юлиус спрашивает его об этом опять, уклончиво отвечает, что так считают все христиане. Вернувшись в Сеннерборг, Нильс участвует в наступлении у деревни Сунневеде и получает тяжелое ранение. Атака датчан отбита, и Брюде остается один во рву. Он истекает кровью и прощается с жизнью, но не молится, а серьезно размышляет о том, что вещества, из которых состоит его тело, скоро опять распадутся на природные естественные элементы и мир для него исчезнет. Неожиданно он скорее чувствует, чем видит, устремленный на него взгляд. Это смотрит на Нильса нашедший его Вапс. Пес кладет лапы на плечи своего хозяина, скулит и бегает вокруг него.