В VI—V вв. до н. э. В Греции существовало несколько медицинских школ, пользовавшихся известностью. Представителем кротонской (италийской) школы был придворный врач персидского царя Демокед упоминаемый Геродотом; к ней же принадлежал и Алкмеон, о котором будет сказано ниже. Основателем сицилийской школы считался философ Эмпедокл; для нее была характерна тесная связь с религиозно-этнической доктриной пифагорийцев. Знаменитая книдская школа продолжала эмпирические египетских и вавилонских врачей детально описывая отдельные комплексы болезненных симптомов и для каждой болезни разрабатывая свою терапию, включавшую сложные рецепты, диетические предписания и широкое применение местных средств, на пример прижиганий. Сочинения врачей книдской школы до нас не дошли, но их отдельные фрагменты, по-видимому, вошли в состав некоторых трактатов свода Гиппократа. В источниках упоминаются также родосская и киренская школы, но о них мы практически ничего не знаем.
Особое место в истории ранней греческой науки занимает кротонский врач и философ Алкмеон (конец VI — начало V вв. до н. э.). Он был близок к пифагорейцам и развивал взгляды, лежавшие в русле физико-космологической традиции науки «о природе». Однако его значение состоит в другом, а именно в том, что он может в какой-то степени считаться предшественником экспериментальной физиологии и анатомии. По имеющимся сведениям, именно он был первым, кто начал практиковать вскрытие трупов животных в целях изучения строения в функций отдельных органов. Признав мозг важнейшим органом и местопребыванием души, Алкмеон дал исторически наиболее раннее учение об ощущениях, дошедшее до нас в изложении Феофраста. Ему приписывается также открытие нервов, ведущих от органов чувств к головному мозгу.
Большое влияние на медицинские концепции последующего времени оказало учение Алкмеона о здоровье, в основе которого лежала идея равновесия противоположных «сил» — теплого и холодного, сухого и влажного, сладкого и горького и т. д. Заболевание организма, по мнению Алкмеона, вызывается нарушением этого равновесия.
Наибольшую славу уже в древности приобрела косская медицинская школа, неразрывно связанная с именем Гиппократа, уроженца острова Кос, жившего во второй половине V в. до н. э. Гиппократу приписывалось свыше 70 медицинских книг, в своей совокупности составивших так называемый «Свод Гиппократа» («Corpus Hippocraticum»). Книги эти крайне разнородны, и ныне считают, что сам Гиппократ мог быть автором лишь некоторых из них, остальные же написаны в разное время его учениками и последователями. В целом Свод дает весьма полную картину, медицинской теории и практики рассматриваемой эпохи.
Основная черта гиппократовой медицины — строгий рационализм, выступающий здесь в качестве сознательно проводимой тенденции. В этой связи очень характерно сочинение «О священной болезни», в котором опровергается традиционное мнение об эпилепсии как особой болезни, имеющей божественное происхождение. По мнению автора этого трактата, все болезни — и эпилепсия в этом отношении не представляет исключения — вызываются естественными причинами, которые необходимо выяснить и исследовать, чтобы выработать правильные и эффективные методы лечения. В трактате содержится резкая полемика с теми, кто пользуется для излечения болезней заклинаниями и методами религиозно-мистического очищения. По мнению большинства исследователей, эта полемика направлена в первую очередь против врачей сицилийской школы, о которой было упомянуто выше.
Вторая особенность гиппократовой медицины состоит в требовании индивидуального подхода в каждом конкретном случае, определяемого особенностями как самого пациента, так и той естественной среды, в которой он находится. При этом гиппократики широко пользовались понятием «природы» (фюсис), которое у них приобретает поистине универсальное значение. Прежде всего в применении к пациенту «природа» означает совокупность особенностей его телесной и духовной конституции, обусловленных происхождением, наследственностью и действием окружающей среды. Чтобы вылечить больного, врач должен уяснить его «природу» и применить такие методы лечения и такие лекарства, которые не противоречат этой «природе», а согласуются с нею. При этом нужно учитывать «природу» не только организма в целом, но и отдельных его органов. Далее, у каждой болезни также есть своя «природа», которую врач должен знать, чтобы умело направить течение недуга в благоприятную для пациента сторону. Наконец, необходимо использовать «природу» естественной среды, в которой находится больной: особенности климата, характер ветров, свойства воды и т. д. В трактате «О воздухах, водах и местностях», считающимся одной из самых ранних книг Гиппократова свода, излагается влияние этих естественных факторов на «природу» местных жителей и на характер болезней, которым те подвержены. Основной совет, который дается в этой книге странствующему врачу (а таким был, по-видимому, и сам Гиппократ),— по прибытии на новое место первым делом изучить именно эти естественные факторы, чтобы знать их вредное влияние и уметь использовать их целительную силу.