Примерно в это же время находившийся в Лиссабоне Жюно получил известие о том, что с севера на столицу движется 20-тысячный отряд вооруженных чем попало португальских крестьян. Жюно двинул против них все, что у него оставалось, — отряд генерала Маргарона. Бой произошел в районе Лейрии. Генерал Маргарон решительно атаковал и уничтожил почти 900 португальцев, захватив все их знамена. После этого отряд, преследуя бегущих португальцев, пошел на восток к Томару на соединение с отрядом генерала Луазона.
9 июля отряд Луазона уже был в Абрантише, а 11-го — в Сантареме. По данным генерала Тьебо, отступая из Альмейды, Луазон потерял 60 человек убитыми и 130–140 человек ранеными, потери же португальцев составили 4 тысячи человек.
Уже в Сантареме к отряду Луазона присоединились войска генералов Келлерманна, Томьера и Бренье.
После этого генерал Луазон, поддержанный генералом Келлерманном, славно отомстил португальцам в районе Алкобаса, буквально разнеся в пух и прах 15-тысячную толпу восставших.
Боевой задор португальцев в центральных районах страны начал постепенно угасать. Несмотря на численное превосходство, они ничего не могли противопоставить организованности и профессионализму французов.
После взятия Алкобасы генерал Луазон переместился к реке Тежу в город Сантарем, а оттуда был направлен в юго-восточную провинцию Португалии Алентежу для проведения карательной операции, аналогичной той, что он только что провел на севере. В этой миссии его сопровождали генералы Солиньяк и Маргарон.
25 июля отряд Луазона пересек реку Тежу, а 28-го уже был в Монтеморе. Там авангард Луазона встретился с авангардом португальцев и разгромил его, уничтожив около 50 человек и взяв в плен около 100 человек крестьян-ополченцев, которых из-за их жалкого вида приказано было отпустить по домам.
Основные силы противника были собраны в столице Алентежу крепости Эвора в 110 километрах от Лиссабона. 29 июля войска Луазона подошли к Эворе и были встречены огнем многочисленных стрелков и пяти орудий. Луазон приказал войскам остановиться и начал разведку боем. Справа от Эворы противник занимал высоты, переходившие в горы, левый же фланг его опирался на стены старинного городского замка.
Португальские войска в Эворе находились под командованием генерала Лейте и включали в себя не просто толпу ополченцев и крестьян (хотя и их под Эворой было предостаточно), а несколько частей регулярной армии, в частности 3-й португальский пехотный полк (848 человек), португальскую кавалерию (120 человек), 3-й португальский артиллерийский полк и т. д. И эти регулярные войска находились не в чистом поле, где преимущество хорошо обученных французов было очевидным, а были надежно укрыты за стенами Эворской крепости, казавшейся неприступной.
Поддержали португальцев под Эворой и испанские регулярные войска, повернувшие свои штыки и орудия против своих бывших союзников французов. Здесь находились батальон испанской пехоты (около тысячи человек), испанский гусарский полк Марии-Луизы (около 500 человек) и испанская батарея из 7 орудий. Командовал испанцами полковник Моретти.
Под командованием Луазона находилось около 9 тысяч человек, и разгром, учиненный им генералу Лейте, был полным. По данным Рене Шартрана, французы потеряли 100 человек убитыми и около 200 человек ранеными, португальцы же с испанцами — от 3 до 4 тысяч убитыми и ранеными и свыше 4 тысяч взятыми в плен. Кроме того, было захвачено 7 орудий противника, 8 знамен и множество боеприпасов.
После этого французы ворвались в Эвору и принялись колоть штыками всех без разбора. Среди убитых было множество стариков, женщин и детей. Со взятыми в плен генерал Луазон обошелся с особой жестокостью.
— Эти мерзавцы не заслуживают французских пуль! — кричал он. — Веревка! Только веревка! Пусть их всех повесят!
По словам историка Жака Бельмаса, «эта кровавая экзекуция оставила за генералом Луазоном грустную славу в этих краях и стала поводом для ответных репрессий и мести со стороны вспыльчивых португальцев».
1 августа 1808 года генерал Луазон понинул Эвору и переместился в Эштремош. Там он получил информацию о том, что свежая 15-тысячная испанско-португальская армия движется прямо на него со стороны Бадахоса. Самым разумным в этой ситуации было отступить к Абрантишу, куда Луазон и вошел 9 августа. 14 августа Луазон был в Сантареме. а 16-го — в Торриш-Ведраше.
Тем временем на севере страны в районе Опорту шло активное формирование португальской регулярной армии, которое местной Хунтой было поручено генералу Бернардиму Фрейре де Андраде.