Главным объектом критики Иринея были многочисленные гностические учения (ереси), которые особенно широко распространились во II в. (им близко учение Маркиона). В противовес их писаниям Ириней выдвигает в качестве единственно истинных четыре евангелия. Он особенно активно защищал подлинность четвертого евангелия, тем самым косвенно свидетельствуя, что оно не было признано повсеместно и вызывало споры: «Четыре есть евангелия, не больше и не меньше, и только пустые, неученые и наглые люди, извращая форму евангелия, вводят их больше или меньше» (111.11). В противовес этим истинным евангелиям Ириней упоминает «несказанное множество апокрифических и подложных писаний» (1.20). Употребленное им слово «апокрифические» впоследствии было распространено на все не признанные церковью христианские книги. Появление этого термина связано с религиозно-философским течением гностицизма (о гностицизме подробнее см. во II части книги). Гностики сами называли свои писания тайными (они даже применяли криптограммы), предназначенными только для «избранных».
Гностики, о которых писал Ириней, пользовались сложной символикой образов, придавали магическое значение числовым сочетаниям, которые тоже могут быть постигнуты только «избранными» и останутся тайной для непосвященных. Именно такой подход и дал основание Иринею назвать сочинения гностиков апокрифами, а так как он полемизировал с гностиками, стремясь доказать, что они искажают подлинное учение Христа, то для него их сочинения, также написанные от имени апостолов, были не только тайными, но и подложными. Такое же словоупотребление (тайные — подложные) встречается у Тертуллиана, христианского философа рубежа II и III вв. В конце II в. встречается выражение «Новый завет» как название собрания признанных священными книг. Евсевий Кесарийский упоминает о сочинении неизвестного автора, направленном против одной из радикальных христианских групп монтанистов; в этом сочинении слова «Новый завет» употреблены применительно к писаному тексту, хотя само понятие существовало значительно раньше. Слово «завет» восходит к идее союза народа с богом, выраженной в библейских книгах; «Новым союзом» назвали себя кумранские сектанты, считая, что старый («ветхий») союз бога с иудеями потерял силу из-за искажения первосвященниками, фарисеями, вероотступниками истинного смысла божественных установлений, и они заключили с богом «Новый союз». В Септуагинте слово «союз» передано словом — завет, завещание (исходящее от бога). В смысле нового союза с богом это словосочетание встречается и в Евангелии от Луки: «…сия чаша есть новый завет в Моей Крови, которая за вас проливается» (22.20). Когда источником вероучения стали почитаться определенные отобранные писания, то на них было перенесено название «Новый завет».
Процесс отбора христианских книг, которые должны образовать этот «новый» (по сравнению с Ветхим) завет, был процессом сложным не только потому, что отдельные группы общин почитали разные писания, но и потому, что наряду с резко расходившимися по вероучению текстами были писания, восходившие к общей традиции, но отличавшиеся передачей отдельных эпизодов и интерпретацией отдельных речений Иисуса. Кроме того, когда сложились основные евангелия, ставшие хорошо известными верующим, и их переработка (или, вернее, редактирование при переписке) могла сводиться только к изменениям отдельных деталей, стали создаваться самостоятельные произведения, как бы дополняющие древнюю традицию: описания детства Иисуса, жизнеописание его матери, описания деяний отдельных апостолов, упомянутых в евангелиях, — Петра, Павла, Филиппа, Андрея и др. Последние были особенно многочисленны в связи с тем, что во II в. наиболее значительные христианские общины начинают связывать свое происхождение с деятельностью непосредственных учеников Иисуса: община Рима якобы ведет свою родословную от Петра, община Эфеса — от Иоанна. Отношение к подобным произведениям было различным. Некоторые христианские теологи и апологеты христианства рубежа II–III вв., принимавшие в качестве основных источников вероучения четыре канонических евангелия, ссылались как на авторитет и на другие священные книги. Так, Ориген использовал Евангелие от Петра и «Книгу Иакова», содержащую историю детства и замужества Марии (оба этих произведения приведены ниже), цитировал Евангелие евреев и «Деяния Павла», только с оговоркой, что их нельзя ставить в ряд с четырьмя евангелиями. Встречаются цитаты из неканонических произведений и у Климента Александрийского. В то же время продолжали вызывать сомнения у ряда богословов те произведения, которые вошли впоследствии в Новый завет, прежде всего Апокалипсис Иоанна и анонимное Послание к Евреям, которое сам автор назвал «словом утешения» (или «увещевания». — 13.22). Тертуллиан не упоминал среди священных книг Второе послание Иоанна; Ириней — Послание Иуды.