Уже в директиве 3-го Управления НКО СССР № 35523 от 27 июня 1941 года «О работе органов 3-го Управления НКО в военное время», подписанной его тогдашним руководителем А. Н. Михеевым, ставились конкретные задачи с учетом изменившейся оперативной обстановки. В документе были определены следующие основные функции военной контрразведки:
«1) Агентурно-оперативная работа:
а) в частях Красной Армии;
б) в тылах, обеспечивающих действующие на фронте части;
в) среди гражданского окружения.
2) Борьба с дезертирством.
3) Борьба на территории противника».
Постановлением Государственного комитета обороны (ГКО) СССР № 187/СС от 17 июля 1941 года органы 3-го Управления НКО в действующей армии на фронтах и в военных округах преобразовывались в Особые отделы, а 3-е Управление НКО — в Управление Особых отделов НКВД.
Как уже говорилось выше, 19 апреля 1943 года Совет народных комиссаров СССР постановил:
«…1. Управление особых отделов НКВД СССР изъять из ведения НКВД СССР и передать Народному комиссару обороны, реорганизовав его в Главное управление контрразведки НКО «Смерть шпионам», поставив перед ним следующие задачи:
а) борьба со шпионской, диверсионной, террористической и иной подрывной деятельностью иностранных разведок в частях и учреждениях Красной Армии;
б) борьба с антисоветскими элементами, проникшими в части и учреждения Красной Армии;
в) принятие необходимых агентурно-оперативных и иных (через командование) мер к созданию на фронте условий, исключающих возможность безнаказанного прохода агентуры противника через линию фронта, с тем чтобы сделать линию фронта непроницаемой для шпионских и антисоветских элементов;
г) борьба с предательством и изменой Родине в частях и учреждениях Красной Армии (переход на сторону противника, укрывательство шпионов и вообще содействие работе последних);
д) борьба с дезертирством и членовредительством на фронтах;
е) проверка военнослужащих и других лиц, бывших в плену и окружении противника;
ж) выполнение специальных заданий народного комиссара обороны.
2. Установить, что органы Смерша освобождаются от проведения всякой другой работы, не связанной непосредственно с задачами, изложенными в п.1 настоящего постановления…»
Через двое суток — 21 апреля 1943 года И. В. Сталин подписал Постановление ГКО № 3222 сс/ов об утверждении положения о ГУКР Смерш НКО СССР. Обстановка требовала быстрых и кардинальных решений. Наверное, Сталин, став наркомом обороны в военное время, понимал, что армейская контрразведка не должна входить ни в какое другое ведомство, кроме наркомата обороны. Теперь Абакумов формально стал заместителем Сталина по безопасности. Обстановка заставляла чаще общаться с вождем, что в кругу партийных чиновников вызывало зависть. Хотя с учетом крутого нрава Верховного главнокомандующего и его глубокого проникновения в суть любых вопросов не всем хотелось светиться перед ним — спрос за ошибки и просчеты в военной обстановке был строгим, суровым и порой беспощадным.
Смерш для Абакумова стал пиком его личной славы. Это была организация, составившая достойную конкуренцию НКВД и РУ (потом ГРУ) Генштаба ВС СССР в деле борьбы с агентурой противника, его дезинформации и розыска особо опасных государственных преступников. Не случайно самолюбивый и жесткий Берия уже после первых шагов этого грозного ведомства не только стал считаться с его руководителем — недавним подчиненным, но и начал побаиваться начальника ГУКР НКО Смерш. Как-никак — заместитель наркома обороны, которым был сам Сталин!
Сталин не держал возле себя бездарей. Он увидел в Абакумове уверенного в правоте своего дела, инициативного сотрудника, высокого специалиста, который рос профессионально день ото дня. Он своими успешными делами и своих подчиненных в борьбе с агентурой противника словно подтверждал общий призыв: «Наше дело правое. Враг будет разбит. Победа будет за нами!»
Об успешной деятельности дирижера фронтовых коллективов особых отделов, а затем ВКР Смерш написаны десятки книг и сотни статей, но автору хотелось остановиться на некоторых его инициативах, существенно повлиявших на результативность борьбы с тайным врагом. Военные контрразведчики жили по принципу «на войне как на войне». Они делали вместе с бойцами и командирами РККА одно дело, деля фронтовую обыденность передовой, а не тихой тыловой заводи, как об этом пишут недоброжелатели и лгуны. Они били врага и в открытых сражениях, и на полях незримого фронта.