Ориентация круглой обсерватории по точкам солнцестояния позволяет отнести её к той же категории, что и обсерватории в Стоунхендже и египетских храмах. Однако имеющиеся факты свидетельствуют о том, что после эпохи мегалита во времена зарождения Древней Империи под покровительством Виракочи в Андском календаре ключевую роль играл - наряду с точками равноденствия - лунный цикл.
Историк Гарсиласо де ла Вега, описывая похожие на башни сооружения вокруг Куско, утверждал, что они использовались для определения дней солнцестояния. Правда, он также описывал другой «каменный календарь», который не сохранился до наших дней и который напоминает каменный круг в Лагаше. По свидетельству Гарсиласо, колонны в Куско служили для определения точек равноденствия, а не солнцестояния. Он писал, что на открытой площадке перед Кориканча для определения точного момента наступления равноденствия были установлены колонны из превосходнейшего мрамора. Когда солнце приближалось к нужной точке, жрецы ежедневно наблюдали за тенью, которую отбрасывали колонны, а для того чтобы получить более точный результат, они укрепляли на них гномон, как колышек на циферблате солнечных часов. И как только в полдень он переставал отбрасывать тень, они делали вывод, что солнце вступило в точку равноденствия.
Согласно авторитетному исследованию Л. Э. Валкарселя «The Andean Calendar», такое определение дней равноденствия и их почитание унаследованы инками от предков - несмотря на то что они перешли от более древнего календаря, основанного на точках равноденствия, к солнечному. В своей работе учёный показал, что особое значение инки придавали месяцам, соответствующим марту и сентябрю, то есть месяцам равноденствия. «Инки верили, - писал он, - что в эти два дня равноденствия Отец Солнце спускается вниз и живёт среди людей».
Необходимость корректировать солнечный календарь из-за явления прецессии и, возможно, из-за несовпадения равноденственного и солнечного нового года приводила к непрерывным реформам календаря даже во времена Древней Империи. По мнению Монтесиноса, пятый, двадцать второй, тридцать третий, тридцать девятый и пятидесятый монархи Древней Империи «обновляли исчисление времени, в котором возникала путаница». Тот факт, что эти реформы были связаны с изменением взаимоотношений между солнцестояниями и равноденствиями, подтверждается тем, что правитель Манко Капак IV «приказал, чтобы год начинался в день весеннего равноденствия». Подобное распоряжение стало возможным потому, что монарх был Амаута, «знатоком астрономии». Тем не менее совершенно очевидно, что этим своим указом он лишь возвращал календарь, которым пользовались в прежние времена. Согласно хронологии Монтесиноса сороковой монарх, который занимал престол за тысячу лет до Манко, Капака IV, «основал академию для изучения астрономии и вычисления равноденствий. Он разбирался в астрономии и умел определять равноденствия, которые индейцы называли Илла-Ри».
И как будто одного этого было недостаточно для непрерывных реформ, учёные обнаружили доказательства использования лунного календаря - или, по крайней мере, знакомства с ним. В своих работах по археоастрономии Анд Рольф Мюллер сообщал, что в местечке, которое называется Пампа-де-Анта и расположено в десяти милях от Саксахуамана, в монолитной скале вырезаны ступени, образующие полукруг, или полумесяц. Поскольку с этой точки ничего не видно, кроме выступа Саксахуаман на востоке, Мюллер пришёл к выводу, что данное место служило для астрономических наблюдений в направлении, которое определялось на Саксахуамане, но, скорее всего, было связано с появлением Луны. Местное название этих ступеней - Куилларуми, или «лунный камень», - предполагает именно это назначение.
Скованные представлением о том, что инки поклонялись Солнцу, современные учёные поначалу никак не соглашались признать, что индейцы могли наблюдать и за Луной. На самом же деле первые испанские историки неоднократно сообщали о том, что инки пользуются сложным и необыкновенно точным календарём, объединяющим солнечные и лунные аспекты. Историк Фелипе Гуаман Пома де Алива утверждал, что «инки знакомы с циклами Солнца и Луны… с месяцами года и четырьмя сторонами света». Утверждение, что инки наблюдали и за солнечным, и за лунным циклом, подтверждается тем фактом, что в Кориканче рядом с алтарём Солнца располагался алтарь Луны. В святая святых храма главным символом был эллипс, слева от которого находилось Солнце, а справа Луна. И только Хуаскар, один из двух единокровных братьев, боровшихся за престол в тот период, когда появились испанцы, заменил овал золотым диском, обозначающим Солнце.