Повстанцы, которые первое время действовали стихийно, разрозненно, вскоре осознали необходимость единого командования. Уже через месяц после начала боевых действий была образована Ишимская народная армия, в состав которой входило две дивизии. Весь повстанческий фронт делился на Восточную ишимскую и Петропавловскую группы. Первую возглавлял Никон Васильевич Горбачев — 27-летний хлебопашец из деревни Гагарьевская, а вторую — Григорий Атаманов, крестьянин 23 лет от роду из деревни Смирное Ишимского уезда. Петропавловской группой командовал атаман Морев. Один из крупнейших отрядов, входивших в Ишимскую дивизию, возглавил сорокалетний атаман, или, как он сам себя называл, «генерал» Петр Семенович Шевченко.
Григорий Денисович Атаманов, командарм Ишимской группы, прославился тем, что мастерски организовал свою повстанческую группу, в которой были даже специальные лыжные команды в белых маскировочных халатах. Атаманов также создал личный пропагандистский отдел, который выпускал ежедневную сводку, листовки и прокламации. Однако по подозрению в измене он был расстрелян в штабе Повстанческой армии.
Атаман Шевченко прошел фронты Первой мировой и гражданской войн, всегда носил военную форму, был человеком крупным (ростом около двух метров) и сильным. До войны на ярмарке в деревне Кротово он показывал свою силу, в одиночку поднимая 30-пудовую телегу. Отряд Шевченко (500 человек конных и пеших при пяти пулеметах) действовал с февраля по август 1921 года (хотя западносибирское восстание было подавлено красными уже в апреле 1921-го).
С началом весны 1921 года Красная армия потеснила сибирских повстанцев, главные силы которых отошли к Тобольску. 7 апреля повстанцы Народной армии оказались в окружении и, чтобы вырваться из него, оставили Тобольск. Однако пять тысяч партизан все же оказались в плену. В мае советский десантный отряд внезапно захватил село Самарово. В плен попал штаб восстания, в боях погиб командующий Народной армией В. Желтовский и один из прославленных командиров повстанцев Борис Сватош. Восстание было полностью ликвидировано 25 мая–2 июня 1921 года, когда десант, прибывший на бронепароходах, занял городки Березово, Сургут, Обдорск.
Еще в 1919 году в Восточной Сибири сформировались самостоятельные «партизанские края», в которых была своя «третья власть» повстанческих командиров-атаманов, проводился «великий эксперимент» построения «идеального» анархистского общества. Парадоксально, но о «махновском эксперименте» в России выпущены десятки книг, а сибирский «анархистский эксперимент» так и остался в тени. Даже в книгах, где рассматривается история российского анархизма, о сибиряках почему-то не сказано ни слова. В то же время в сибирских газетах и пропагандистских брошюрах начала 1920-х годов можно встретить забытые вскоре термины: «сибирская махновщина», «роговщина» «новоселовщина», «лубковщина», «козоривщина». Эти политические штампы когда-то работали на пропаганду, на обличение и поиск врагов, служили обоснованием для расстрелов.
Созданием «нового общества» сибирские мечтатели занялись еще в 1917-м. Они сдержанно отнеслись к Временному правительству и Учредительному собранию, поначалу поддержали Октябрьский переворот. Как и украинские повстанцы, сибиряки считали приемлемым для себя «вольный советский строй», при котором власть будет распределяться «снизу вверх», а общество держаться на самоорганизации и полновластии местных советов.
В начале 1918 года наиболее горячие революционные головы уже окунулись в водоворот «прямой демократии», создавая практически независимые местные советы, благо что Сибирь была очень далеко от Смольного и Кремля. Отсутствие общегосударственных законов сделало из местных левых лидеров не только вождей, но и атаманов-диктаторов. Эти эксперименты были резко прерваны в июне–июле 1918 года, когда власть в Сибири перехватили эсеровские правительства Директории и Чехословацкий корпус.
С августа 1918 года в Сибири поднялась волна неприятия утверждающегося на штыках чехословаков либерально-буржуазного строя. Сибирское крестьянство, уже привыкшее жить без власти, выступило против мобилизаций в армию, против поборов и реквизиций «городской власти». Как и в Украине, в этот момент общего ослабления центральной власти начиналась «Великая крестьянская война» деревни против города. Как и в Украине, повстанцы первыми стали разрушать коммуникации, по которым «городская власть» приходила в деревни и на хутора или отдавала жестокие приказы: железные дороги, мосты, телеграф. Сибирь решила жить хуторской жизнью без приказов городских начальников и налогов, как это было 200 лет назад.