Взятие города сопровождалось грабежами. В это время в Кузнецк вошло еще пять-шесть партизанских отрядов (кроме соединения Рогова), среди партизан было немало непримиримо настроенных к тем, кого они считали своими врагами, причем в круг этих врагов мог попасть практически любой и тогда расправа была недолгой. С партизанами в город вошли крестьяне окрестных деревень с целью пограбить «городских». Уголовники, выпущенные из тюрьмы, приняли самое «деятельное участие» в грабежах, они заходили в дом и, убивая хозяев, забирали все, что им приглянулось.
По жалобам населения Кузнецка Рогов проводил показательные казни виновных. После «роговского погрома» в городе говорили, что атаман разрушал артиллерийским огнем церкви, что он изнасиловал на церковном престоле купчиху и пытался сбросить с пьедестала памятник царю Александру III. В устах жителей Кузнецка Рогов превратился в архетип бандита и убийцы. Конечно, молва многое ему приписывала, но казни, безусловно, были. Да и сам атаман этого не скрывал. «Я беспощадно рубил врагов трудящихся и буду рубить, — говорил он. — Также буду бороться с Лениным и Троцким... Всякая власть является ярмом трудящихся, от которой им пользы никакой не было и не будет. Засядут везде комиссары, через сто лет будет то же, что было два с половиной года назад. Углубляй революцию, не давай ей погаснуть, поджигай мировое пламя под черными знаменами анархии!» Так или иначе, до поры до времени, пока партизаны были нужны в борьбе с белыми, Рогова и Новоселова большевики не наказывали за бандитизм и разрешали управлять подконтрольными районами.
Погром и массовые казни сопровождали также «визит» отряда Рогова–Новоселова в город Щегловск (ныне — Кемерово). На местах сторонники атаманов создавали террористические группы, убивавшие офицеров, зажиточных крестьян, представителей духовенства и интеллигенции.
Во второй половине декабря 1919 года отряд Рогова пытался утвердить свою власть в поселке Кольчугино и на кольчугинских рудниках. 26 декабря партизаны отогнали белогвардейцев к Мариинску, чем закончилась война Рогова-Новоселова против колчаковцев. Когда бои партизан против белых еще продолжались, 23 декабря 1919 года командование Красной армии тайно приказало своим частям «ликвидировать банду Рогова, сопротивляющихся расстреливать, Рогова и других главарей взять живыми и препроводить под сильным конвоем в Кузнецк».
В то же время, согласно приказу Реввоенсовета 5-й армии, партизаны Рогова–Новоселова должны были подчиниться командованию 35-й дивизии (начдив Нейман). Части Красной армии, а также партизаны из 1-й Томской партизанской дивизии и алтайских партизанских отрядов без единого выстрела разоружили и расформировали отряд Рогова–Новоселова. Однако сами атаманы отказались выполнить приказ о добровольном разоружении и были арестованы красноармейцами. 5 января 1920 года под конвоем их доставили в тюрьму Кузнецка, а оттуда — в тюрьму Новониколаевска (ныне — Новосибирск). Атаманы обвинялись в разбое, грабежах и в неподчинении приказам.
В начале того же 1920 года по приказу командира 27-й советской дивизии за неподчинение командованию Красной армии был арестован атаман Лубков. Вскоре он решением ревтрибунала 45-й армии был осужден на пять лет лишения свободы с отсрочкой приговора. Партизаны Лубкова были разоружены и распущены по домам. А вот анархисту Милославскому, командиру Усть-Мосихинского повстанческого отряда, повезло меньше: он был арестован властями и «при попытке к бегству» застрелен.
Во время переезда в тюрьму Новониколаевска Новоселов сумел сагитировать двоих конвоиров, бывших партизан, и скрылся с ними в Барнаульский уезд. По другим данным, атаман бежал уже из Новониколаевской ЧК или был освобожден властями.
Рогов просидел в новониколаевской тюрьме два месяца. В переполненной, холодной и грязной тюрьме Рогов постоянно подвергался избиениям и голодал. В камере, куда поместили атамана, находились и тифозные больные, и вскоре он заболел. Власти надеялись на то, что Рогов сам умрет от тифа, и поэтому было принято решение выпустить атамана. Этому способствовало и множество просьб об освобождении атамана, присланных «во власть» сельскими сходами и советами партизан.
После освобождения Рогов еще месяц болел у себя дома, в деревне Жуланиха Причернского края. Вскоре атаману были принесены извинения за неоправданный арест, власти предложили ему ответственную работу в Барнаульской губЧК, из партийной кассы ему были выплачены 10 тысяч рублей «на поправку».