К этому времени в Сибири сформировалась «критическая масса» недовольных новым режимом большевиков. Большие сибирские села в несколько тысяч жителей, как правило, были сильно удалены от городов, и степень их экономической и социальной самостоятельности, навыки самоорганизации были выше, чем в Центральной России. Сибиряки были вооружены, имели опыт партизанства, знали тайгу и ценили свою свободу. Они не нуждались во власти центрального правительства, не видели от него помощи, а испытывали только поборы и страдали от карательных отрядов. Жители Сибири мечтали о децентрализации управления, о всевластии советов на местах, о кооперативно-артельном самоуправлении. Им казалось, что должна пройти еще одна — «третья революция», чтобы установились свобода и равенство на их земле. Анархисты Сибири использовали выборы в советы весной 1920 года для критики советской власти. В Жуланихе, на съезде бывших партизан, они, среди прочего, провели сбор средств на «поправку» Рогова.
В начале 1920 года в Партизанской армии Сибири сложилась напряженная обстановка. Первым выступлением повстанцев против диктатуры пролетариата стала козыревщина. Реввоенсовет 5-й армии в январе отстранил от командования повстанческого атамана Козыря — командира 4-го крестьянского корпуса. Тот с частью верных ему повстанцев перебрался в Усть-Каменогорск, где призвал повстанцев и крестьян создавать «советскую власть без коммунистов», бороться за «истинно Рабоче-Крестьянскую Социалистическую Советскую власть». Атаман был против замены выборных крестьянских советов «назначенцами» — «темными людьми». Он агитировал не подчиняться коммунистическим ревкомам, заявив, что «нам, крестьянам, не нужно никакой власти, нам нужно народное право».
В сибирских селах в это время установилась самостоятельная «крестьянская власть». Район деревни Солоновки, где создавалась Красная партизанская армия Мамонтова, и район Камня, где находились бывшие партизаны 2-го корпуса армии Мамонтова, превращались в самостоятельные «республики». На их территориях разгонялись коммунистические ячейки. Как и в Украине в 1919-м, сибирские деревни стали похожи на военные лагеря, они окопались и выставили военные заслоны. Острый конфликт с Козырем большевикам удалось замять, и он не перерос в вооруженное столкновение. Однако напряжение между «красным городом» и независимой сибирской деревней с каждым новым днем военного коммунизма только возрастало.
В марте 1920 года в Кузнецке чекистами были задержены 20 человек из отряда Рогова, которые вели анархистскую пропаганду. Эти люди распространяли слухи о том, что атаман Рогов уже выступил против советской власти и организует новый партизанский отряд. Анархисты тогда выступали под довольно-таки странным лозунгом «Долой коммунистов, да здравствуют большевики!». В Кузнецке на заборах были расклеены листовки, подписанные «Левее левых», которые призывали к свержению советской и вообще «всякой власти» и к провозглашению анархии, которая гарантирует народу «истинную свободу, равенство, братство!»
В конце апреля в районе Жуланихи под черными знаменами с надписью «Анархия — мать порядка» стали собираться группы бывших анархиствующих бойцов. 1 мая около тысячи человек приняли участие в торжественном перезахоронении в Жуланихе тел партизан — жертв колчаковского террора. На траурном митинге ораторы заявляли, что большевики установили режим «хуже царских генералов», что партизаны «зря проливали кровь». Митингующие возмущались созданием ревкомов, использованием «буржуазных спецов», новыми повинностями, неуважительным отношением новой власти к партизанам и их вождям Новоселову, Рогову, Козырю, Лубкову.
3 мая повстанцы в количестве около 800 человек начали боевые действия против диктатуры большевиков в Сибири. Они захватили Жуланиху, Мироновку, Кытманово, Тогул, Уксунай, Чумыш, Евдокимово, где разгонали ревкомы, советы, местную милицию. В тот же день Рогов появился в Тогуле, фактически став вождем восстания. Впрочем, существует версия, что лично атаман в восстании участия не принимал, потому что продолжал болеть тифом. Но он, так или иначе, поддержал лозунги и программу повстанцев. 6 мая большевики объявили Рогова «предателем революции», а через два дня Алтайский губревком опубликовал приказ «О борьбе с новоселовскими бандами», в котором Рогов и Новоселов объявлялись белогвардейцами. Сибирский ревком призывал повстанцев добровольно сложить оружие и сдаться, обещая амнистию и зачисление в ряды Красной армии.