10 мая к восстанию присоединился атаман Новоселов. Он собрал отряд повстанцев-анархистов (в 700–800 штыков), который занял несколько таежных сел. Однако Новоселову не удалось захватить стратегическую инициативу. 26-я дивизия Красной армии в 20-х числах мая оттеснила повстанцев от линии железных дорог и крупных поселков. 27 мая отряд Новоселова был выбит из села Брюханова и ушел в тайгу. Разгромленный отряд выходил из-под ударов красных, разбившись на три группы, потеряв свое черное знамя и половину бойцов.
В конце мая 1920 года Новоселов и Рогов снова объединили свои соединения, собрав до двух тысяч бойцов. Однако повстанцы избрали проигрышную тактику, уклоняясь от крупных боев и отступая перед регулярными частями Красной армии. Впрочем, и красноармейцы часто не желали идти на столкновения с партизанами. И красные, и черные повстанцы были одной крови — революционной, хотя Рогова красная пропаганда называла то «правым эсером», то «колчаковским подпоручиком», то «агентом царской охранки».
После десятка кровавых боев в июне силы Рогова–Новоселова были рассеяны на небольшие отряды, укрывшиеся на таежных заимках. В середине июля Рогов с небольшой группой повстанцев уходил от преследования. 20 июня, в перестрелке с красными, жена Рогова была убита, сам атаман был ранен, но ему удалось скрыться в тайге, где он прятался до 3 июля, когда был обнаружен карателями на отдаленной зимовке. Рогов пытался бежать, отстреливался, но был несколько раз ранен. Далее, по одной из версий, он, не желая попасть в плен, застрелился или был убит при сопротивлении во время ареста. Еще по одной версии, Рогов направился в Барнаул, чтобы сдаться властям и объяснить свое неучастие в восстании.
Нужно отметить, что в селах, поддержавших восстание Рогова–Новоселова, разверстка не назначалась, а выступления были спровоцированы разоружением, расформированием партизанских отрядов, попытками властей записать бывших партизан в Красную армию и отправить их на советско-польский фронт.
В районе Прокопьевского рудника до лета 1921 года действовал анархистский отряд Аньки Белокобыльской, к которой перешла часть отряда погибшего Рогова. Ее бойцы убивали «гадов», устраивали поджоги и взрывы. После гибели атамана Рогова с Алтая в район Кузнецка прибыл партизанский отряд Ивана Толмачева — соратника Рогова, в том же районе действовали мелкие самостоятельные повстанческие группы, которые возглавляли анархисты Леонов и Сизиков. До 1922 года действовали партизанские отряды Новоселова и бывших сподвижников Рогова братьев Мурзиных.
Примерно с июня 1920 года командование отрядом Рогова-Новоселова перешло в руки Новоселова, который более чем Рогов был ориентирован на анархистские лозунги. Еще в конце февраля 1920-го он объявился в деревнях Причернского края. В марте Новоселов предупреждал большевиков — «будем резать ревкомы». Своих новых врагов он определял расплывчатым термином «гады», считая, что они «несут новый гнет». Атаман зачислял в число «гадов» всех богатых и влиятельных людей — «недострелянных» офицеров и буржуев, интеллигентов-специалистов, коммунистов-бюрократов. «У вас в Барнауле много гадов, которые сидят на тепленьком местечке и кушают жареные котлеты, почему вы не делаете чистку этим гадам... Мы кровь проливали... чтобы уничтожить этих гадов, а власть их огораживает штыками», — вещал Новоселов. На крестьянских сходах он призывал: «Не признавать никакой власти... вырезать бывших офицеров и инженеров, замаскировавшихся и примазавшихся к РКП(б)». Это была программа кровавой социальной чистки, которую воплотит в жизнь Сталин в 1920–1930-х годах.
В июле 1920 года отряд Новоселова действовал в Бийском уезде. Повстанцы громили масло- и кожзаводы, разгоняли ревкомы и комячейки. Атаман использовал против красных тактику непрерывных рейдов и отходов отряда в тайгу. У деревни Сычевка его отряд столкнулся с двумя взводами красноармейцев и 6-м коммунистическим отрядом бывших партизан. В бою повстанцы потерпели поражение, в начале августа отряд Новоселова был разбит красным эскадроном. Атаман с двадцатью повстанцами скрылся в тайге, а вскоре появился в Алтайской степи в повстанческой армии Плотникова.
В конце июня 1920 года под лозунгом «Советы без коммунистов!» началось восстание крестьянства Степного Алтая. Атаманом этой «армии» стал бывший комиссар 1-го Алтайского полка Партизанской армии Мамонтова эсер Федор Плотников. Он был коренным сибиряком, выходцем из бедняцкой семьи села Высокое Барнаульского уезда. Федор прошел путь от рядового повстанца до командира отряда, который в 1919 году боролся против Колчака. В январе следующего года Плотников был назначен комиссаром 1-го запасного полка в Барнауле, где проходили переподготовку призванные в Красную армию партизаны.