После митинга, на котором Плотников призвал партизан не позволять «расейским комиссарам» командовать сибиряками и выступить «за советскую власть без коммунистов», он был арестован. «Алтайцам вся власть на Алтае!» — требовали восставшие. Федор сумел бежать из тюрьмы и снова поднял знамя восстания. К июлю 1920 года отряд Плотникова разросся до 600 человек, хотя он и действовал мелкими конными группами, нападая на комячейки, сельские и волостные исполкомы, ссыпные пункты, кооперативы. Восставшие сформировали Народную повстанческую армию из 12 полков.
Вскоре отряд Плотникова был разбит, но атаман перебрался в район реки Иртыш (до озера Кулундинского и Алтайской железной дороги), где в начале июня 1920 года поднял новое восстание. Первоначально восстанием руководил крестьянин Березовский, затем — прибывший от Анненкова казачий есаул Шишкин. Шишкин провел мобилизацию крестьян, после чего численность отряда достигла семи тысяч человек, объединенных в восемь полков. К одному из этих полков и примкнул Плотников.
В июле 1920 года восстали крестьяне Ново-Николаевского и Томского уездов, которые захватили городок Колывань (отчего восстание и было названо Колыванским). Из восставших была создана «Крестьянско-казачья армия», численность которой колебалась от двух до пяти тысяч человек, объединенных в 12 полков и 19 конных эскадронов. Атаманом восстания был избран житель Колывани Зайцев.
Тогда же в Усть-Каменогорском, Зайсанском и Змеиногорском уездах началось новое восстание — Бухтарминское. Это восстание объединило казаков, сибирских старожилов-челдонов и бывших партизан. Повстанцы создали свою «Народную армию» численностью до трех тысяч человек, под руководством атамана Александра Бычкова. Центром восстания являлась станица Больше-Нарымская, где находился штаб и повстанческий комитет.
10 июля 1920 года началось наступление Красной армии с трех сторон по сходящимся направлениям: от Семипалатинска, Рубцовска и Славгорода. Во второй половине июля «Народная армия» начала разваливаться, мобилизованные крестьяне разбегались по домам или сдавались в плен. Шишкин бежал через Горный Алтай в Монголию. Плотников с 290 повстанцами ушел в Алейскую степь. 20 октября истребительный отряд красных арестовал в таежной охотничьей избушке нескольких мужчин. В одном из них был опознан Федор Плотников. Пытаясь спастись, он бросился в ледяную воду озера, но был выловлен карателями и обезглавлен. Голову убитого атамана чекисты провезли по селам для устрашения населения.
В первых числах сентября 1920 года отряд повстанцев Новоселова (300–400 бойцов) захватил Гурьевск, Салаир и Соларенский рудник. Партизаны сожгли волостное управление и убили заведующего кожзаводом, разгромили исполком, разоружили милицию и отряд рабочей самообороны. Но 5 сентября отряд Новоселова был разбит Барнаульским армейским отрядом и ротой ЧОН. Однако атаману в очередной раз удалось скрыться в тайге.
Незадолго до этих событий в августе 1920-го в Сибири была объявлена добровольная мобилизация бывших партизан в Красную армию — на врангелевский фронт. Одним из руководителей штаба вербовки партизан власть опрометчиво назначила бывшего повстанческого атамана Петра Лубкова. Власти Сибири доверяли Лубкову, который не поддержал восстания Козыря и Рогова–Новоселова. В то же время Лубков пытался воссоздать свой отряд, мобилизовав старых партизан в новый отряд.
Тем временем, в июле–августе 1920 года в Сибири была введена продразверстка, что подтолкнуло сибирских крестьян к новым радикальным выступлениям под началом атамана Лубкова. Большая часть восставших были новобранцами, отказавшимися ехать на польский фронт. Лозунгами атамана Лубкова были: «Долой коммунистов, да здравствует советская власть!», «Долой продразверстку, да здравствует свобода торговли!» В воззвании атамана были такие строки: «Партия же коммунистов одна захватила власть в свои руки и неумелым своим правлением заставила нас голодать и ходить раздетыми. Дальше жить так нельзя, поэтому все крестьянство восстало и вступает в Народную армию под командой тов. Лубкова и просит всех присоединиться к ней. Всем будет дарована жизнь и свобода, и совместно мы сможем свергнуть с власти коммунистов и жидов».
Петр Лубков заявил о создании Народно-крестьянской армии, состоявшей из 4–6 тысяч бойцов, объединенных в 17 рот, которая будет сражаться против большевиков. Эта «армия» формировалась в селах Почитанка, Колыон, Теплая Речка, Нижегородка за счет мобилизованных в РККА и крестьян-добровольцев. Лубков объезжал села и проводил мобилизацию мужчин от 17 до 60 лет, преимущественно бывших партизан. В «армии», среди прочих, состояло до 500 сибирских татар-добровольцев. К середине сентября «армия» Лубкова увеличилась до 10 тысяч человек. Тогда восставшие захватили Колеульскую, Колыонскую, Мало-Песчанскую, Почитанскую, Тюменскую волости, между железнодорожными станциями Берикульская и Ижморка. Красные каратели применяли к повстанцам жесточайшие методы устрашения, повстанцы не оставались в долгу, расстреливая или рубя на куски секретарей исполкомов советов, советских бюрократов-«назначенцев», ревкомовцев, коммунистов, милиционеров.