13 февраля 1921 года Филиппа Миронова арестовали и тайно переправили в Москву, чтобы вскоре судить и казнить за новый мятеж. В середине февраля эшелоны с бойцами из соединений Миронова, направленные на подавление восстания Вакулина, не подчинились приказам командиров и разогнали местную милицию.
Понимая всю опасность распространения «вакулинской смуты», власти стянули для ликвидации мятежного атамана крупные воинские формирования (77-ю и 78-ю бригады ВНУС, три батальона из 178-го и 232-го полков, батальон милиции, отряд матросов с танком и тремя броневиками, четыре бронепоезда и бронелетучка — всего 1500 бойцов). Кроме этих сил был создан летучий конный отряд из отборных бойцов 21-й кавдивизии (около 1000 сабель), взвода артиллерии и батальона стрелков 22-й стрелковой дивизии. У вакулинцев к тому времени было около двух тысяч штыков, 700 сабель, 20 пулеметов и два орудия.
Развязка наступила 16 февраля 1921 года. Из Савинки мятежники ворвались в село Водянка, где в жестоком бою они потеряли погибшими до 300 и пленными 200 человек. Артиллерией красных был разбит обоз повстанцев, они захватили 12 пулеметов и одно орудие. Вырвавшись из окружения, мятежники ушли пятью группами. Головной отряд Вакулина в 250 сабель отступил на восток, на территорию Саратовской губернии. На следующий день, 17 февраля, у станции Гмелинская Вакулин был убит «в рукопашном бою», а его отряд полностью разгромлен. Армия вакулинцев на время рассеялась и исчезла, большинство мятежников, вернувшись в Донскую область, сформировали на местах очаги сопротивления большевистскому режиму: свободные зоны, новые мелкие отряды местных партизан.
После катастрофы «армии» атамана Вакулина командование повстанцами взял на себя атаман Федор Григорьевич Попов. В 1918-м он воевал у атамана Красного, но в конце года добровольно перешел в большевистские части Филиппа Миронова (23-ю кавдивизию). В Красной армии Попов прошел путь от комвзвода до комполка 1-й Конной армии. В 1919-м он вступает в РКП(б). После демобилизации в 1920 году Федор Попов избран председателем совета хутора Муравлевского станицы Малодельской. В момент начала восстания Вакулина ему было приказано организовать борьбу против своего друга. Но вместо этого Попов присоединился к вакулинцам, став командиром эскадрона восставших.
Под руководством Федора Попова разрозненные и деморализованные разгромом группы повстанцев превратились в армию численностью около 8 тыс. конников, прошедшую рейдами по заволжским и казахским степям, землям Дона, Саратовской и Пензенской губерний.
Уже через две недели после разгрома у Водянки Попов собрал вооруженных повстанцев, сформировав полки по принципу землячеств: 1-й Усть-Медведицкий, 2-й Астраханский, 3-й Самарский, 4-й Пугачевский полк (из уроженцев Самарского Заволжья), а также кавалерийский полк (500 сабель при шести пулеметах). Полки состояли из трех батальонов, каждый из которых был поделен на три роты. В каждом полку имелось по пять пулеметов, отдельно была создана пулеметная команда (15 пулеметов). Между пулеметчиками была установлена связь посредством восьми телефонов. Агенты и шпионы Попова действовали во всех округах Донской области и в Саратовской губернии: «посланы старики и молодежь под видом бежавших, собирают нужные им сведения» (структура подобной разведки с успехом использовалась и в повстанческой армии батьки Махно). Попов сохранил вакулинскую систему местной власти в виде «Совета пяти» и «Совета трех».
В своей Декларации атаман Попов «отменил» диктатуру пролетариата и «передал власть самому народу без всяких подразделений на классы и партии». В идеологии повстанцев переплетались различные лозунги: анархии, «многопартийного коммунизма», парламентской буржуазной республики с Учредительным собранием, свободной торговли и «социалистической кооперации». Признание мелкой частной собственности, артели и кооперативных организаций дополнялось борьбой с крупным капиталом и государственной монополией.
Армия Попова имела пять «тыловых» центров: в Иловатской волости структуры местных атаманов Пятакова и Муравьева (до 1,5 тысячи бойцов); на левом берегу Волги, в саратовском Заволжье — повстанцы атаманов Аистова и Сарафанкина (700 бойцов), организовав базовые районы в окрестностях Красного Кута, Золотого Лесного Карамыша, Умета, Дворянского. Интересно, что местные атаманы, которые поддерживали Попова, также были из вчерашних красных: Михаил Пятаков — бывший командир отряда продразверстки, Аистов — комбат РККА.
В середине марта 1921 года, когда в воздухе витали надежды на смену режима и победу восставшего Кронштадта, губернский Саратов оказался в тисках повстанческих сил атамана Попова. Пройдя рейдом Самарскую и Саратовскую губернии, 17 марта его соединения заняли Хвалынск.