Под Саратов из Петрограда на борьбу с повстанцами Попова прибыла 27-я стрелковая дивизия, из Сибири — 1-я кавалерийская дивизия, кроме этих сил были присланы два бронепоезда и бронелетучка, четыре бронеотряда и два отдельных полка. Руководителем группы войск РККА, выступивших против поповцев, был назначен командир 27-й дивизии В. Путна.
С конца февраля 1921 года, когда уже стало известно о неудаче восстания в Кронштадте и начале политики нэпа, атамана Попова преследовали системные неудачи. Соединения красных в боях под Саратовом и Вольском серьезно потрепали поповцев, вынудив их уйти в Пензенскую губернию, 28 марта «армия» Попова заняла Сердобу (Сердобск). Однако поход на соединение с повстанцами Антонова ни к чему не привел: красные перекрыли Попову путь в тамбовские леса. К этому времени стало заметно разложение в рядах повстанцев, между полками начались конфликты, перераставшие в перестрелки. Сказывался острый дефицит патронов, снарядов, медикаментов. Саратовские крестьяне все чаще отказывали в поддержке поповцам, забиравшим у них лошадей, семенной хлеб, фураж, одежду.
В этой ситуации Попов посчитал, что спасти «армию» можно только удачным походом на Дон. 12 апреля он объявился в Хоперском округе. Но уже в боях 15–16 апреля части Попова потерпели поражение, атаман был тяжело ранен в голову и отошел от управления «армией», которая распалась на две части: «волжане» (1,5 тысяч штыков и сабель) ушли на север к Волге, «донцы» (500 сабель, 250 тачанок) устремились на юг.
18–28 апреля отряды Попова рейдировали в Усть-Медведицком округе, у Ольховки, по берегам реки Медведицы. Часть повстанцев разбежалась по хуторам и станицам, многие направились на Урал и Волгу. Саратовская группа была разгромлена, а атаман саратовцев Еремеев оказался в плену. Самарская группа (тысяча штыков и сабель, девять пулеметов) сумела пробиться к Волге, в Камышинский уезд.
В мае 1921 года небольшой отряд Попова в 17 сабель появился у станицы Малодельской. Целью атамана была организация новой «армии» взамен разбежавшейся. Но все попытки сформировать новые части не имели результата, крестьяне отказывались бунтовать — амнистия, введение нэпа и общая усталось от войны сделали свое дело. В конце мая еще недавно грозное восстание Вакулина–Попова прекратилось, Попов распустил своих бойцов и тайно поселился в Царицыне. Через месяц он был арестован местной ЧК и через полгода расстрелян по приговору ревтрибунала.
Местные группы вакулинцев–поповцев весной 1921 года еще продолжали борьбу. Отряд атамана Аистова в конце марта был разбит, атаман Сарафанкин увел 200 повстанцев в Нижинские степи. В апреле отряды атаманов Аистова, Сарафанкина и Сафонова и мятежный Первый революционный отряд из восставшего 49-го кавалерийского дивизиона РККА под командованием Охранюка-Черкасского ненадолго объединились в довольно мощную группу (1600 сабель и штыков). Атаман Охранюк-Черкасский — в прошлом белый офицер, перешедший в РККА, где он стал командиром эскадрона Преображенского укреппункта, членом РКП(б).
В мае его отряд рейдировал по Бурзян-Тангауровскому, Кыпсак-Джитировскому, Усерганскому районам, где еще в декабре 1920 года началось восстание русских и башкирских крестьян под лозунгом «За Советы без коммунистов!» и появились призывы с требованием автономии для нерусских народностей РСФСР. Далее отряд Охранюка-Черкасского (600 сабель) двинулся на восток и в июне достиг Челябинской губернии, но был разгромлен Красной армией в 100 км севернее Орска. После этого разгрома атаман с сотней сабель вернулся в Поволжье.
В Сальском и 1-м Донском округах был образован штаб «Донской повстанческой армии» во главе с бывшим начальником штаба 14-й кавдивизии 1-й Конной армии Абрамовым. Он сформировал повстанческую армию в 700 сабель, которая воевала под лозунгом «Власть советам, а не партиям!».
Из буденновцев вышел и другой повстанческий атаман юга России — Иван Петрович Колесов, который родился в 1880 году в станице Иловлинской в бедной крестьянской семье. Иван участвовал в Первой мировой войне, дослужился до вахмистра, был награжден четырьмя Георгиевскими крестами. В марте 1917-го Колесов стал выборным командиром полка, а в следующем году председателем объединенного совета трех крупных станиц на Дону. Тогда же за свою революционную деятельность и поддержку большевиков он был объявлен Калединым «изменнником Тихого Дона», а за его голову белые обещали 200 тысяч рублей.