Атаман Зеленый бежал в район Переяслава, где против Директории уже выступили повстанческие атаманы Богунский и Грудницкий. Именно в Переяславе Зеленого убедили в необходимости продолжить восстание против Директории и «предателя народа Петлюры» и снабдили двумя сотнями винтовок и пулеметом. Вскоре он объявился в Ржищеве, где вновь образованный ревком провозгласил Директорию вне закона.
В начале февраля 1919 года в Триполье был созван уездный крестьянско-казачий съезд, который принял решение не признавать власти Директории. После съезда Зеленый снова поднял свою вольницу. Местные крестьяне пошли за атаманом, так как не хотели быть мобилизованными в армию Директории, не хотели воевать против Советов. Повстанцы Зеленого вновь захватили Обухов и Триполье.
6 февраля войска большевиков вытеснили части Директории из Киева. На следующий день Зеленый повел свое воинство против петлюровцев на станцию Васильков, находившуюся на пути отступления войск Директории. Захватив Васильков, атаман не стал вступать в бой с частями Директории, а стремился переманить бойцов армии УНР к себе в отряд. 8 февраля Зеленый прибыл в Киев, на встречу с командующим большевистской армии в Украине Владимиром Антоновым-Овсеенко. О своей встрече с Зеленым Антонов-Овсеенко писал: «Атаман стоял на том, чтобы его дивизии была гарантирована неприкосновенность. На это ему было твердо заявлено, что нельзя допускать существование других частей, кроме регулярных советских, и что части Зеленого должны быть отведены в тыл для переформирования. Зеленый не очень твердо ответил, что он должен переговорить со своими товарищами по командованию».
Атаман Зеленый предложил свои услуги большевикам и пытался договориться с командованием о вхождении «зеленовцев» в состав Красной армии на правах самостоятельной независимой единицы (бригады или дивизии) при сохранении за собой командной должности атамана и выборности всего командного состава. Фактически Зеленый предлагал военный союз с советской властью, но требовал от нее значительных политических уступок: создания широкого «левого фронта» всех социалистических партий Украины, «вольности» Трипольского района. Антонов-Овсеенко ратовал за регулярность Приднепровской дивизии и общие правила местного управления для всех районов Советской Украины. Но все же какие-то обещания командующим были даны, и Зеленый две недели значился «красным комдивом».
Но к концу февраля 1919-го Антонов-Овсеенко забыл о своих обещаниях и решил переформировать и основательно почистить ненадежную дивизию Зеленого, направить в ее полки комиссаров. Эти действия вызвали резкий протест атамана, который уже с начала марта перестал исполнять приказы командующего. После такого охлаждения отношений большевики стали забрасывать повстанцев Триполья ультиматумами с требованием немедленно влиться в состав регулярных частей. На эти требования Зеленый ответил, что его отряды в составе регулярных частей только «...принесут большевикам немало забот». И действительно, агенты большевиков доносили в центр: «Зеленый заявляет, что борется против московского засилия и имеет контакты с организациями полтавских полков».
В марте 1919 года, когда новая советская администрация, ЧК и продовольственные отряды устремились в села Киевщины устанавливать военный коммунизм, «красный» Зеленый закончился... Атаман категорически отказался ввести свою Днепровскую повстанческую дивизию в состав большевистских войск, а также пропустить новую власть («назначенцев»-комиссаров) в Триполье. Вскоре конфликт дошел и до военной конфронтации. Зеленый стал накапливать силы для нового восстания, заблокировав путь судов по Днепру и железную дорогу Черкассы–Киев. К 20 марта войска Директории, прорвав фронт у Житомира, неожиданно для большевистских лидеров приблизились к Киеву. Этот прорыв дал толчок для начала массового крестьянского восстания против «коммунии» в селах Центральной Украины.
20–21 марта на юге Киевской губернии под руководством атамана Зеленого началось восстание против большевиков. За неделю до этого Зеленый посетил Переяслав, где тайно встретился с красным командиром «полтавских полков» — атаманом Антоном Богунским. Атаманы решили выбить большевиков из Киева и утвердить в Украине новую власть.