Но и при штабе Автономова отиралось множество «темных личностей», таких как, например, американский анархист Макс Шнейдер. Вокруг самого Александра Исидоровича также было множество авантюристов, в том числе будущий белогвардейский генерал атаман Шкуро, которому Автономов, зная его «правые» взгляды, предложил организовать новые казачьи подразделения для борьбы с немецкими частями, высадившимися на Кубани. Фактически Автономов помог Шкуро сформировать не красный, а мощный белый казачий отряд.
Шкуро так вспоминал о быте Автономова: «...роскошный салон-вагон, где стоял богато сервированный и украшенный цветами стол. Автономов любезно встретил нас и познакомил с несколькими находившимися в салоне хорошенькими дамами, которых он назвал сестрами милосердия». По версии Шкуро, Автономов хотел «помирить офицерство с советской властью», «добиться отмены позорного Брест-Литовского мира», поставить генерала Рузского или Радко-Дмитриева на место главкома. Атаман якобы сообщил о том, что «передал Добровольческой армии на станции Тихорецкая несколько составов с вооружением и боеприпасами», а у Шкуро просил гарантировать ему «жизнь и прощение в случае победы Белых войск». Так ли это было на самом деле или же белый генерал хотел показать гнилостность Красной армии, мы, наверное, никогда не узнаем...
Автономов в апрельском конфликте с большевицким руководством не только не потерял свое место, но в мае 1918 года был утвержден главнокомандующим советскими вооруженными силами Кубано-Черноморской республики.
Впрочем, ЧШО отстранил его от командования и назначил «высшим военным руководителем» на Кубани Снесарева, находившегося в Царицыне. Далее события происходили так, как писалось в советском донесении, отосланном из большевистского штаб Екатеринодара: «Бывший главнокомандующий Автономов, смещенный от 19 мая ЦИКом, не подчинился распоряжению, издал приказ об аресте некоторых членов ЧШО и объявил их провокаторами и германскими шпионами, угрожая пойти войною на Екатеринодар (оголив, таким образом, фронт)...» Автономов заявлял: «Если Чрезвычайный штаб не примет тех условий, которые я предложил ему, то прольется кровь, которая падет на головы провокаторов и предателей общего святого дела. Если я не получу ответа к четырем часам дня, то вышлю в Екатеринодар войска для занятия города и для наведения в нем истинного революционного порядка... Будем бороться и на деле выясним, кто является изменником революции».
Автономов бежал из Екатеринодара в станицу Тихорецкую, где находился штаб группы Сорокина. В разговоре по телефону с членом ЧШО А. Турецким Александр Исидорович заявил, что не считает себя смещенным с поста и не будет передавать командование ЧШО, который «...идет за некоторыми лицами, которые не являются даже выборными, делают позорное и кошмарное дело на руку немецким империалистам. Мне придется силою святого оружия заставить понять, до какой гибельной мысли, до какого позора дошла власть Кубанской республики...» Фронтовые части на съезде в станице Кущевской поддержали бывшего главкома, а вот красные войска в Екатеринодаре оказались на стороне ЦИК и ЧШО.
Это было уже объявлением войны! Автономов требовал вывести из Чрезвычайного штаба «проходимцев, которые не являются выборными Кубано-Черноморской республики», разграничить функции исполкома, ЧШО и командного состава. Сорокин предлагал Автономову силой своей группы взять Екатеринодар, разогнать «еврейский УК» и созвать съезд для избрания «народной власти» на Кубани.
Александр Исидорович опасался ехать в Екатеринодар, а члены ЧШО и ЦИКа боялись выехать из Екатеринодара на фронт. И не зря боялись... Представители ЦИКа, прибывшие для переговоров, были арестованы. 23 мая по телеграфу в советские войска Северного Кавказа было послано циркулярное распоряжение: не выполнять приказов Автономова и арестовать главкома. ЦИК Кубано-Черноморской республики и ЧШО объявили атамана изменником и предателем революции: «...поведение Автономова связано с авантюрой и движением германо-гайдамацких банд на вольную Кубань... С целью предания великой рабоче-крестьянской революции... На случай выяснения его преступности он объявляется предателем революции и вне закона».
23 мая 1918 года был образован единый Кубано-Черноморский Совнарком под председательством Абрама Рубина, который также был большим недругом Автономова.
Чрезвычайный комиссар юга России Г. Орджоникидзе приказал Автономову «подчиниться постановлению Штаба обороны, сложить звание главнокомандующего... Всякое противодействие и междоусобица будут рассматриваться как измена и предательство революции». Александр Исидорович подчинился и, сдав командование, приехал в Екатеринодар. В то же время, 26 мая 1918 года, ЧШО был упразднен и вместо него на основании декрета ВЦИК РСФСР был сформирован военный комиссариат.