После косметического ремонта в одном из бараков был организован химический цех № 9 для конечной очистки и получения двуокиси плутония в твердом виде, а в другом — металлургический цех № 4 для изготовления сердечников. В нем же разместились научные лаборатории: рентгеновская, металловедческая, нейтронная.
В начале февраля 1949 года был назначен директор завода — З.П.Лысенко.
26 февраля в 12 часов ночи первая двадцатилитровая канистра концентрата плутония была передана с завода «Б» под роспись, из рук в руки, начальнику цеха № 9 Филипцеву. Операция передачи протекала в торжественной обстановке, с короткой, но пламенной речью директора комбината Музрукова. Борис Глебович был чрезвычайно доволен, сыпал улыбками и поздравлениями, хвалил поголовно всех вокруг.
Однако, что делать дальше с этим концентратом, он не знал. И никто не знал. Ждали ученых, научных руководителей из Москвы и Ленинграда. 8 марта 1949 года на комбинат прибыла первая группа сотрудников НИИ-9 в количестве двадцати пяти человек. Вскоре подъехали ученые из других институтов. Они привезли с собой кое-какое лабораторное оборудование для начала работы.
Ученых гостеприимно разместили в уютных финских домиках, в 150 метрах от цеха № 9.
Вокруг росли великолепные уральские березы, которые через пару месяцев скорбно склонили свои ветви с засохшими и скрученными листочками, напоенными радиоактивным воздухом.
Среди приехавших ученых были те, кто отвечал за химическую стадию процесса (Черняев, Гельман, Никольский), и те, кто отвечал за металлургию (Бочвар, Вольский, Займовский).
Их коттеджи работники комбината называли «Пиквикским клубом академиков». Ученые жили в них долгие месяцы безвыездно, утрамбовав одну дорожку — до складских бараков. Их кормили и поили здесь же. Отлучаться было не разрешено, да и невозможно. Технологам, ведущим процесс, разрешалось заходить к ним в любое время дня и ночи, если была неясна причина неполадок или надо было срочно сообщить результаты анализов. Вся работа протекала в жесточайших режимных рамках, под грифом «Совершенно секретно. Особая папка». О результатах экспериментов технологи имели право сообщать только трем ученым, наделенным полнейшим доверием: Бочвару, Черняеву и Займовскому. Поэтому им приходилось спать меньше других. А иногда вовсе не спать…
Первой задачей ученых-химиков было превращение барака в полноценный химический цех. В каждой комнате установили обычное лабораторное оборудование: длинные столы под стаканы, колбы и воронки, деревянные негерметичные вытяжные шкафы, шкафы для различных химикатов и фильтров.
Никакой механизации работ, использования специальных приспособлений, защитных средств от радиации в этих временных помещениях не предусматривалось. Все операции выполнялись вручную, как в обычной институтской лаборатории, в камерах из оргстекла, не соединенных между собой.
Из воспоминаний химика М.А. Баженова, 1993 г.:
«Пройдя КПП, я очутился перед обычным бараком, каких повидал в своей жизни немало. Барак назывался цех № 9. Мое рабочее место — комната 5x9, стол, стул, посередине обычный вытяжной шкаф, заставленный бачками, баночками, стаканами. За шкафом стояли металлические контейнеры с продуктом, накрытые фанерками. Иногда эти контейнеры использовали вместо недостающих стульев…»
Раствор концентрата плутония начальник смены предварительно переливал из канистры в более удобную емкость, что-то в виде кофейника с носиком. А потом уже из неё разливал каждой девушке-технологу в стаканы, для непосредственной работы.
При переработке первых партий концентрата использовались обыкновенные стеклянные стаканы, а через пару недель после начала работ подвезли золотые и платиновые.
Этот — первый — период работы цеха № 9 академик Черняев называл «стаканным периодом». Всего через стаканы — стеклянные, золотые, платиновые — была пропущена 101 партия концентрата плутония — все, что выработал завод «Б» из первой загруженной в реактор партии урановых блочков. С некоторым запасом этого должно было хватить для изготовления двух сердечников первой бомбы. Из-за чрезвычайно жестких требований КБ-11 к содержанию примесей в цехе старались соблюдать стерильную чистоту. Вокруг цеха проводилось постоянное орошение грунта водой, чтобы предотвратить попадание в цех уличной пыли. В комнаты, где проводился последний этап очистки, входили как в реанимационное отделение: меняли обувь, халаты. Любой грязи очень боялись, поскольку это могло повлиять на качество выходного продукта цеха — диоксида (двуокиси) плутония. Не боялись только почему-то пыли самого плутония, которая, попадая в легкие, отравляла организм: работали без марлевых повязок.