Еще сложнее было бороться с юнкерсами разведчиками. Ju 88D отличался от модели А отсутствием тормозных решеток и бомбодержателей, но имел дополнительный бензобак и два три фотоаппарата. Не менее двухсот таких машин с первых дней воины действовали над советским тылом Перелетая фронт на высоте 50004>500 м. они почти не встречали противодействия не только из за недостаточной скорости и скороподъемности советских истребителеи. но и по причине несовершенства тогдашней системы оповещения.
После изменения тактики потери "юнкерсов" несколько сократились, но боеспособность соединений продолжала падать. Серьезную опасность представляли поломки и аварии, неизбежные при работе с полевых аэродромов. Не хватало запасных частей. Особенно досаждало плохое качество горючего и масла, что приводило к быстрому износу моторов.
По-прежнему "восемьдесят восьмые" действовали на острие главных ударов вермахта. Каждый Ju 88 обычно нес до 28 бомб по 50 кг и 2 4 бомбы по 250 кг и сбрасывал их с высокой точностью. Изредка применялись бомбы и более крупного калибра. Так. 28 июня шестерка "юнкерсов'' из эскадры KG 3 сбросила 1800 кг бомбы на непокоренную Брестскую.крепость. До этого Ju 87 безуспешно бросали там фугаски по 500 кг. но мощн ые крепостные стены держались.
В начале воины самое крупное соединение Ju 88 (270 машин) действовало в Прибалтике в составе 1-го воздушного флота. В него входила и группа береговой авиации Ku.FI.Gr.806. Она активно препятствовала эвакуации Балтийского флота из Либавы. Правда ни один боевой корабль не был потоплен пикировщиками, хотя потери судов на переходе были огромны в основном за счет мин. Это привело командование воздушного флота к мысли создать свою торпедоносную авиацию. 806 ю группу переименовали в отдельную бомбардировочную и вывели с Восточного фронта.
Еще одну часть – III группу эскадры KG 4 пришлось перевооружить на устаревшие Не 111 – процесс противоположный тому, что происходил ранее. Уже на "хейнкелях" ее летчики впервые бомбили Москву в ночь на 22 июля 1941 г. Среди самолетов, участвовавших в этом налете. Ju 88 было немного, но среди них появились машины модификации А- 6. имевшие устройства для уничтожения аэростатных заграждений.
Вскоре "люфтваффе" отказались от противоаэростатных самолетов, да и от самих массированных налетов – слишком сильной оказалась ПВО в столице. Кроме того, бомбардировщиков остро не хватало для поддержки "последнего решающего наступления" вермахта, начавшегося в начале октября. К этому времени потери в бомбардировочных группах превысили их первоначальную численность. Экипажи были крайне утомлены предыдущими непрерывными боями и частыми перебросками с одного участка фронта на другой. Это заставило немецкое командование временно вывести значительную часть авиации с Восточно го фронта. Среди убывших в Западную Европу и Италию значилось большинство авиагрупп, вооруженных Ju 88. Отсутствие у немцев оперативных резервов не позволило даже отчасти возместить эту убыль Активность действии авиации упала; прежде всего это относилось к бомбардировщикам.
Трудности эксплуатации привели к падению процента боеспособных "юнкерсов" – не более половины их теперь могло подняться в воздух. Зимой 1941-42 гг. соединения бомбардировщиков выполняли роль "пожарной команды", пытаясь задержать разворачивающееся советское контрнаступление. Так, эскадру KQ 51 перебрасывали то в Донбасс в помощь частям 1-ой танковой армии, то в Феодосию для противостояния высадке десанта, то под Севастополь…
Новый всплеск активности "люфтваффе" начался в конце весны 1942 г. Директива фашистского руководства определила на лето основным участком боев на Востоке юг, где действовал значительно усиленный 4-й воздушный флот. В частности, из Сицилии возвратили эскадру KG 77. Вместе с KG 51 и KG 76, целиком вооруженными "восемьдесят восьмыми", эта эскадра сражалась под Керчью, Харьковом, Севастополем. К этому времени произошло полное перевооружение на модификацию Ju 88А-4. Внешне она отличалась от А-5 лишь расширением задней части кабины. Это позволило вести огонь одновременно из обоих задних пулеметов. Кроме того расширился сектор обстрела, а новые пулеметы с ленточным питанием имели большую практическую скорострельность.
Многие внутренние изменения модели А-4 не бросались в глаза. Прежде всего упростилась работа пилота. Количество приборов сократили, а автоматика больше помогала в работе летчику. Усиленная конструкция и увеличенные размеры основных колес шасси позволили поднять грузоподъемность на 500 кг. Теперь максимальный взлетный вес ограничивался 14 т (ранее 12,5 т). Кроме того, пилоты научились пикировать без выпуска тормозных щитков и выходить в горизонтальный полет без сброса бомб, что ранее категорически запрещалось. На фронте этим часто пользовались, желая побыстрее проскочить зону сильного зенитного огня. Испытания показали, что плоскости Ju 88А- 4 лишь слегка деформировались, чем на фронте пренебрегали. Одной из важных особенностей самолета, повысившей его ценность как пикировщика, стало дополнение прицела BZA приставкой, автоматически учитывающей скорость, высоту и поправку на ветер.