Пока FW200V1 завоевывал репутацию в рекордных полетах, второй прототип в июне 1938 г. вышел на регулярные линии «Люфтганзы». В июле к нему присоединился первый серийный самолет «Саарланд», а в августе — еще одна машина, получившая название «Нордмарк» (борт D-AMHC). В 1939 г. парк «Люфтганзы» пополнили еще четыре FW 200А: «Фрисланд» (D-ARHW), «Гольштейн» (D-ASBK), «Поммерн» (D-AXFO) и «Курмарк» (D-ABOD). Еще один FW 200А (иногда обозначаемый как FW 200V3) с гражданской регистрацией D-ARVU и названием «Остмарк» передали в распоряжение рейхсминистерства авиации, переделав в личную машину фюрера. Дополнительное оборудование включало, в частности, кресло с парашютом, предназначенное для спасения «первого пассажира». В случае необходимости столик, находившийся перед креслом, складывался и поднимался вверх, а в полу салона открывался люк, через который должно было вывалиться кресло с фюрером.
После испытаний в Рехлине этот самолет 19 октября 1939 г. передали в летный отряд фюрера, присвоив новую регистрацию D-2600 и название «Иммельман III». В тот же отряд попал еще один FW200A-0 («Гренцмарк», D-ACVH), правда, в стандартном исполнении. Именно на этой машине 22 августа 1939 г. прилетел в Москву министр иностранных дел Германии Иоахим фон Риббентроп (Joachim von Ribbentrop) для подписания «пакта Молотова-Риббентропа». Этим же самолетом пользовался и Адольф Гитлер во время своего визита на фронт в Польше в сентябре 1939 г. 23 декабря 1941 г. «Гренцмарк» был разбит во время вынужденной посадки на аэродроме Орел. В последнем полете самолет вез для солдат Восточного фронта рождественские подарки фюрера. Карьера «Иммельмана III» оказалась более долгой — в июле 1944 г. он был уничтожен во время налета союзнической авиации.
Летом 1939 г. два FW 200А «Люфтганза» передала своей бразильской «дочке» — авиакомпании «Синдикате Кондор». После этого «Поммерн» и «Гольштейн» получили бразильскую регистрацию и имена — соответственно, PP-CBI «Абаитара» и PP-CBJ «Арумани». Обе машины обслуживали линии, связывавшие Рио- де-Жанейро с Буэнос-Айресом и Порту- Аллегре, завоевав популярность и уважение как у своих экипажей, так и среди пассажиров. 19 августа 1941 г. авиакомпания «Синдикате Кондор» была переименована в «Крузейро ду Сулл», а немецкий персонал интернировали, заменив бразильцами. Вскоре пришлось поменять и «сердца» у обоих «Фокке-Вульфов»: взамен немецких моторов BMW 132 установили американские «Хорнеты». В таком виде самолеты эксплуатировались вплоть до списания в 1950 г.
Весной 1939 г. «Фокке-Вульф» подписала контракт с японо-маньчжурской авиакомпанией «Дай Ниппон» на поставку пяти FW 200. Еще два «Кондора» заказала финская «Аэро О/Y», а с Нидерландами велись переговоры о продаже сразу пяти машин. Фирма проектировала новый гражданский вариант FW 200В с усиленным фюзеляжем и новыми основными опорами шасси со спаренными колесами. Для модификации FW200B-1 предусматривались двигатели BMW 132Dc (800 л.с.), для FW 200В-2 — BMW 132Н (830 л.с.). Специально для зарубежных заказчиков проектировались самолеты FW 200D-1 и D-2 с увеличенным запасом топлива и моторами «Хорнет». Но в связи с началом Второй мировой войны все эти работы были свернуты.
Самолет FW 200А («Гренцмарк», D-ACVH), использовавшийся для полетов первых лиц Германии
Среди пассажиров «Гренцмарка» были Адольф Гитлер и Иоахим фон Риббентроп
В пассажирских салонах «Кондора» авиакомпаний DDL (слева) и «Люфтганза»
26 августа 1939 г. в рамках мобилизации «Люфтганза» вынуждена была радикально ограничить пассажирские рейсы, передав большинство самолетов вместе с экипажами в состав транспортной эскадры специального назначения KG z.b.V 172. Четырехмоторные самолеты свели в отряд 10./KG z.b.V 172, вскоре переименованный в 4./KG z.b.V 172. Во время польской кампании «Кондоры» выполнили примерно полтора десятка вылетов, снабжая быстро продвигавшиеся вперед части вермахта. Когда же судьба Польши была решена, часть транспортных самолетов демобилизовали, и с 20 сентября 1939 г. они вернулись на регулярные линии.
Однако еще в августе 1939 г. FW 200V2 поступил в распоряжение испытательного центра в Рехлине. Там машину оборудовали аэрофотоаппаратами и передали в распоряжение «команды Ровеля» — специальной части, занимавшейся дальними разведывательными полетами. 29 августа в Рехлин прибыл еще один люфтганзовский «Кондор» — «Нордмарк», также поставленный на переоборудование в фоторазведчик. Одновременно на заводе «Фокке-Вульф» начали переделку практически готового прототипа серии FW 200В — FW 200V4. Самолет получил новое обозначение FW 200V10, а помимо двух размещенных в фюзеляже перед входной дверью аэрофотоаппаратов Rb 50/30 на нем установили и оборонительное вооружение: пять 7,92-мм пулеметов MG 15 (один в верхней подвижной установке, два в окнах по бортам фюзеляжа и два в небольшой подфюзеляжной гондоле). Оснастили его и усиленным шасси со сдвоенными колесами, которое затем стало типовым для «Кондоров». Карьера FW 200V10 оказалась короткой. 23 ноября 1939 г. ему предстояло отправиться в свой первый разведывательный полет, целью которого была база британского флота Скапа-Флоу. При взлете с аэродрома Евер у «Кондора» отказали оба правых двигателя, и машина, неуспев набрать высоту, разбилась. Экипаж отделался лишь царапинами и ушибами.
Весной 1940 г. вермахт интенсивно готовился к операции «Везерюбунг» — оккупации Дании и Норвегии. На стадии подготовки к ней, 8 марта, «Кондор» из «команды Ровеля» совершил разведывательный полет в район Нарвика и привез ценные фотоснимки. А для обеспечения десантной операции пришлось вновь мобилизовать самолеты «Люфтганзы».
FW 200А свели в отряд 4./KG z.b.V. 107, командиром которого назначили обер- лейтенанта Альфреда Хенке — того самого, который на гражданке пилотировал «Кондор» в рекордных полетах Берлин- Нью-Йорк и Берлин-Токио. Нужда в транспортных самолетах была столь острой, что помимо трех гражданских FW 200 в отряд передали и две машины, ранее переоборудованные в фоторазведчики.
FW 200А-0 «Абаитара» бразильской авиакомпании «Синдикате Кондор»
FW 200D-2 «Рейнланд» стал одним из первых мобилизованных «Кондоров»
Кабины пилотов гражданского FW 200А и военного FW 20 °C-1
В первый день операции, 9 апреля 1940 г., «Кондоры» перевозили личный состав 324-го пехотного полка из Ноймюнстера в Осло, а на следующий день доставляли туда же боеприпасы. С 13 апреля FW 200 действовали уже из захваченного Осло, снабжая горных егерей в Нарвике. При этом грузы в контейнерах сбрасывались на парашютах. Бывшие фоторазведчики оказались лучше приспособленными для этой цели — после демонтажа аэрофотоаппаратов остались люки в полу, через которые сбрасывать контейнеры было гораздо удобнее, чем через боковые двери. Другие «Кондоры» отряда в экстренном порядке также были оборудованы подобными люками. Работы выполнили мастерские «Люфтганзы» на берлинском аэродроме Штаакен.
11 апреля 1940 г., сразу после начала норвежской кампании, люфтваффе конфисковали два FW 200КВ-1, строившихся по финскому заказу. Однако в состав транспортной авиации эти машины вошли только в июне. Они были достроены в варианте FW 200D-1, отличавшемся рядом особенностей, в частности, устройством для буксировки десантных планеров.
Осенью 1940 г. возобновились поставки «Кондоров» для «Люфтганзы», получившей три самолета модификации FW 200D-2. Первый из них — D-AWSK «Рейнланд» — был передан 11 сентября и впоследствии использовался для обеспечения работы комиссии по перемирию с Францией. В частности, он совершал рейсы в Северную и Западную Африку, возвращая на родину интернированных там немецких граждан. Две другие машины — D-ACWG и D-AMHL — передали заказчику в октябре. Им достались названия «Гольштейн» и «Поммерн», освободившиеся год назад после передачи двух самолетов в Бразилию.