1-я дивизия авианосцев
вице-адмирал Нагумо
Акаги
Кага
2-я дивизия авианосцев
контр-адмирал Ямагути
Сорю
Хирю
2 линкора
2 тяжелых крейсера
1 легкий крейсер
12 эсминцев
5 танкеров
Соединение вторжения
Вице-адмирал Кондо
Дзуйхо
2 линкора
8 тяжелых крейсеров
2 легких крейсера
21 эсминец
1 гидроавианосец
1 база гидросамолетов
6 танкеров
3 охотника за подводными лодками
4 тральщика
1 ремонтное судно
16 транспортов
3 грузовых судна
Северное соединение
Контр-адмирал Хосогая
5-я дивизия авианосцев
контр-адмирал Какута
Дзуньё
Рюдзё
3 тяжелых крейсера
3 легких крейсера
1 вспомогательный крейсер
13 эсминцев
6 подводных лодок
2 тральщика
1 минный заградитель
3 транспорта
3 грузовых судна
Организация Объединенного Флота отражала мнение Ямамото, что не авианосцы, а линкоры все еще являются решающей силой. Однако некоторые офицеры уже осознали истинное значение авианосцев, например, командир 2-й дивизии авианосцев контр-адмирал Ямагути и начальник оперативного отдела штаба Ударного авианосного соединения капитан 2 ранга Гэнда. Они утверждали, что следует реорганизовать флот в оперативные соединения, имеющие по 3 – 4 авианосца с эскортом из линкоров, крейсеров и эсминцев. Необходимость такой реорганизации была очевидна, но никаких перемен не последовало.
Линкоры и легкий авианосец Главных сил находились в 300 милях позади Ударного авианосного соединения, то есть слишком далеко, чтобы оказать какую-либо помощь, если это потребуется. (4 линкора из состава Главных сил и соответствующее число малых кораблей были выделены, чтобы прикрывать Северное соединение. Флагманским кораблем адмирала Ямамото стал суперлинкор «Ямато», он же являлся и флагманским кораблем Главных сил.)
На палубах 8 авианосцев, выделенных для операции у Мидуэя, стояли 400 самолетов. Гидросамолеты линкоров, крейсеров и 2 гидроавианосцев, входивших в состав Объединенного флота, доводили суммарную воздушную мощь японского флота до 525 самолетов.
В армаде Ямамото отсутствовали лишь 2 из 10 японских авианосцев. «Сёкаку» на верфи в Йокосуке ремонтировал повреждения, полученные в Коралловом море, а «Дзуйкаку» в Куре доукомплектовывал свою авиагруппу, потрепанную в том же бою. Одновременно он являлся последним резервом японцев в операции у Мидуэя.
Планы
Японцы планировали начать операцию у Мидуэя воздушными атаками с авианосцев «Дзуньё» и «Рюдзё» по укреплениям Датч-Харбора на Алеутских островах. После этого 6 июня должна была последовать высадка на острова Адак и Кыска, а 12 июня – на Атту. Этой операцией японцы хотели отвлечь внимание американцев от Мидуэя. Штурм острова был намечен на 5 июня. В этот день удар наносили авианосные самолеты, которые должны были разрушить оборонительные сооружения. На следующий день японцы планировали занять крошечный островок Куре в 60 милях к северо-западу от Мидуэя и создать там базу гидросамолетов. Высадку десанта на Мидуэй с кораблей адмирала Кондо предполагалось провести утром 7 июня. Численность десанта составляла 5000 человек. Эти войска должны были захватить остров и удерживать его, если потребуется, в течение 3 месяцев без новых подкреплений.
Японцы полагали, что высадка на Мидуэй заставит американский Тихоокеанский флот покинуть свою базу в Пирл-Харборе. Адмирал Ямамото приказал 12 подводным лодкам выйти в гавайские воды еще до начала операции и развернуться между Оаху и Мидуэем. 6 подводных лодок, вышедшие вместе с Северным соединением, имели аналогичную задачу. Они должны были перекрыть пути подхода американцев к Алеутским островам. Эти подводные лодки и авианосные самолеты имели приказ атаковать любое американское соединение, которое окажется в радиусе их действия. После этого японские линкоры и крейсера должны были в артиллерийском бою добить уцелевшие корабли противника. Существовала возможность в случае необходимости объединить оба авианосных соединения – вице-адмирала Нагумо и контр-адмирала Какуты – чтобы они могли совместно атаковать Тихоокеанский флот.
Адмирал Ямамото знал, что Нимиц может выделить для защиты Мидуэя всего 2 или 3 авианосца, а именно: «Энтерпрайз», «Хорнет» и возможно какой-то третий, если окажется, что один из двух авианосцев, которые считались потопленными в Коралловом море, только поврежден. Третьим мог быть «Уосп». Японцы точно знали, что «Рейнджер» действует в Атлантическом океане. Адмирал Ямамото верил, что «Лексингтон» в январе 1942 года потоплен японской подводной лодкой у Гавайских островов, а «Саратога» потоплена в Коралловом море.