Капитан 1 ранга Букмастер и его люди, вернувшиеся на корабль, потушили единственный еще горящий пожар и начали контрзатопление, чтобы выровнять крен. Они сбрасывали в воду самолеты и оборудование, чтобы облегчить корабль. «Хамманн» стоял у борта «Йорктауна», обеспечивая подачу электроэнергии, а остальные эсминцы кружили вокруг авианосца, прикрывая его от атак подводных лодок. Казалось, «Йорктаун» все-таки будет спасен.
Помешали этому адмирал Ямамото и вице-адмирал Нагумо. Покинув горящий «Акаги», Нагумо перенес флаг на легкий крейсер. Вечером 5 июня он приказал гидросамолету крейсера произвести разведку в западном секторе. Самолет сообщил, что «Йорктаун» брошен командой и дрейфует. Получив это донесение, адмирал Ямамото направил подводную лодку I-168 добить авианосец. I-168 была одной из подводных лодок дозора, развернутого слишком поздно, чтобы принять участие в бою. Лодка успешно проникла внутрь завесы эсминцев вокруг «Йорктауна», приблизилась к нему на расстояние 600 ярдов и описала круг вокруг авианосца. 6 июня в 13.30 подводная лока выпустила 4 торпеды. Одна прошла мимо. Две проскочили под килем «Хамманна» и попали в авианосец, четвертая попала в эсминец. Взрывом торпеды «Хамманн» переломило пополам, и через 4 минуты он затонул. Из 241 человека экипажа погиб 81, а еще несколько моряков скончались позднее от ран.
3 эсминца бросились за I-168, а 2 начали поднимать из воды моряков «Хамманна». Командир подводной лодки капитан-лейтенант Яхати Танабэ легко ушел от преследователей, и I-168 осталась цела. «Вирео» отдал буксирный трос и снял спасательную партию с авианосца.
«Йорктаун» упрямо держался на плаву, и капитан 1 ранга Букмастер собирался на следующее утро возобновить спасательные работы. Однако ночью крен авианосца начал быстро увеличиваться. 7 июня в 6.00 «Йорктаун» затонул. Присутствовавшие при этом эсминцы приспустили флаги.
Post mortem
Когда все 4 японских авианосца вышли из строя, адмирал Ямамото, находившийся со своим соединением дальше к западу, приказал всем крейсерам и линкорам приготовиться к ночному бою с американскими кораблями. Он все еще имел больше артиллерийских кораблей, чем американцы. У Ямамото также имелись 2 легких авианосца – с его собственным соединением и Соединением вторжения вице-адмирала Кондо. Однако 5 июня в 2.55, опасаясь сокрушительных атак американских самолетов, Ямамото скомандовал общее отступление. За несколько минут до этого он отменил приказ 4 крейсерам и 2 эсминцам Соединения вторжения обстрелять Мидуэй. (Единственным японским кораблем, который обстрелял Мидуэй ночью 5/6 июня, была подводная лодка I-168, которая выпустила по острову целых 6 снарядов из палубного орудия.) Когда крейсера и эсминцы уходили от острова, был замечен перископ американской подводной лодки. Командир отряда приказал немедленно изменить курс, однако один из крейсеров не разобрал сигнал и врезался в другой крейсер. 2 поврежденных крейсера в сопровождении 2 эсминцев медленно потащились прочь. 2 других крейсера дали полный ход и тотчас скрылись.
Еще до того как занялся рассвет 5 июня, с Мидуэя на поиски японских кораблей были подняты в воздух все исправные летающие лодки PBY «Каталина». Следом за ними взлетели 12 бомбардировщиков ВВС В-17 «Летающая Крепость», чтобы атаковать обнаруженные цели. Одна из «Каталин» заметила поврежденные крейсера, и «Крепостям» было приказано атаковать их. Однако В-17 не нашли противника и вернулись на Мидуэй. При этом 2 «Крепости» были вынуждены сесть на воду из-за нехватки бензина. Это были единственные В-17, потерянные за весь бой. Затем с Мидуэя взлетели 6 «Доунтлессов» и 6 «Виндикейторов» морской пехоты, чтобы атаковать те же самые крейсера. В 8.05 они обнаружили японские корабли. Зенитный огонь был таким плотным, что ни одна из бомб в цель не попала. Однако один SB2U был подбит зенитным огнем и врезался в крейсер.