В июне 1944 года Хэлси был назначен командующим 3-м Флотом и начал планировать наступление в западной части Тихого океана. 24 августа он вывел в море весь свой «флот» – линкор «Нью Джерси» и 3 эсминца. А еще через 2 дня все корабли 5-го Флота были переданы – на бумаге – 3-му Флоту адмирала Хэлси. Оперативное Соединение 58 превратилось в Оперативное Соединение 38, Оперативная Группа 58.1 стала Оперативной Группой 38.1 и так далее. Адмирал Спрюэнс на борту тяжелого крейсера «Индианаполис» отплыл в Пирл-Харбор. Эта административная перестановка должна была на какое-то время ввести японцев в заблуждение, будто на Тихом океане действуют два больших ударных авианосных соединения.
На пост командира Быстроходного авианосного соединения претендовал вице-адмирал Джон С. МакКейн. Раньше он работал начальником Бюро Аэронавтики и стал заместителем начальника штаба ВМФ по воздушным операциям, когда в середине 1943 года была создана эта должность. Но вице-адмирал Митчер не желал оставлять свой пост. Крайне неохотно адмирал МакКейн согласился подождать и принял командование Оперативной Группой 38.1. (Остальные оперативные группы тоже были приняты новыми командирами. Контр-адмиралы Джеральд Боган, Фредерик Шерман и Ральф Э. Дэвисон стали командирами оперативных групп 38.2, 38.3 и 38.4 соответственно. Вице-адмирал Уиллис Ли, командовавший линкорами Тихоокеанского флота, стал командующим Линейными Силами, когда те были созданы.)
Команда Хэлси-Митчера действовала исключительно эффективно. После быстрой заправки на Эниветоке 28 августа Оперативная Группа 38.4 вышла к островам Бонин. На следующий день остальные оперативные группы вышли для нанесения воздушных ударов по Палау перед высадкой десанта. Теперь в составе Быстроходного авианосного соединения числились 16 авианосцев, на один больше, чем во время Марианской операции. В Оперативную Группу 38.1 входили «Хорнет», «Каупенс», «Уосп», «Монтерей», в Оперативную Группу 38.2 – «Банкер Хилл», «Интрепид», «Кэбот», «Индепенденс», в Оперативную Группу 38.3 – «Эссекс», «Лексингтон», «Лэнгли», «Принстон», в Оперативную Группу 38.4 – «Энтерпрайз», «Франклин», «Белло Вуд», «Сан Хасинто». Ветераны «Интрепид» и «Индепенденс» вернулись в строй, исправив полученные в боях повреждения. И это был первый бой для нового авианосца типа «Эссекс» – CV-13 «Франклин». Его история была короткой и трагической сагой мужества. Отсутствовали ветераны «охоты на индюков» «Батаан» и «Йорктаун», ушедшие на Западное Побережье Соединенных Штатов для ремонта.
Авиагруппы на авианосцах Оперативного Соединения 38 были изменены в сторону дальнейшего увеличения числа истребителей за счет сокращения числа пикирующих бомбардировщиков. В середине 1944 года стандартная авиагруппа состояла из 50 истребителей, 4 ночных истребителей, 24 пикирующих бомбардировщиков и 18 торпедоносцев. Эти изменения отражали успехи F6F «Хеллкэта» в роли разведчика и штурмовика, а также всеобщую неудовлетворенность SВ2С «Хеллдайвером».
Легкие авианосцы несли по 24 «Хеллкэта» и 9 «Авенджеров». Замечательным исключением был «Индепенденс», на котором авиагруппа состояла целиком из ночных самолетов. Авианосец имел 20 оснащенных радаром «Хеллкэтов» и 8 таких же «Авенджеров». Хотя в августе 1944 года все эскадренные авианосцы имели по звену из 4 ночных истребителей, было лучше иметь в составе соединения ночной авианосец (или авианосцы). Кроме «Индепенденса», ночные авиагруппы должны были получить «Энтерпрайз» и «Батаан», однако на них должны были базироваться и дневные самолеты.
Бои начались 31 августа, когда Оперативная Группа 38.4 начала трехдневные атаки островов Бонин. Во второй и третий день операции крейсера и эсминцы обстреливали острова из орудий. Сопротивления не было никакого. Американцы уничтожили 54 японских самолета, а также несколько мелких судов и барж. Затем Оперативная Группа 38.4 повернула на юг, заправилась в море с танкеров и нанесла короткий визит на недавно захваченный Сайпан.
В это время три остальные группы Оперативного Соединения 38 шли на запад с Эниветока, чтобы 6, 7 и 8 сентября атаковать Палау. Быстроходные авианосцы уже наносили удары по этому архипелагу в марте и июле 1944 года. После этого в дело вступили тяжелые бомбардировщики В-24 «Либерейтор», которые подвергли сильным бомбардировкам позиции японцев на Палау. Пока самолеты 12 авианосцев бомбили Палау, 4 авианосца Оперативной Группы 38.4 атаковали остров Яп, находящийся в 300 милях к северу от Палау, и острова Улити и Нгулу. Потом ОГ 38.4 еще раз заправилась в море и нанесла удар по Палау. Действия американцев были хорошо скоординированы, и когда самолеты Оперативной Группы 38.4 начали бомбить Палау, самолеты трех остальных групп атаковали остров Минданао, находящийся в 500 милях западнее.