Метрополия получала слишком мало нефти, и поэтому большая часть кораблей Объединенного Флота базировалась в Лингга, неподалеку от Сингапура, где имелось топливо. Однако уцелевшие японские авианосцы находились в метрополии, где формировались авиационные эскадрильи и лихорадочно обучались пилоты. Встреча авианосцев с остальными силами Объединенного флота не предполагалась ранее ноября 1944 года.
В начале октября Япония имела 9 готовых авианосцев, не считая эскортных. Один – совершенно устаревший «Хосё» – был окончательно переведен в учебные корабли. Остальными были: ветераны «Дзуньё» и «Дзуйкаку», новейшие однотипные «Унрю» и «Амаги» (17000 тонн, 65 самолетов), испытанные в боях легкие авианосцы «Титосэ», «Тиёда», «Рюхо», «Дзуйхо». Все вместе эти 8 авианосцев могли нести около 400 самолетов. Однако в начале октября 1944 года японцы не имели ни самолетов, ни подготовленных пилотов.
Кроме этих авианосцев, у японцев имелись еще 2 «полетные палубы» – гибриды «Исэ» и «Хьюга». После Мидуэя эти корабли были перестроены в линкоры-авианосцы. С каждого линкора были сняты 2 кормовые 356-мм башни (на них еще оставалось по 8 – 356-мм орудий), и на квартердеке был построен ангар и установлена полетная палуба. Для переоборудования были намечены также линкоры «Фусо» и «Ямасиро», но до них дело не дошло. Сначала предполагалось, что линкоры-авианосцы будут нести по 22 пикирующих бомбардировщика «Джуди», но потом их заменили на гидросамолеты-бомбардировщики Е-16А «Поль». 10 таких самолетов можно было убрать в ангар, а еще 8 или 10 стояли на полетной палубе. Перед полетной палубой были установлены 2 вращающиеся катапульты, а на самой палубе был установлен элеватор, чтобы поднимать самолеты из ангара.
Во время сентябрьского рейда американских авианосцев к Филиппинам японские армия и флот потеряли около 1000 самолетов, но на Формозе и в Японии еще оставалось много самолетов, хотя их пилоты и не имели достаточного опыта. Японская армия все еще не была разбита и оставалась довольно грозной силой.
В Токио решили, что следует во что бы то ни стало сохранить остатки Японской империи. Любая высадка союзников, где бы она не произошла, должна вылиться в решающую битву, в которой нужно использовать даже несбалансированный флот. Адмирал Тоёда позднее вспоминал:
«Так как без участия Объединенного Флота у сухопутных сил на Филиппинах не было вообще никаких шансов отбить американцев, было решено послать весь флот, играя ва-банк. Если бы дела пошли хорошо, мы могли добиться неожиданно хороших результатов. Но если бы случилось худшее, то мы рисковали потерять весь флот. Однако я чувствовал, что нужно использовать этот шанс. Если мы потеряем Филиппины, но при этом сохраним весь флот, то наши судоходные линии, ведущие на юг, будут окончательно перерезаны. Поэтому флот, если он вернется в Японию, не сможет получить топливо. А если он останется в южных водах, то не сможет получить оружие и боеприпасы. Не было никакого смысла спасать флот за счет потери Филиппин».
Чтобы подготовиться к возможным высадкам союзников, японцы выработали план СЁ – серию альтернативных вариантов, предусматривающих высадку союзного десанта в любом месте оборонительного периметра. (СЁ по-японски «победа».) План СЁ-1 предусматривал оборону Филиппин, СЁ-2 – оборону зоны Формоза – Нансей-Сёто – южный Кюсю, СЁ-3 – оборону зоны Сикоку – Кюсю – Хонсю, СЁ-4 – оборону Хоккайдо. Стратегия каждого плана была примерно одинаковой. Слабость японских авианосных сил привела к тому, что приходилось делать ставку на использование тяжелых орудий линкоров и базовой авиации. Базовые самолеты должны были нанести максимальные потери американским авианосным соединениям, а затем вышедшие из Лингга линкоры и крейсера должны были с боем прорваться к месту высадки и уничтожить десантные силы.