Когда американский флот начал использовать А-6А «Интрудеры», северовьетнамцы стали увеличивать количество зенитных батарей. Они также начали устанавливать ЗУРС «земля — воздух» советского производства. В апреле 1965 года разведывательные полеты над Северным Вьетнамом обнаружили строящиеся позиции ЗУРС в районе Ханоя. Ракетные установки SA-2 не были немедленно атакованы, так как находились слишком близко к Ханою. Кроме того, командование опасалось потерь среди советского персонала, проводившего монтаж комплексов. Летом 1965 года по американским самолетам, рисковавшим появляться в районе Ханоя, были выпущены несколько ракет SA-2. Первой их жертвой стал «Фантом» с «Мидуэя», сбитый 24 июня. Однако, когда более чем через 2 месяца SA-2 сбили «Крусейдер», это был всего лишь пятый американский самолет, уничтоженный ракетой.
Сначала американские пилоты могли уклониться от ракет SA-2, летя на малой высоте и выполняя резкий маневр, когда ракета приближалась. Они также могли лететь вообще ниже минимального эффективного потолка ракеты — на высоте 1500 – 2000 футов, но эта тактика подставляла самолет под смертоносный огонь вьетнамских зенитных орудий. Позднее на самолетах начали устанавливать систему радиопротиводействия, которая путала команды управления ракетами, заставляя их сбиваться с курса. Еще позже американские самолеты начнут атаковать ракетные комплексы специальными ракетами, предназначенными для поражения вражеских РЛС, чтобы уничтожить систему управления ракетами.
Первая успешная атака против позиций ЗУРС была проведена 17 октября, когда А-6А «Интрудер» «Индепенденса» навел звено А-4 «Скайхоков» на установку в 50 милях севернее Ханоя. Самолеты уничтожили установку «с почти безупречной точностью». Система радиопротиводействия «Интрудера» парализовала работу вражеского радара, и ни одна ракета не была выпущена по атакующим самолетам. Все они благополучно вернулись назад.
Самым мощным оружием, которое северовьетнамцы использовали против американских самолетов, были обычные зенитные орудия. Тысячи 37-мм, 57-мм и 85-мм орудий, а также тысячи пулеметов обеспечили вьетнамцам действенную воздушную защиту. Их огнем было сбито 85 % американских самолетов, потерянных над Северным Вьетнамом, а ракеты и МиГи вместе сбили только 15 %.
Смешно сказать, но, начиная с 50-х годов, американское командование практически не считалось с опасностью обычных зенитных орудий. В то время американцы не понимали, почему Советы уделяют обычным зенитным орудиям такое же большое внимание, как и ракетам. В результате американские самолеты, созданные в этот период, не были предназначены для прорыва плотной завесы зенитного огня. Над Северным Вьетнамом обнаружилось, что американские самолеты очень уязвимы для огня с земли. Также выяснилось, что самолеты с 2 двигателями — особенно «Интрудеры» и «Фантомы» — могут выдержать большое количество попаданий и сохранить способность лететь, как и «Скайхок», с одним двигателем. Маленькие размеры «Скайхока», его разбросанные подсистемы, ручное управление и прочная конструкция привели к тому, что уровень потерь оказался совсем маленьким, несмотря на широкое использование этого самолета летчиками флота и морской пехоты.
17 июня впервые было использовано еще одно новое оружие. Гигантские 8-моторные бомбардировщики В-52 нанесли удар по району предполагаемой концентрации войск Вьетконга в 30 милях от Сайгона. Это было первое использование стратегических бомбардировщиков ВВС и первая массированная бомбардировка со времен Второй Мировой войны.
30 В-52 вылетели с Гуама, находящегося в 2100 милях от Вьетнама. Выполнение задачи требовало дозаправки в воздухе, и 2 В-52 погибли, столкнувшись в воздухе. Третий вернулся назад из-за неполадок, но 27 самолетов дошли до цели. После того как бомбардировщики разнесли кусок джунглей, туда на вертолетах были переброшены южновьетнамские войска. Они не нашли никого и ничего, но во время короткой стычки с противником убили одного партизана.
Хотя противник не понес потерь в результате этого налета, Соединенные Штаты продолжали использовать В-52 для решения этой необычной задачи — наносить удары по предполагаемым районам концентрации войск Вьетконга в Южном Вьетнаме. Первоначальная нагрузка из 51 бомбы в 500 или 750 фунтов при модернизации самолета была увеличена до 108 бомб по 500 фунтов! Грузоподъемность самолета и его способность вести бомбометание с такой высоты, что на земле даже не слышали гула моторов, делали В-52 оружием, которого Вьетконг опасался больше всего. Однако этот самолет оказался неэффективным, когда его применили для бомбардировки путей просачивания на границе Северного и Южного Вьетнама. И лишь в исключительных случаях стратегические бомбардировщики использовались против сильно защищенных целей в Северном Вьетнаме. Они оказались слишком уязвимы для ракет SA-2 из-за своей недостаточной маневренности. Их использование как самолетов радиопротиводействия против северовьетнамских батарей ЗУРС могло раскрыть советским наблюдателям некоторые характеристики электронного оборудования В-52. А ведь эти бомбардировщики предполагалось использовать против Советского Союза в случае ядерной войны.