Но реальная возможность закрыть эти ворота в Китай пришла к японцам летом 1940 года, когда Франция капитулировала перед Германией. Французская администрация в Индокитае была вынуждена принять требования японцев и закрыла границу между Индокитаем и Китаем для перевозок всех военных грузов. В Индокитай была послана японская контрольная комиссия, чтобы на месте убедиться, как французы выполняют соглашение. Так как Франция потерпела поражение, а Англия и Соединенные Штаты не могли обеспечить оборону Индокитая, то японцы почувствовали себя уверенней. Вскоре они потребовали разрешения использовать базы в Индокитае, чтобы облегчить себе ведение войны против Китая. В то же самое время Китай предложил перебросить войска в Индокитай, чтобы защитить его от японцев.
Однако между правительством Виши и Японией было подписано соглашение, и 22 сентября 1940 года Хайфон был оккупирован японцами. Они планировали создать в Тонкине 3 воздушные базы. В тот же день японские войска из южного Китая двинулись через границу в Тонкин и после недолгих боев с французами оккупировали 2 ключевых города. Французское военное сопротивление закончилось 25 сентября. Японцы объявили, что захват Тонкина, как и серия мелких воздушных атак, были произведены по ошибке и Япония признает власть французов над Индокитаем. Но над главными городами Тонкина развевались знамена Восходящего Солнца.
Затем японское марионеточное государство Сиам (Таиланд) вторглось в Индокитай, пытаясь захватить пограничный район Камбоджи. Французы нанесли таиландцам сокрушительное поражение в ходе короткой войны в январе 1941 года. Однако после «переговоров» с Японией весной 1941 года французы были вынуждены уступить эту территорию Сиаму.
Японское «вторжение» в Индокитай продолжалось. В июле 1941 года японские войска высадились в Сайгоне, чтобы оккупировать важные стратегические пункты на юге страны. Они должны были послужить исходной точкой для вторжения в Британскую Малайю в декабре того же года.
Хотя в течение 4 последующих лет японцы контролировали ключевые города и порты, французские войска оставались при оружии, а французская администрация продолжала управлять страной. В таких условиях националистические антиколониальные настроения в Индокитае расцвели пышным цветом. Местные коммунисты с некоторой помощью китайцев, которые давно заглядывались на район Тонкина, увеличили свои силы в северном Индокитае. До 1944 года Китай обеспечивал коммунистов и других революционеров деньгами, военными инструкторами и оружием. Основной революционной группировкой был контролируемый коммунистами Вьетмин (популярное название Лиги за независимость Вьетнама, восточной части Индокитая). К 1944 году Вьетмин начал военные операции против японцев и помогал американским летчикам, сбитым в Индокитае. Вскоре США начали поставлять Вьетмину оружие.
Положение осложняло то, что французские войска в Индокитае постепенно насыщались солдатами союзников. С начала 1945 года они сбрасывали на парашютах людей и оружие в среднем 2 ночи в неделю. Чтобы противостоять растущим антияпонским настроениям французов и помешать возможной высадке американцев, 9 марта 1945 года японцы атаковали французские гарнизоны. В некоторых пунктах французы продержались день или два, но японский переворот был слишком неожиданным и хорошо подготовленным, чтобы не быть успешным. Японцы провозгласили независимость Вьетнамской империи и посадили марионеточное правительство. Коммунисты тонко использовали антияпонские настроения народа, отказавшись подчиняться марионеточному правительству в Ханое. В Тонкине, где японцы имели слишком мало войск, коммунисты провозгласили создание Демократической Республики Вьетнам.
Итак, когда Вторая Мировая война на Тихом океане официально закончилась, японцы господствовали в городах Вьетнама, но большая часть Тонкина находилась в руках коммунистов. В конце войны Вьетмин занял Ханой и взял на себя управление районом Тонкина.
Так как никаких других вооруженных сил во Вьетнаме не имелось, японцы остались с оружием в руках, чтобы поддерживать порядок. В середине сентября в Сайгон начали прибывать английские и индийские войска, чтобы принять капитуляцию японских войск на юге Индокитая. Так как войск Содружества было слишком мало, чтобы контролировать район, то японцы сохранили оружие. На север страны, чтобы принять капитуляцию японцев, прибыли китайские войска. Они признали правительство Вьетмина. Отсутствие французских войск позволило Вьетмину укрепить свое положение.