В том, что американская мафия сумела пережить наступление новых времен (отмена "сухого закона", приход к власти Ф. Рузвельта) и плавно «вписаться» в обстановку, была огромная заслуга Лаки Лучиано. Однако то, что он стал самой влиятельной фигурой в преступном мире Америки несло и отрицательное начало для него самого. После того как в октябре 1931 год американская фемида отправила за решетку Аль Капоне, должна была появиться новая кандидатура на арест и осуждение. И ею в конце концов стал Лаки Лучиано.
В 1932–1935 годах мафия в Нью-Йорке чувствовала себя безнаказанно, скупив практически всех чиновников города. Однако новый президент страны Франклин Рузвельт не желал мириться с подобным положением вещей и объявил войну организованной преступности.
В 1935 году Верховный суд Нью-Йорка потребовал от губернатора города, чтобы тот назначил специального судью, которому были бы переданы особые полномочия в борьбе с преступностью. И такой судья был назначен: им оказался 35-летний Томас Е. Дьюи, который рьяно взялся за дело. Он учредил специальный отдел из 20 человек, которые занялись сбором компромата на нью-йоркскую мафию. Помимо этого были созданы еще несколько отделов, прием людей в которые проходил после тщательнейшей проверки. Ни одному полицейскому в городе Дьюи не доверял.
Первым попался Датч Шульц по прозвищу Голландец. Дьюи прижал его настолько серьезно, что Шульц решился на крайнюю меру — убить неподкупного судью. Это решение было настолько опасным, что Лучиано, Костелло и Лански попытались отговорить Шульца. Тот отличался крутым нравом и никогда не сходил с однажды выбранного пути. Видя, что Шульц непреклонен, коллеги по гангстерскому ремеслу поняли, что остановить его можно только одним способом.
23 октября 1935 года Шульц в сопровождении двух телохранителей отправился в бар "Полас шоп хаус энд тавверн". Посидев за столиком пятнадцать минут, Шульц пошел в туалет. В это время в бар вошли двое мужчин, извлекли револьверы 45-го калибра и открыли огонь по телохранителям Шульца. Затем один из убийц отправился в туалет и всадил оставшиеся пули в беспечного главаря. У Шульца была перебита рука, пробиты бок и грудь. Однако, когда прибыла полиция, он был еще жив. На вопрос полицейского: "Кто это сделал?" Шульц ответил: "Приведите священника". Он так и умер, не назвав имен, хотя прекрасно их знал.
Парадокс заключался в том, что, убив Шульца, Лучиано сохранил жизнь судье Томасу Дьюи, который через несколько месяцев посадил в тюрьму и самого Лучиано.
Между тем Дьюи пытался раздобыть компромат на Лучиано, однако все было напрасно. Лучиано практически нигде не «светился»: ни в контрабанде наркотиков, ни в организации азартных игр. И вот тогда на сцене появились женщины, а точнее — представительницы древнейшей профессии — проститутки. Показания некоторых из них позволили Дьюи уличить Лучиано в том, что он контролировал в Нью-Йорке около 80 публичных домов в Манхэттене и в Бронксе.
13 мая 1936 года Лучиано был официально привлечен к судебной ответственности. Суд над ним и его сообщниками длился несколько недель и завершился 18 июня вынесением приговора: Лучиано получал по 87 пунктам обвинения наказание в виде 50 лет тюремного заключения. Это было сенсацией: со времен осуждения Аль Капоне не было случая, чтобы правосудие смогло свалить столь значимую фигуру в рядах мафии.
В тот же день Лучиано был переведен из тюрьмы Томбс в мрачную тюрьму города Даннемор, на самом севере штата Нью-Йорк. Там он был зачислен в штат рабочих тюремной прачечной. Однако, сидя в тюрьме, Лучиано не выпускал из рук бразды правления своей огромной мафиозной империей.
В мае 1942 года (после того, как Лучиано помог американской армии и подключил к охране нью-йоркских доков свою мафию) власти перевели его из мрачной тюрьмы Даннемора в тюрьму с более мягким режимом — Грейт Мерой в Комстоке. А еще через три года — 2 февраля 1946 года (всего он отсидел чуть меньше 10 лет), Лучиано был освобожден окончательно, а в связи с тем, что он за все это время так и не удосужился получить американское гражданство, власти США отправили его на родину — в Италию.