По существу, они вели дело к ослаблению партии и захвату власти в ней. Положение усугублялось предательством. В 1959 году один из приближенных генерального секретаря НРПК Ту Самута выдал сиануковской полиции списки партийного руководства и ряд важных документов. В Пномпене и других городах начались аресты. В тюрьмах оказались сотни активистов. Многие из них были убиты. Объективно это предательство сыграло на руку полпотовской группировке, которая стала настаивать на чистке партии, на искоренении из ее рядов «агентов буржуазии».
Ужесточились репрессии и против «Прачеачун». Малейших подозрений в симпатиях к этой организации было достаточно, чтобы попасть в списки «неблагонадежных». Их имена и адреса публиковались в центральных газетах, где содержался призыв «истреблять врагов кхмеров». Разгул реакции дорого стоил партии. Сотни ее членов, выслеженные полицией, были казнены или сосланы в концлагеря на острова в Сиамском заливе.
В этих условиях собирается второй съезд НРПК. Он проходил с 28 по 30 сентября 1960 года в одной из мастерских пномпеньской железнодорожной станции, где среди путейцев имелась хорошо законспирированная организация. Съезд принял новую программу и устав, в которых указывались главные задачи партии в национально-демократической революции. Задачей номер один ставилось идейное, политическое и организационное укрепление партийных рядов. Полпотовцы сделали попытку изменить название партии и «реорганизовать» старые руководящие органы. Но их требования не были приняты. Ту Самут был снова избран генеральным секретарем. Пол Пот, до этого работавший в комиссии по уточнению партийной линии, стал членом ЦК. В состав центрального комитета был избран и Иенг Сари. После съезда группировка еще активнее принялась проводить свою линию на узурпацию власти.
Тревожная обстановка вокруг партии, неотступное преследование тайной полиции, усиление репрессий облегчали достижение этой цели. При непосредственном участии Пол Пота была создана «секретная гвардия» из рабочих, крестьян, студентов, призванная охранять партийные кадры, беречь революционные базы. Впоследствии эта гвардия составляла ядро партизанского движения. В декабре 1961 года Сианук потребовал изменить название группы «Прачеачун», поскольку она якобы не выражает интересов кампучийского народа. Ряд руководящих деятелей группы были арестованы, среди них — Нонг Суон и Чу Чет. Вслед за тем в окрестностях Пномпеня полиция схватила 13 человек, обвинив их в подготовке государственного переворота и связях с иностранной разведкой. Военный трибунал признал Нонг Суона виновным в подготовке заговора и приговорил его к смертной казни. Однако, понимая, что одними репрессиями не обойтись, Сианук пытается дискредитировать левые силы в глазах общественности, чтобы потом уже без труда полностью разделаться с ними. Он делает вид, что готов сотрудничать с ними, и даже предлагает им сформировать правительство, опубликовав списки 34 «приглашенных» левых деятелей из состава «Прачеачун» и Сангкума. В этом списке числились Пол Пот, Сон Сен, Иенг Сари и другие члены партийного руководства.
Маневр Сианука был разгадан. Его правильно расценили как прелюдию к началу нового этапа кровавых расправ. Примерно в те дни, когда выносился смертный приговор Нонг Суону, был убит генеральный секретарь НРПК Ту Самут. Обстоятельства его смерти до сих пор не выяснены, но, по предположению некоторых историков, убийство было организовано с ведома Пол Пота. Учитывая сложный характер отношений между ними, мстительность и коварство последнего, эта версия кажется правдоподобной. В начале 1963 года Пол Пот созывает свой «съезд», на котором присутствовало всего 20 делегатов, главным образом из его ближайшего окружения. Выступая с анализом обстановки, он заявил, что революционная борьба кампучийского народа в результате достигнутого в 1954 году Женевского соглашения «сведена к нулю». Он обвинял бывшее руководство партии в неумении организовать и повести за собой массы, обрушился с нападками на вьетнамских коммунистов, извращая их роль в освободительном движении в Индокитае. На том «съезде» его объявили секретарем партии.