Признавая большое значение для медико-санитарной службы города медицинского факультета Психоневрологического института, власти Петербурга передали ему в качестве клинических баз терапевтические отделения больницы имени Петра Великого и Петропавловской больницы, в которых в то время находилось на лечении много фронтовиков. В 1915 году крупный целевой денежный взнос купца В. А. Лапшина, желавшего увековечить свое имя, позволил создать при Психоневрологическом институте клинику по изучению и лечению рака.
В том же году при Психоневрологическом институте по инициативе Бехтерева был создан приют на 40 человек с детским садом и школой для детей беженцев из западных губерний, оказавшихся оккупированными немцами и их союзниками. Этот приют постепенно расширялся, и к осени 1916 года в нем состояло 65 детей. Размещался он в доме № 47 по 6-й линии Васильевского острова. Детей в нем обучали по программе четырехклассного так называемого «высшего начального училища». Одновременно там проводилось и профессиональное обучение воспитанников: их готовили по специальностям счетоводов, портных, столяров, переплетчиков, сапожников, белошвеек. Обучали детей и художественным промыслам, в частности вышиванию и плетению из соломы и веревок. В школе при приюте училось до 150 человек, часть которых жила у родственников, а часть — в самом приюте. Сто учеников обеспечивалось питанием полностью, остальные — обедами.
В 1916 году по инициативе И. Е. Репина в Петрограде был организован Комитет по учреждению института гуманитарных наук и искусств. Кроме Репина, в комитет входили художники Н. И. Дубовский, В. Е. Маковский, скульптор В. А. Беклемешев, профессор В. А. Вагнер. Они намеревались создать общедоступное учебное заведение, которое обеспечило бы возможность заниматься в области гуманитарных наук и искусства всем талантливым людям, которым по разным причинам закрыты двери в университеты или в Академию художеств. Однако власти препятствовали созданию такого учреждения, и тогда Бехтерев предложил развернуть его как одно из подразделений все того же Психоневрологического института.
В том же году был наконец утвержден новый устав Психоневрологического института, по которому его учебные подразделения выделялись в Частный Петроградский университет. Возглавлять его должен был председатель Учебного комитета. Президентом нового университета был избран и на сей раз утвержден Бехтерев. Президент должен был подчиняться председателю Учебного комитета, который назначался министерством народного просвещения и представлял собой таким образом государственную власть. В этой должности оказался один из профессоров Психоневрологического института — С. К. Гогель.
Однако и такой статус нового университета, все-таки входившего в состав Психоневрологического института, не удовлетворил сменившего графа Игнатьева бывшего попечителя Петербургского учебного округа нового министра народного просвещения профессора Кульчицкого. В феврале 1917 года профессор, оказавшийся реакционнее своего предшественника, добился решения совета министров о закрытии Психоневрологического института и передаче его имущества Обществу нормальной и патологической физиологии при Военно-медицинской академии и вновь создаваемому медицинскому факультету при Императорском Петроградском университете. Однако решение это было принято советом министров в те дни, когда царская власть, приведшая Россию к военным поражениям на фронтах, к непримиримым классовым противоречиям и экономической разрухе во всей стране, доживала последние дни. В Петрограде бастовали рабочие, по улицам шли колонны демонстрантов с лозунгами: «Долой войну!», «Долой царя!», «Хлеба и мира!» Командующий Петроградским военным округом генерал С. С. Хабалов получил из ставки приказ Николая II: «Завтра же прекратить в столице беспорядки» — и готовился к расстрелу демонстраций трудящихся.