По мысли основателей Казанского университета, туда в первую очередь должны были приниматься дети дворян, владеющих землями в Поволжье и Прикамье. В задачи университета входило содействие укреплению связей центра России с ее окраинами и граничащими странами. Для этого в университете готовили специалистов самых различных профилей — начиная от ученых-востоковедов и кончая чиновниками-администраторами для управления восточными землями империи.
Империя испытывала острую потребность в образованных людях. Но в то же время правящие ее круги с настороженностью относились к распространению знаний, стремясь ограничить доступ к ним представителям низших сословий. В связи с этим министр народного просвещения и президент Российской академии наук адмирал А. С. Шишков в одном из своих программных выступлений говорил так: «Обучать грамоте весь народ или несоразмерное количество людей принесло бы более вреда, чем пользы; наставлять земледельческого сына в риторике — было бы предуготовить его быть худым и бесполезным или еще и вредным гражданином».
Назначавшиеся министерством просвещения попечители нередко оказывались ярыми врагами просвещения. Так, возглавлявший в 1819 году Казанский учебный округ M. Л. Магницкий начал свою деятельность с увольнения девяти профессоров и предложения — «публично разрушить университет», который он рассматривал как «гнездо вольнодумства». Александр I на его докладе начертал резолюцию: «Зачем же разрушать, можно исправить». И Магницкий «исправлял» университетскую науку, делая все возможное, «чтобы дух вольности ни открыто, ни скрыто не ослаблял учения церкви».
Однако с годами Казанский университет наращивал свой научный потенциал, тесня религиозные догматы и выполняя роль светильника, огонь которого уничтожал тьму невежества и реакционного застоя. Успехами в своем развитии Казанский университет во многом был обязан тому, что с 1827 по 1846 год должность его ректора занимал выдающийся математик Н. И. Лобачевский, создавший новее направление в математике — неэвклидову геометрию. Он содействовал успеху работы всех кафедр университета, умело подбирал кадры, поощрял научную деятельность своих талантливых современников. На посту ректора его сменил И. М. Симонов, который в 1819 году участвовал в качестве астронома в легендарной экспедиции в Антарктику на шлюпках «Восток» и «Мирный», возглавляемой, Беллинсгаузеном и Лазаревым.
В Казанском университете, состоявшем с 1814 года из четырех (и в том числе медицинского) факультетов, работали такие выдающиеся деятели русской науки, как создатель синтетического анилина H. H. Зинин, автор способа получения этилена А. М. Бутлеров, основоположник востоковедения в России О. М. Ковалевский, патологи Ф. В. Овсянников и В. В. Пашутин, анатом П. Ф. Лесгафт, один из основателей нейрофизиологии Н. О. Ковалевский…
В Казани учились многие подлинные светочи русской культуры. Среди них С. Т. Аксаков и Л. Н. Толстой. И не просто учились, но и многое открыли для себя за время пребывания на студенческой скамье. Так, в студенческом сочинении о «Наказе» Екатерины II, выполненном по заданию профессора гражданского права Д. И. Мейера, Л. Н. Толстой отмечал, что «свобода при повиновении законам, не от народа происходящим, не есть свобода». Сам он признавал, что эта работа открыла ему «новую область умственного самостоятельного труда».
Преподаватели и студенты Казанского университета не раз проявляли чувства гуманизма и гражданственности, живо реагировали на политические события, происходившие в России. Так, в 1858 году казанские студенты выразили протест по поводу идеалистической направленности лекций физиолога Берви. Возникший при этом конфликт лег в основу опубликованной в «Современнике» статьи Н. А. Добролюбова, после чего Берви вынужден был подать в отставку. В апреле 1861 года студенты Казанского университета организовали панихиду по убитым карателями восставшим крестьянам села Бездны Спасского уезда Казанской губернии. На панихиде по «убиенным за свободу и любовь к отечеству» выступил профессор истории А. П. Щапов. Он признал погибших «жертвами деспотизма за давно ожидаемую всем народом свободу», которые разрушили «неправильное сомнение, будто бы народ наш не способен к инициативе политического движения», и закончил свою речь призывом к борьбе за свободу и лозунгом: «Да здравствует демократическая конституция!» После этого крамольный профессор был арестован, а девять наиболее активных студентов исключены из университета.