Осенью 1861 года более 300 студентов устроили политическую демонстрацию, вошедшую в историю Казанского университета как «Октябрьский бунт». 46 участников демонстрации после этого были исключены из числа студентов. Среди исключенных был Д. В. Каракозов, который через пять лет на набережной Невы у Летнего сада совершил покушение на царя.
В 1870 году разыгралось так называемое «дело Лесгафта». Профессор физиологической анатомии П. Ф. Лесгафт осудил незаконные действия ставленника министра просвещения графа Д. А. Толстого — попечителя Казанского учебного округа П. Д. Шестакова в статье, опубликованной в одной из столичных газет. После этого «по высочайшему повелению» Лесгафт был из университета уволен «без права учебной службы» в будущем. Тогда же в знак протеста против самоуправства властей университет покинуло семь профессоров (Головкинский, Голубев, Данилевский, Имшенецкий, Левитский, Морковников, Якоби).
Казань ко времени приезда Бехтерева продолжала оставаться немалым для той поры городом. Развивавшиеся там кожевенное, мануфактурное, канатное, мыловаренное, свечное, кирпичное и прочие производства обусловливали постоянный рост фабричных рабочих. Вместе с тем наметилось некоторое снижение значения Казани как торгового центра. Раньше бурлацкий путь с низовьев Волги доходил только до Казани, где товары перегружались с баржей на гужевой транспорт. Появившиеся же недавно на Волге пароходы везли грузы мимо Казани до Нижнего Новгорода или Рыбинска. Ощутимый удар по карманам казанского купечества нанесло и принятое в 1884 году решение Комитета министров, по которому «великий сибирский рельсовый путь» решено было прокладывать не через Казань, а южнее — через Самару — Уфу — Златоуст. Это, по сути дела, лишало Казань длительно выполняемой ею роли «окна в Азию».
Новым университетским уставом 1884 года фактически ликвидировалась традиционная автономия университетов. Должности ректоров университетов, деканов, заведующих университетскими кафедрами по новому уставу замещались не избираемыми Советом университета лицами, а людьми, назначенными приказом министра народного просвещения, так как «выборное начало, внедрившееся в наших университетах, не оправдало, к сожалению, возлагавшихся на него надежд». Уставом 1884 года университеты были всецело подчинены министерству народного просвещения и его представителям — попечителям учебных округов. Министерство теперь «во всякое время года, собственной властью» могло не только назначать на должности и увольнять профессоров, но и определяло состав экзаменационных комиссий, утверждало учебные планы и т. п. Попечитель же учебного округа имел право вникать во все детали университетской жизни, влиять на решения ректора, оценивать работу отдельных преподавателей, осуществлять мелочный контроль за преподавателями и студентами.
Особыми «Правилами», утвержденными в 1885 году, было определено, что в университеты можно принимать лишь лиц, которые могли предъявить свидетельство о благонадежности, выданное полицией. Инспектора университетов непосредственно подчинялись попечителям учебных округов и должны были сотрудничать с полицией и жандармерией, фактически становясь таким образом полицейскими чиновниками. В обязанности попечителей и инспекторов входило также подавление любых проявлений студенческой инициативы и самостоятельности. Студенческие собрания и сходки запрещались, «вне закона» объявлялись студенческие читальни, столовые, кружки, кассы взаимопомощи, землячества. Инспекторам предоставлялось право по своему усмотрению арестовывать студентов и помещать их в карцер. Плата за обучение в университетах увеличивалась в пять раз. Студенты должны были постоянно носить установленную форму.
Назначенный в 1884 году попечителем Казанского учебного округа П. Н. Масленников рассматривал университет как наиболее «крамольное» из подчиненных ему учебных заведений. Инспектор университета Н. Г. Потапов чуть ли не в каждом студенте видел врага самодержавия. Реакционное законодательство способствовало проникновению в состав преподавателей людей, подчас далеких от науки, ретроградов, завистников, интриганов, доносчиков, старающихся угодить обладавшему почти неограниченной властью попечителю учебного округа.