Когда Пашутин окончил академию, он, как позднее и Бехтерев, был оставлен при ней в институте усовершенствования. Сеченов тогда оказался в годичной заграничной командировке. Молодой ученый стал работать в терапевтической клинике Боткина и в лабораториях химика Зинина, а затем возобновил занятия у Сеченова. Итогом проведенных им на разных кафедрах исследований явилась комплексная работа о ферментативных процессах в пищеварительном тракте, принесшая ему степень доктора медицины.
В 1874 году по настоянию физиолога Данилевского Пашутин был приглашен в Казанский университет на кафедру общей патологии. Ранее такие кафедры обычно возглавляли морфологи. Пашутин был первым патологом-физиологом, и потому с его именем оказалось связано создание, по сути дела, новой дисциплины — патологической физиологии (в настоящее время она является одной из основополагающих дисциплин в медицинских вузах. — А. Н.). В Казани Пашутин создал лабораторию экспериментальной патологии. Он написал книгу «Лекции по общей патологии (патологической физиологии), читанные студентам Императорского Казанского университета», изданную в 1879 году.
Через год Пашутина избрали на кафедру общей патологии Медико-хирургической академии, и вскоре он коренным образом изменил характер ее работы: почетное место в ней занял эксперимент, а физиология стала фундаментом изучения патологии. Именно такой подход стал преобладающим для подобных же кафедр, вскоре учрежденных на всех медицинских факультетах университетов. Многие из них возглавили ученики Пашутина.
Став в 1885 году ученым секретарем Конференции академии, Пашутин во многом содействовал постепенному исправлению ошибок, допущенных при реорганизации академиии в закрытое учебное заведение с 3-годичным сроком обучения в соответствии с «Временным положением» от 1881 года. Студенты университетов переводились в академию неохотно. Пришлось создавать подготовительный курс, сначала один, а потом и второй; при этом стали восстанавливаться ранее ликвидированные общеобразовательные кафедры, необходимые для подготовки студентов к освоению специальных медицинских дисциплин.
После опубликования в 1884 году нового университетского устава Конференция приступила к разработке соответствующего документа для Военно-медицинской академии. Готовился он более пяти лет и был наконец утвержден в 1890 году. В том же году начальником академии стал Пашутин, зарекомендовавший себя энергичным, деловым человеком, прекрасным администратором. К тому же в отличие от своего предшественника Быкова он был признанным, авторитетным ученым.
Годом раньше Пашутин вошел в состав Медицинского совета при министерстве внутренних дел. По статье 386 действовавшего тогда «Свода законов» Медицинский совет являлся «высшим в государстве врачебно-ученым, врачебно-полицейским и врачебно-судебным местом». Исполнительным органом управления здравоохранением считался также входивший в состав министерства внутренних дел Медицинский департамент. С 1889 года им руководил отозванный из Казани Л. Ф. Рагозин. Пашутин и Рагозин по положению входили также в состав Военно-медицинского ученого комитета. Они содействовали назначению Бехтерева профессором Военно-медицинской академии, так как ценили в нем крупного ученого и организатора. Рагозина, кроме того, с Бехтеревым связывало старое чувство товарищества.
Основными сотрудниками Бехтерева на кафедре и в клинике оказались старший врач А. Ф. Эрлицкий и младшие врачи Б. В. Томашевский и П. Я. Розенбах, заместивший в 1885 году уезжавшего в Казань Бехтерева. Все они имели степень доктора медицины, ученое звание приват-доцента и участвовали в педагогическом процессе. Кроме того, при кафедре состояли приват-доценты без штатной должности: С. И. Данилло и Л. В. Блюминау. Приват-доцентов без должности разрешалось привлекать к преподаванию, но оплата им производилась лишь за фактически затраченное при этом время. Они составляли резерв для занятия штатных должностей в академии и в университетах.
Возвращение на кафедру бывшего ее питомца нередко встречает антагонизм со стороны тех, кто на ней работает постоянно: «Мы здесь упорно трудимся, терпеливо ожидаем вакансии, чтобы продвинуться по службе, а он где-то там порхал и вдруг на готовенькое, как с неба, свалился на наши головы». И Бехтерева в клинике встретили настороженно. Удастся ли сработаться? Не потянет ли за собой помощников из Казани? К тому же все знали о неистовой трудоспособности Бехтерева и о том, что он будет требовать подобной же страстности в работе и от своих подчиненных. Эрлицкий к тому же, хотя и старался не подать виду, чувствовал себя несправедливо обойденным. Ему, как и Мержеевскому, на строительство новой клиники пришлось потратить немало сил, и где-то в глубине души он считал себя его законным преемником, тем более что он старше Бехтерева по возрасту; во время русско-турецкой войны был уже старшим ординатором госпиталя, получил боевой орден; звание приват-доцента ему было присвоено в один день с Бехтеревым, и чин у него был такой же, как у Бехтерева, — статский советник. В науке, правда, Эрлицкий не преуспевал. Но так ли это важно, если есть другие заслуги? — рассуждал обиженный ученый.