В докладе Бехтерева не все было бесспорным. Нельзя согласиться, в частности, с признанием элементов сознания даже у простейших организмов. Но главным следует считать материалистическую направленность основных положений доклада и стремление судить о психических функциях на основании не умозрительных представлений, а достижений нейрофизиологии.
В том же, 1896 году Бехтерев принимал участие в работе III Международного психологического конгресса в Мюнхене, на котором острая дискуссия разгорелась между представителями субъективно-идеалистической психологии (Штупф, Липпс и др.) и сторонниками материалистического направления развития этой науки. Приняв участие в дискуссии, Бехтерев с возмущением говорил о том, что «в конце XIX века среди ученых мира еще раздаются голоса, которые снова хотят отбросить психолога в область схоластики и догматики». Продолжая свою мысль, он охарактеризовал психологию как науку, которая должна строиться на материалистическом фундаменте, и подчеркивал приверженность взглядам на развитие психологии, которые ранее развивал И. М. Сеченов. «Наш прославленный физиолог Сеченов, — сказал тогда Бехтерев, — первым изучивший в 60-х годах задерживающие центры в мозгу, на вопрос о том, кто должен разрабатывать психологию, дал в результате продолжительной работы ответ — «физиологи». На того, кто, не проведя серьезных исследований в качестве физиолога и психиатра, назовет себя в будущем психологом, серьезные люди будут смотреть так же, как на человека, который считает себя архитектором, но не учился в технической школе или строительной академии. Это мое твердое убеждение».
В клинике Бехтерева Психологическая лаборатория была организована в 1895 году. В ней велись главным образом работы по экспериментальной психологии и клинической психофизиологии. Среди сотрудников лаборатории выделялся молодой талантливый выпускник Военно-медицинской академии Александр Федорович Лазурский. В 1900 году он блестяще защитил диссертацию на степень доктора медицины о влиянии мышечных упражнений на мозговое кровообращение. Высокую оценку работе Лазурского дал, в частности, его официальный оппонент физиолог профессор И. П. Павлов. Широкую известность приобрела разработанная Лазурским методика «естественного эксперимента». Он создал новое направление в изучении человеческой личности.
В качестве начальника кафедры Бехтереву приходилось выполнять многочисленные обязанности и вне пределов руководимых им учреждений. Так, он сразу же вошел в состав Конференции профессоров академии, возглавляемой ее начальником. Здесь вместе с ним заседали и его бывшие учителя (анатом Тернецкий, хирург Вельяминов, химик Лебедев и другие), и ученые его собственного поколения, такие, как терапевт Пастернацкий, гигиенист Шидловский, хирург Субботин, химик Данин, биолог Холодковский, физиолог Павлов, — Иван Петрович Павлов…
Знаменитый уже и тогда коллега Бехтерева прошел к тому времени нелегкий путь в науку. После возвращения из зарубежной поездки он долго не мог получить профессорскую должность. Павлов рассчитывал на вакансию после ухода в апреле 1889 года с кафедры физиологии Петербургского университета своего духовного наставника И. М. Сеченова. Но ее занял ученик Сеченова H. E. Введенский. Павлов думал и о возможности занять подобную кафедру Томского университета. Однако министерством по одному ему понятным причинам туда был назначен зоолог Великий. Только весной 1890 года Павлов стал начальником кафедры фармакологии Военно-медицинской академии, а через пять лет в связи с отставкой профессора князя Тарханова он был переведен на должность руководителя кафедры физиологии. С 1891 года, кроме того, по приглашению принца Ольденбургского И. П. Павлов возглавлял физиологический отдел вновь создаваемого тогда этим меценатом Института экспериментальной медицины.