Недовольство политикой правительства высказывалось и либеральной интеллигенцией. Так, на VI Пироговском съезде было выдвинуто требование об отмене телесных наказаний для крестьян. На VII съезде, состоявшемся в 1899 году в Казани, был образован особый врачебно-продовольственный комитет для оказания помощи голодающим и изучения причин голода, запрещенный правительством через два года.
8 февраля 1899 года в день юбилея Петербургского университета у Румянцевского сквера на набережной Васильевского острова конные полицейские атаковали и избили нагайками группу студентов. Четыре дня спустя в знак протеста была объявлена первая в истории студенческого движения всеобщая забастовка, проходившая под руководством выборного организационного комитета. В ней приняли участие 25 тысяч студентов 30 высших учебных заведений. В их числе оказались и слушатели Военно-медицинской академии.
По требованию министра внутренних дел Горемыкина и министра народного просвещения Боголепова по отношению к бастующим были приняты жестокие репрессивные меры: аресты, высылка из университетских городов и т. п. 26 июля 1899 года царь утвердил «Временные правила», которые «за учинение скопом беспорядков» угрожали студентам исключением и отдачей «в распоряжение военного начальства». В соответствии с этими «Правилами» осенью того же года были отданы в солдаты 183 студента Киевского университета. Вслед за этим антиправительственные выступления студентов вспыхнули в Харькове, Москве, Петербурге… 14 февраля 1901 года студентом Карповичем был смертельно ранен министр просвещения Боголепов. Его сменил генерал Ванновский.
4 марта 1901 года по призыву Организационного студенческого комитета на площади у Казанского собора состоялась демонстрация «для публичного заявления протеста против «Временных правил». В ней участвовало несколько тысяч студентов, а также представители многих «интеллигентных» профессий. Демонстрантов окружили казаки и конная полиция. В ход пошли нагайки, многих арестовали. Среди пострадавших оказались известные общественные деятели того времени — П. Б. Струве, М. И. Туган-Барановский. Н. Ф. Аннинский и ряд других. Пытавшийся вмешаться в действия полиции член Государственного совета князь Вяземский впоследствии получил «высочайший выговор». Событиями на Казанской площади возмущалась вся демократически настроенная общественность. Правительство пыталось новыми репрессиями навести «порядок». Был закрыт, в частности, защищавший права студентов «Союз взаимопомощи русских писателей». Однако возмущение общественности росло. И тогда, демонстрируя желание смягчить ситуацию, Ванновский издал «Временные правила студенческих организаций», по которым студентам разрешались сходки, но лишь по согласованию с правлением университета и под председательством назначаемых этим правлением лиц. Новые «Правила» большинство студентов восприняло как оскорбительные.
Бехтерев внимательно следил за происходящими в стране событиями. Особенно сочувственно он относился к студенческому движению. Вовлечение в борьбу народных масс вселяло в него надежду в свержение в ближайшее время монархического строя, явно тормозившего развитие страны. Партий, как легальных, так и нелегальных, становилось все больше. В их программах разобраться было непросто, и Бехтерев избегал прямого участия в какой-либо из них. Он не одобрял террора и не принимал идею насильственного переворота. Однако он нисколько не сомневался, что монархия себя изживает, что необходима демократизация государства, что управлять страной должны избранники народа. Как же осуществить переход от монархии к республике? Этого Бехтерев не знал. Он надеялся, что возможна бескровная перемена политического строя, которой могут способствовать просвещение, наука, культура, достигшие высокой степени развития и ставшие всенародным достоянием. И он стремился всеми силами содействовать их развитию, не жалея для этого ни времени, ни сил.
Все эти годы Бехтерев провел в напряженной работе. Время строго расписано. К минимуму сведена затрата его на сон, еду. Развлечения — редкость. Все силы направлены на воплощение в жизнь все новых идей, переполняющих сознание. Делается много, но неотвязно преследует мысль: надо бы делать больше. Каждый день всплывают все новые, требующие решения вопросы… Клиника переживала период расцвета. Сложился дружный, понимающий дело коллектив врачей-единомышленников. Его глава уважаем подчиненными и начальством, студентами и пациентами. Авторитет абсолютен. Приятно осознавать значительность вклада, внесенного в построение здания, имя которому — неврология; по дороге познания проделан немалый путь…