Речь Бехтерева имела большой резонанс. Многие газеты опубликовали ее изложение. Для многих даже близко знавших Бехтерева людей прямолинейно антиправительственная направленность речи оказалась неожиданностью. Многие сотрудники, коллеги и особенно студенты горячо приветствовали возвратившегося из Киева Бехтерева. Сторонники же существующего режима сочли его речь выпадом, недостойным академика и генерала, занимающего столь высокое положение в Военно-медицинской академии и в государственных органах. Некоторые реакционные газеты пытались дискредитировать маститого ученого в глазах общественности. Автор одного из таких пасквилей утверждал, что Бехтерев, пользуясь своим лидирующим положением в Петербургском обществе психиатров, является единоличным автором принятых этим обществом за последние месяцы демократических резолюций и что он вынуждал голосовать за них членов общества. 2 октября эта статья по настоянию Бехтерева обсуждалась на очередном заседании общества. Сам Бехтерев на это заседание намеренно не явился. Председательствовал приват-доцент Розенбах. Большинством членов общества статья была осуждена как клеветническая.
Настроение столичных психиатров и невропатологов отражали и материалы проведенного на том же заседании общества суда чести над врачом Кронштадтского госпиталя Филипповым, признавшим в процессе психической экспертизы «злостным симулянтом, требующим наказания» матроса с восставшего броненосца «Потемкин». Филиппов пытался доказать, что он дал лишь медицинское заключение, не вникая в последствия своего поступка, потом оправдывал свое недоброжелательное отношение к восставшим матросам гибелью своего близкого родственника в Цусимском сражении. Общество признало тем не менее поступок психиатра Филиппова недостойным и с гуманной миссией врача несовместимым.
В октябре 1905 года скоропостижно скончался начальник Военно-медицинской академии профессор Таренецкий, и Конференцией академии на этот пост был выдвинут Бехтерев. Таким образом, в период кульминации первой русской революции на Бехтерева легли обязанности начальника академии наряду с руководством кафедрой и клиникой душевных и нервных болезней. Через несколько дней после того, как Бехтерев возглавил академию, студенты на массовой сходке решили прекратить занятия и принять участие в охватившей столицу всеобщей забастовке. Военно-медицинская академия, таким образом, стала одним из активных очагов революционного движения. По распоряжению градоначальника главное здание академии заняли воинские и полицейские части. По настоятельному требованию Бехтерева «свободным от постоя», кроме клиник, осталось лишь студенческое общежитие, куда он перевел канцелярию академии. Сам Бехтерев бывал в общежитии ежедневно, подолгу беседовал со студентами на различные, в том числе на общественно-политические темы и таким образом знал их отношение к событиям, потрясающим Петербург и всю Россию, знал, какое участие в этих событиях принимали и сами питомцы академии. Обо всем этом докладывали Бехтереву и призванные следить за благонадежностью студентов ретивые штаб-офицеры, однако с фискалами он держался недружелюбно, считая, что активное участие студентов в революционных событиях вполне естественно.
Как вспоминал позже Бехтерев, сам он был к тому времени активным противником царского режима, но считал, что борьба с ним не должна сопровождаться кровопролитием. Возглавляя академию, он делал все возможное, чтобы не допустить столкновений между студентами и войсками на территории академии. И, надо сказать, это ему удалось.
После опубликования манифеста 17 октября Бехтерев возбудил ходатайство о восстановлении в Военно-медицинскую академию всех студентов, исключенных из нее в период революционных событий 1904–1905 годов. В ноябре того же года большая группа студентов была восстановлена в правах. Однако уже в январе 1906 года военный министр назначил следственную комиссию по рассмотрению деятельности студентов в период революции. Тогда же Бехтерев заявил об отказе от занимаемого им временно поста начальника академии, хотя власти проявляли склонность утвердить его в этой должности. Свой добровольный уход сам Владимир Михайлович впоследствии объяснял «чрезвычайным бюрократизмом всего управленческого аппарата академии». Возможно, что к такому решению его привело нежелание связывать себе руки, а также намеченные им ранее жизненные планы. Он собирался еще многое сделать для неврологии, надеясь, что ее развитие сможет содействовать улучшению межчеловеческих отношений и приблизить торжество принципа справедливости в отношениях между людьми.