Вот один из примеров не всегда легко складывавшихся между обоими учеными взаимоотношений. Свой фундаментальный труд по нейрофизиологии «Основы учения о функциях мозга» в семи томах Бехтерев завершил в 1907 году. Но уже за год до этого опубликованные тома были представлены на премию Академии наук имени академика К. М. Бэра. Конкурс этот тогда, однако, не состоялся, и работа Бехтерева уже после завершения ее публикации перешла на конкурс имени академика Л. Л. Рклицкого. Конкурсную комиссию составляли академики В. В. Зеленский, В. Н. Насонов и И. П. Павлов. И. П. Павлов дал рецензию на книгу Владимира Михайловича. В ней, в частности, говорилось следующее: «Книга академика В. М. Бехтерева представляет собой весьма обширное систематическое изложение указанного в заголовке предмета, изложение, единственное по своей полноте не только в русской, но и в иностранной литературе. Занимаясь несколько десятков лет со своими учениками разработкой огромного количества тем в данной области, он получил возможность излагать все учение о мозге не только полно с литературной стороны, но и с личным знанием дела в массе пунктов его. Ввиду сказанного книга автора должна стать главным руководством при специальном ознакомлении врачей и естественников с центральной нервной системой».
Несмотря на такую, казалось бы, высокую оценку книги, Павлов высказался все-таки против присуждения Бехтереву премии за нее, и в результате искомую премию тот так и не получил.
После публикации «Основ учения о функциях мозга» Бехтерев и его сотрудники продолжали изучение нейрофизиологии, применяя, в частности, разрабатываемые ими методы вызывания сочетательных рефлексов. Однако главенствующее положение в сфере внимания ученого стали занимать исследования по психологии человека.
Еще в апреле 1904 года на одном из заседаний Общества нормальной и патологической психологии Бехтерев сообщил, что Центральная комиссия по исследованию мозга, созданная Международной ассоциацией национальных академий, на общем собрании ассоциаций, состоявшемся в Лондоне 25 мая 1903 года, предложила войти с ходатайством в правительства наиболее развитых стран о создании в этих странах специализированных институтов для изучения центральной нервной системы. Перед этими институтами предполагалось поставить такие задачи: техническая помощь исследователям мозга, осуществление больших совместных работ по изучению мозга, сохранение, накопление и обобщение соответствующих научных материалов. В связи с этим Бехтерев счел своим долгом ознакомить участников заседания с разработанным им проектом института для психологических и неврологических исследований, мысль о котором возникла у него с начала мая 1903 года и тогда же была им обсуждена с некоторыми членами общества.
Речь шла о создании в Петербурге Психоневрологического института, представляющего собой высшее научно-учебное заведение. Предполагалось, что в нем будут изучаться морфология и функции мозга, включая вопросы нормальной и патологической психологии, педологии, криминальная антропология, невропатология, психиатрия, внушение и гипноз. В связи с этим в институте «на первое время» предусматривалось создать следующие отделы: психологический с лабораторией для исследований в области экспериментальной, индивидуальной и общественной психологии, педологическое отделение, криминально-антропологическое отделение, неврологическое отделение с лабораториями для исследования анатомии, гистологии и эмбриологии мозга, физиолого-химическое отделение с лабораториями, клиническое отделение для изучения психических и нервных болезней и, наконец, гипнологический кабинет для изучения гипноза и внушения.