В сентябре 1908 года в Психоневрологический институт приняли еще 479 человек. С 15 сентября лекции и занятия велись уже параллельно со студентами 1-го и 2-го семестров. Это привело к необходимости иметь более обширное помещение. Тогда и был арендован дом Груздева (Невский проспект, д. 104), который и стал на некоторое время главным зданием Психоневрологического института. Увеличился и состав Совета. К осени 1908 года в него входили 42 профессора. Среди вновь избранных профессоров были физиолог H. E. Введенский, историк всемирной литературы Ф. Д. Батюшков, математик В. И. Бауман, антрополог Р. Л. Вайнберг, профессор уголовной социологии С. Г. Гогель, специалисты по общему землеведению А. В. Клоссовский, по общему государственному праву М. А. Рейснер, по всеобщей истории Е. В. Тарле, по химии Д. М. Цвет и другие. 11 декабря 1908 года Совет института избрал своим почетным членом великого русского писателя Л. Н. Толстого.
Для поддержания финансового обеспечения института по инициативе Бехтерева был создан Попечительский совет, состоящий из жертвователей крупных сумм, «а также лиц, способных принести особую пользу институту по своим познаниям и общественному положению». Председателем этого совета стал граф А. Д. Шереметев. Хозяйственный комитет института возглавил М. С. Добротворский.
С 1909 года при Психоневрологическом институте возникла Строительная комиссия, которую также возглавил Добротворский. В состав этой комиссии входили Бехтерев, Вагнер, Гервер, Пуссеп, архитектор института Р. Ф. Мельцер и инженер А. И. Балинский (сын профессора И. М. Балинского). В задачу комиссии входила организация строительства новых корпусов Психоневрологического института на «дарованной» царской канцелярией заболоченной пустоши за Невской заставой в 12,66 десятины на месте бывшей Глухозерской фермы.
Еще 1 октября 1907 года Бехтерев на заседании Совета института предложил организовать Попечительство о душевных и нервных больных. В комиссию по составлению проекта устава Попечительства вошли Бехтерев, Останков и Грибоедов. 13 декабря того же года устав этот одобрил Совет, но утверждение его министерством внутренних дел последовало только 30 апреля 1909 года — иными словами, через полтора года. Попечительство было благотворительной организацией, призванной облегчать участь находившихся вне стационаров душевных и нервных больных по всей территории России.
Торжественное заседание в связи с созданием Попечительства состоялось в декабре 1909 года во время III съезда отечественных психиатров. В работе этого заседания приняли участие и делегаты съезда. Академик Бехтерев выступил в этот день с докладом «О положении душевнобольных в России». Попечительство взяло на себя сбор средств на нужды душевнобольных и больных нервными заболеваниями. Часть этих средств должна была расходоваться на строительство и содержание клиник при Психоневрологическом институте, призванных обеспечить «не только призрение, но и изучение причин развития и распространения душевных и нервных заболеваний». Фонды попечительства пополнялись за счет пожертвований, благотворительных вечеров, членских взносов… Бехтерев передал Попечительству собственные деньги, заработанные во время частного приема больных, который проводился им регулярно по четвергам. Плата за консультацию была строго определенной и составляла 20 рублей. В 1911 году с разрешения Петербургского митрополита для нужд Попечительства деньги собирали в церквах. Попечительство о душевных и нервных больных стало массовой всероссийской организацией. В него вступали люди, живущие в разных концах страны. Бехтерев входил в число почетных членов Попечительства.
Большое значение Бехтерев придавал созданному по его предложению «Обществу вспомоществования нуждающимся студентам Психоневрологического института». Оно выдавало нуждающимся единовременные или постоянные пособия (беспроцентные ссуды), занималось подысканием работы для неимущих студентов, проявляло заботу о заболевших и принимало различные меры «по удешевлению жизни студентов в столице». Средства общества состояли из пожертвований, членских взносов, возвращенных ссуд, из доходов за организуемые концерты, спектакли, публичные лекции и пр. Членами общества являлись практически все преподаватели института и немало лиц, не состоявших в его штате. Чтобы считаться членом общества, достаточно было вносить ежегодно по три рубля или же внести единовременно не менее 100 рублей. Тщеславие жертвователей подогревал установленный порядок: единовременный взнос в триста рублей обеспечивал звание почетного члена общества, а начиная со взноса в пятьсот рублей и больше, жертвователь получал право на ношение на часовой цепочке специально установленного жетона. Такие правила играли на суетности толстосумов, но — как бы то ни было — эта не слишком привлекательная черта человеческого характера позволяла пополнять фонд общества. А выигрывали в результате студенты.