Для оказания студентам медицинской помощи в штате института состояли врачи, проводившие регулярные приемы. Лекарства студентам продавались со скидкой в 25 процентов. Имел институт и штатного юрисконсульта.
Материальная база института постепенно укреплялась. Библиотеки скончавшихся профессоров-психиатров И. М. Балинского и В. X. Кандинского, переданные институту в дар их родственниками, легли в основу Фундаментальной библиотеки.
С каждым годом в институте возрастало число студентов. Уже с 1909 года секции института были преобразованы в факультеты: педагогический с естественно-историческим и словесно-историческим отделениями, юридический и медицинский.
Наряду с интенсивной учебной работой сотрудники Психоневрологического института все в большем объеме занимались исследованиями научного характера. Бехтерев и его помощники много делали для создания при Психоневрологическом институте специализированных научных учреждений. Первым из них стал Педологический институт (педология — учение о детях), задуманный Бехтеревым еще в 1903 году, как «педологический отдел для экспериментальных и иных исследований в области воспитания». Его созданию содействовал меценат В. Т. Зимин, предложивший Бехтереву в сентябре 1907 года 52 тысячи рублей на учреждение, имеющее целью «изучение человека как предмета воспитания», и, кроме того, изъявивший желание передать в ведение Психоневрологического института небольшой интернат, уже устроенный им для этой цели. Из пожертвованных средств 30 тысяч рублей Зимин предназначал для организации особого фонда имени К. Д. Ушинского, на проценты от которого в Педологическом институте должно было содержаться трое воспитанников, остальные 22 тысячи предназначались для строительства нового здания Педологического института. Совет Психоневрологического института 12 сентября решил принять пожертвования Зимина и согласиться на выдвинутые им условия. Созданный таким образом Педологический институт временно возглавил сам Бехтерев. С марта 1910 года директором этого института был назначен приват-доцент К. И. Поварнин. В нем работали профессора А. Н. Шкарин и П. Ф. Коптеров, врачи И. Н. Спиртов, Г. Е. Шумков, Ю. Н. Болдырева. В число попечителей, помимо Зимина, входила дочь Бехтерева Ольга (в замужестве Никонова). После смерти Зимина попечительским советом института руководил Бехтерев.
В пансионат при институте принимались только здоровые дети не старше семи лет, имеющие здоровых родителей. Срок их содержания в пансионе устанавливался не менее десяти лет. Часть детей содержалась за счет частных стипендий, остальные за определенную плату, взимаемую с родителей. До постройки собственного здания Педологический институт располагался на Нюстадской улице. Летом воспитанники жили на даче на берегу Финского залива.
В 1910 году при Психоневрологическом институте открылись Криминологический и Психиатрический институты. Для изучения преступности в детском возрасте было получено разрешение проводить научные исследования в земледельческой колонии для малолетних преступников под Петербургом.
В Психоневрологическом институте систематически проводились административные и научные заседания Совета. В научных заседаниях принимали участие не только профессора и преподаватели, но и студенты. Нередко их посещали сотрудники и студенты университета, Военно-медицинской академии и других учебных заведений Петербурга.
Состав студентов и преподавателей Психоневрологического института определял демократический характер установившихся в нем порядков. Дисциплина в институте строилась на сознательном отношении к делу. Многие преподаватели охотно общались со студентами и во внеучебное время. Уже в 1909 году в институте работали студенческие учебно-образовательные кружки, созданные по решению Совета: научно-педагогический, историко-философский, философско-социологический и многие другие. Помимо преподавателей, с членами кружков занимались такие известные деятели культуры, как М. Горький, А. Ф. Кони, И. Е. Репин.
Начиная с 1908 года в России активизировалось движение за единение славян. Когда первая русская революция оказалась подавлена и либеральная интеллигенция убедилась в невозможности создания всенародного братства внутри своей страны, ввиду непримиримого антагонизма между эксплуатируемыми и эксплуататорами, жаждущая активной дяетельности общественность вновь обратила свои взоры на «младших братьев» — славянские народы.