Вскоре между профессорами Военно-медицинской академии и военным министром возник новый конфликт. Сухомлинов, уделяя мало внимания повышению боеготовности армии, весьма заботился об ее внешнем виде, особенно на парадах, в связи с чем вводил новую форму — и не только в строевых частях, но и в военных учебных заведениях и вспомогательных службах военного ведомства. Делалось это, как говорила молва, в угоду коммерсантам — поставщикам обмундирования. Конференция высказалась против изменения формы студентов. Бехтерев, разумеется, вновь оказался в числе «протестантов». Его отношения с военным министром испортились вконец, и можно было ожидать любого подвоха со стороны злопамятного Сухомлинова.
Бехтерев, однако, старался волноваться как можно меньше по всем подобным поводам. Его заботили куда более важные проблемы. Организация учреждений Психоневрологического института требовала поистине титанических усилий. — И не ослабевала ни на миг его преподавательская, лечебная, издательская и общественная работа. В это время Бехтерев много писал.
В 1910 году из печати вышел второй том его книги «Невропатологические и психиатрические наблюдения», в которой описывался ряд неизвестных ранее симптомов и патологических состояний, встречающихся в клинике нервных и душевных болезней. В 1911 году была опубликована большая монография «Общая диагностика болезней нервной системы». В ней подробно излагались методики обследования неврологических больных и многочисленные клинические признаки различных по локализации и характеру поражений нервной системы.
В 1912 году в разгаре поднятой в печати свистопляски вокруг представленной в министерство финансов «Записки» Бехтерев опубликовал большую статью «Алкогольная политика и алкогольное оздоровление», которая однозначно определяла его отношение к существующей практике царского правительства в этом вопросе и содержала предложение о мероприятиях для противодействия насаждаемому властями пристрастию к «зеленому змию». «Алкоголизм населения, — писал в ней Бехтерев, — является в полном смысле слова государственным злом, которое не только губит силы нынешнего населения, но… обрушивается всею своею тяжестью и на будущие поколения…» Он, кстати, активно возражал против признания безопасным употребления умеренных доз алкоголя, отмечая при этом, что «начало всегда выражается малыми дозами, которые постепенно переходят в дозы все большие и большие по закону тяготения ко всем вообще наркотическим ядам…».
«Экономический ущерб, наносимый стране потреблением алкоголя, так велик, — писал Бехтерев, — что с устранением его государственные финансы только выиграют, не говоря уже об ежегодном сбережении страной 1 млрд. рублей, ныне пропиваемого населением». Бехтерев утверждал, что вообще трудно выразить экономический и моральный ущерб, наносимый стране и народу распространением алкоголизма, при этом он обращал внимание на то, что алкоголизму сопутствуют рост хулиганства, преступности, душевных и нервных болезней, многих иных заболеваний и травматизма, что он становится причиной преждевременной старости и смерти. «С распространением алкоголизма, — говорилось в статье, — страна не только проигрывает и морально, и материально, но и существенно обременяет свой государственный бюджет чрезмерными тратами на содержание тюрем, домов трудолюбия, всевозможных приютов, богаделен, больниц, колоний и т. п. Наконец, физическая хилость пьющего рабочего, умственная вялость интеллигента-алкоголика, нравственное и физическое вырождение потомков алкоголиков — разве это не прямой ущерб, ослабляющий экономические и нравственные силы населения?» Бехтерев утверждал, что многомиллионные доходы министерства финансов от продажи водки и других спиртных напитков создают лишь «мираж бюджетного благополучия», и призывал правительство отказаться «от пользования вином для поддержания финансов» и обеспечить повсеместно лечение алкоголиков. Главным же условием борьбы с алкоголизмом Бехтерев считал поднятие благосостояния и культуры населения.
Бехтерев был убежден в большой научной и практической значимости исследований, которыми должен был заниматься Экспериментально-клинический институт. Перспективность разработки поставленных перед коллективом института задач была признана и на состоявшемся в 1913 году в Париже Международном конгрессе, обсуждавшем меры борьбы с алкоголизмом. По предложению профессора Д'Арсенваля конгрессом было принято постановление просить русское правительство сделать Противоалкогольный институт международным научно-исследовательским учреждением, подобным Пастеровскому институту во Франции.