Работа в Педологическом научно-исследовательском учреждении при Психоневрологическом институте послужила основанием к написанию Бехтеревым ряда статей о воспитании детей первых лет жизни. «Трудно найти слова, — отмечал он, — для осуждения… взгляда, исключающего воспитание в младенческом возрасте, который как раз нуждается в особенно внимательном воспитании и который почему-то обходят современные воспитательные системы… Внимательное наблюдение над развитием детской психики показывает, что первые проявления психорефлексов, развивающихся на почве обыкновенных рефлексов, можно подметить уже с первых дней жизни ребенка…»
Сам Бехтерев вместе с женой давно уже вел наблюдения над развитием собственных детей. Особенно подробно велся дневник развития их младшей дочери Марии, родившейся в 1904 году. Бехтерев стал одним из создателей педагогики периода «первого детства», он многократно подчеркивал значимость воспитательных мероприятий на этом этапе развития ребенка.
Большое внимание Бехтерев обращал на развитие эмоциональной сферы детей. Он писал: «Необходимо прежде всего, чтобы младенец, наряду с физическим содержанием, был всемерно оберегаем от всего, что подавляет психику и жизненные отправления, а к числу таких факторов бесспорно относятся все угнетающие эмоции, как испуг, страх, плач и т. п.». Он высказывал надежду на то, что «…правильное воспитание, приведя к нравственному оздоровлению человечества, послужит лучшей основой для пересоздания общества на началах справедливости и уважения прав личности».
После завершения работы над «Основами учения о функциях мозга» на первый план в научных исследованиях Бехтерева вышли проблемы психологии. Исходя из того, что психическая деятельность есть следствие работы мозга, Бехтерев стремился максимально объективизировать методы психологических и психиатрических исследований, опираясь главным образом на достижения физиологии и прежде всего учения о рефлексах.
В докладе Бехтерева и Владычко на научном собрании врачей клиники душевных и нервных болезней Военно-медицинской академии в октябре 1909 года было сказано, что «все нервно-психические отправления могут быть исследованы как явления вполне объективные, причем для определения и оценки их может быть применен вполне объективный критерий, совершенно исключающий субъективную форму оценки нервно-психических явлений». Через три года, выступая на заседании общества психиатров Петербурга, Бехтерев высказывался о том, что «нет ни одного субъективного явления, которое не сопутствовалось бы объективными процессами в мозгу в виде пробегающего по нервным клеткам и волокнам тока, представляющего собой… по внешности акт химико-физический». Вслед за И. М. Сеченовым Бехтерев заявил, что «так называемые психические явления суть те же рефлексы».
Наиболее крупной монографической работой Бехтерева, написанной в первые годы существования Психоневрологического института, стала книга в трех выпусках (томах) «Объективная психология», опубликованных в период с 1907 по 1910 год. В ней автор как бы развернул и уточнил положения, нашедшие отражение в его более ранней работе «Объективная психология и ее предмет», напечатанной в 1904 году.
Существовавшую к тому времени психологию Бехтерев именовал субъективной, так как она «основывалась почти исключительно на самонаблюдении». Он рассматривал ее как «психологию индивидуального сознания» и разделял на описательную и объяснительную. Субъективной психологии он противопоставлял создаваемую им объективную психологию, которая «исключает совершенно метод самонаблюдения из наблюдения и эксперимента, причем все психические отправления должны подвергаться лишь объективной регистрации и контролю».
Бехтерев считал, что психологии не следует ограничиваться изучением осознаваемой психической деятельности, что она должна изучать и бессознательные психические явления, а также «внешние проявления деятельности организма, поскольку они являются выражением психической жизни». «Психология, — говорил Бехтерев, — с нашей точки зрения есть наука о психической жизни вообще, а не в сознательных только ее проявлениях». Уже в первом выпуске «Объективной психологии» Бехтерев предлагал выделять психологию индивидуальную, общественную, национальную, сравнительную, психологию народов и так называемую зоопсихологию. Кроме того, он указывал на необходимость выделения детской психологии «как науки, изучающей законы и последовательность психического развития отдельных индивидуумов». При этом Бехтерева интересовали не только «последовательность развития психической сферы, но и изучение способов и приемов, содействующих достижению правильного воспитания и умственного развития». Естественным оказывался и вывод о необходимости выделять «как особый предмет, преследующий свои специальные задачи», педагогическую психологию.