К началу войны общее число заключенных, содержавшихся в лагерях и колониях, составляло около 2 300 000 человек. На 1 июля 1944 года число заключенных снизилось до 1 200 000 человек. За три года войны из лагерей и колоний убыло 2 900 000 человек и вновь поступило 1 800 000 осужденных. Изменился и состав заключенных по характеру совершенных преступлений: если в 1941 году осужденные за контрреволюционные и другие особо опасные преступления составляли 27 % от общего числа заключенных, то к июлю 1944-го число осужденных этой категории возросло до 43 %. За эти годы было вновь организовано 40 лагерей, расформировано 69. С 1 июля 1941 по 11 февраля 1945 года численность заключенных в лагерях сократилась в 2,5 раза.
В первые же дни войны возникла необходимость эвакуации заключенных с территории, находившейся в непосредственной близости к зоне военных действий, где дислоцировалась значительная часть лагерей и колоний ГУЛАГа (в частности, Беломорско-Балтийский, Мончегорский ИТЛ и др.). Большинство заключенных эвакуировалось пешим порядком, нередко на расстояния до тысячи километров – все железные дороги были забиты военными грузами и войсками. Эвакуации подверглись 750 тысяч заключенных. Случалось, что, когда линия фронта стремительно приближалась, эвакуировать заключенных не успевали. В таких случаях перед тем, как покинуть территорию лагеря, заключенных расстреливали, чтобы они не попали к немцам.
Уже 22 июня 1941 года появилась директива Наркома внутренних дел СССР и Прокурора СССР № 221 о переводе лагерей, тюрем и колоний на военное положение, в соответствии с которой прекращалось освобождение «контрреволюционеров, бандитов, рецидивистов и других опасных преступников», а охрана лагерей переводилась на военное положение. Многочисленные просьбы «политзаключенных» (осужденных по ст. 58) направить их на фронт за крайне редким исключением не удовлетворялись.
За годы войны значительная часть заключенных ГУЛАГа пополнила ряды Красной армии. В 1941 году Президиум Верховного Совета СССР издал Указы о досрочном освобождении ряда категорий заключенных, осужденных за прогулы, бытовые и незначительные должностные и хозяйственные преступления, с передачей лиц призывных возрастов в Красную армию. В результате ГУЛАГом было проведено освобождение 420 тысяч заключенных. В 1942–1943 годах были досрочно освобождены еще 157 тысяч человек из числа осужденных за незначительные преступления с передачей их в ряды Красной армии. Кроме того, все заключенные, освобождаемые из лагерей и колоний за отбыванием сроков наказания, годные к строевой службе, также передавались в армию. Таким образом, за три года войны на укомплектование Красной армии было передано 975 тысяч заключенных ГУЛАГа. Как отмечается в докладе начальника ГУЛАГа, пяти бывшим заключенным в годы войны были присвоены звания Героев Советского Союза.
В каких условиях труда и быта работали заключенные ГУЛАГа в годы войны? В первые два года эти условия были особенно тяжелыми. Рыба и жиры почти полностью отсутствовали в рационе заключенных на протяжении шести месяцев, что привело к резкому увеличению заболеваемости и смертности. Так, в лагерях Новосибирской области инспекция ГУЛАГа выявила факты хищения продуктов «до закладки их в котел» почти во всех лаготделениях. При этом большое количество смертельных исходов в бараках и на местах работы связывается в докладе инспекции с «неправильной, а подчас преступной» работой санитарных частей по оказанию помощи ослабленным и больным заключенным. Материалы этой проверки содержат немало описаний трагической судьбы узников, обращение с которыми не могло оставить равнодушной даже инспекцию ГУЛАГа. Вот цитата из доклада: «Наблюдается исключительно безответственное отношение со стороны руководителей лаготделений к судьбе заключенных, что играет немалую роль в истощении и смертности, причем эти факты проходят безнаказанно, хотя о них известно руководству лагеря».