В тот же вечер на ассамблее Народного Совета Бен-Гурион выступил с ответной речью: «Из одной винтовки можно убить несколько человек; но из 5000 стволов можно расстрелять всю общину!». Поскольку эти стволы не предназначались армии, их уничтожение предопределено самой судьбой, добавляет он завершая фразу, которая породит вечную к нему ненависть со стороны «Иргуна»: «Благословенна пушка, потопившая этот корабль!». Эти слова станут призывом к объединению сторонников «Иргуна», которые целым поколением будут вести яростную кампанию против Бен-Гуриона. Для этих людей «Альталена» и ее груз были священны; для него священной была пушка, чей выстрел разнес и корабль, и все, что на нем было. Но именно этого они ему никогда не простят.
Едва это полное драматизма дело было улажено, Бен-Гурион разгромил восстание справа. Однако он еще не в полной мере контролировал вооруженные силы и вскоре оказался перед лицом нового бунта — мятежа генералитета. Терпимость главного штаба к его постоянному вмешательству в их дела уменьшалась.
Главный штаб все с большим трудом переносил его постоянное вмешательство в свои дела, куда он старался вникнуть до мельчайших деталей. Его касалось все: боевые операции, назначения, должностные перемещения, дислокация войск, выбор и распределение оружия. Участились конфликты между Стариком, Ядином и другими высшими офицерами.
Он считал необходимой срочную реорганизацию глубоких структур армии, и опыт боевых действий упрочил это убеждение. Независимо от чисто военных рассуждений, он хотел уменьшить политическую значимость Объединенной Рабочей партии, отстранив от должности многих высших офицеров — членов этой партии, которые на поле боя оказались не на должной высоте. Кроме того, высшие армейские посты все еще занимали бывшие офицеры «Хаганы» и «Пальмаха». Бен-Гурион решил доверить некоторые ключевые посты — начальников отделов и командующих фронтами — аполитично настроенным офицерам, ранее служившим в британской армии.
24 июня Игаэль Ядин вручил ему план реорганизации, к которому приложил список имен генералов для нового назначения. Этот перечень, одобренный Исраэлем Галили, состоял по большей части из офицеров «Пальмаха» и членов Объединенной Рабочей партии, что не понравилось Бен-Гуриону. Он тут же переделал его по-своему, предложив, чтобы три бывших офицера английской армии были назначены на должности начальников отделов главного штаба, а четвертый, Мордехай Маклеф, вступил в должность командующего центральным фронтом.
Реакция не заставила себя ждать — тучи сгустились мгновенно. «Когда утром я сообщил Игаэлю… о своих выводах, — пишет Бен-Гурион, — он стал грозить мне беспорядками и разрушениями, как было ранее». Наибольшие разногласия вызывает назначение Маклефа, который обладает всеми качествами, которые стремится найти Бен-Гурион: он молод, служил офицером в английской армии и не принадлежит ни к какой политической партии. Ядин его ценит, но полагает, что для командующего фронтом ему не хватает таланта и опыта. Он не отрицает, что три генерала, включенные им в список, являются членами Объединенной Рабочей партии, и считает, что у этих офицеров опыта намного больше. Обостряется конфликт с верховным командованием, и Бен-Гурион вновь вызывает Ядина: «Я объяснил ему, что теперь, когда национальная армия создана, состав главного штаба надо менять… Эти перемены жизненно необходимы». Несмотря на замечания Ядина, Бен-Гурион составляет список назначений и подписывает его.
На другой день главный штаб сотрясался от громовых раскатов. Ядин и все члены Объединенной Рабочей партии подают письменное прошение об отставке и просят довести их послание до сведения правительства. Бен-Гурион срочно вызывает Ядина к себе и квалифицирует просьбы об отставке как «политический бунт в армии» и «проблему беспрецедентной важности». Он предупреждает, что в его глазах подобный мятеж «способен поставить под угрозу исход сражения, что является вопросом жизни или смерти», и если Ядин будет настаивать на своей отставке с поста руководителя боевых действий, то Бен-Гурион готов ее принять. «Но мой долг, — добавляет он, — сообщить вам, что эту отставку я расцениваю как намеренный саботаж». Ядин парирует: «В должности руководителя боевых действий я не возьму на себя ответственность за принятие такого рода решений. Если вы настаиваете, я уйду в отставку. Вы можете понизить меня в звании, но не вправе требовать, чтобы ответственность за это я взял на себя».